アプリケーションの実行
目次
窓口サーバ用アプリケーション
窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．
以下に実行コマンドを示します.
Emacs
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ emacs
(例)
ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合
$ emacs sample.txt
Perl
使用方法は perl 5.16.3 を参照してください．
実行方法
(例)
Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合
・スクリプトの内容
$ cat hello.pl #!/usr/bin/perl print "Hello world!\n";
・スクリプトの実行
$ chmod 755 hello.pl $ ./hello.pl Hello world!
(例)
コマンドラインから直接実行する場合
$ perl -e 'print "Hello world!\n";' Hello world!
Python
使用方法は python 2.7 を参照してください．
実行方法
(例)
Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合
・スクリプトの内容
$ cat hello.py #!/usr/bin/python print "Hello world!"
・スクリプトの実行
$ chmod 755 hello.py $ ./hello.py Hello world!
(例)
コマンドラインから直接実行する場合
$ python -c 'print "Hello world!"' Hello world!
Ruby
使用方法は ruby 2.0.0 を参照してください．
実行方法
(例)
Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合
・スクリプトの内容
$ cat hello.rb #!/usr/bin/ruby puts "Hello world!"
・スクリプトの実行
$ chmod 755 hello.rb $ ./hello.rb Hello world!
(例)
インタラクティブに実行する場合
$ irb irb(main):001:0> puts "Hello world!" Hello world! => nil
JDK
PATH設定
以下のコマンドを実行します．
$ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_212 $ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
コンパイル方法
以下のコマンドを実行します．
$ javac Javaプログラムファイル
実行方法
以下のコマンドを実行します．
$ java クラス名
MATLAB
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ matlab
Google Chrome
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ google-chrome
Mozilla Firefox
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ firefox
dvipdfmx
変換方法
以下のコマンドを実行します．
$ dvipdfmx DVIファイル
(例)
sample.dviをPDFファイルに変換する場合
$ dvipdfmx sample.dvi
PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.
Evince
表示方法
以下のコマンドを実行します．
$ evince PDFファイル
(例)
sample.pdfを表示する場合
$ evince sample.pdf
PDFファイル(sample.pdf)が表示されます.
LibreOffice
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ soffice パラメータ
(例)
sample.docをPDF変換し、カレントディレクトリに出力する場合．
$ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc
PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.
ASCII Tex
変換方法
以下のコマンドを実行します．
$ platex Texファイル
(例)
sample.texをDVIファイルに変換する場合
$ cat sample.tex
\documentclass{jarticle}
\begin{document}
これはサンプルです。
\end{document}
$
$ platex sample.tex組版結果のファイル(sample.dvi)が生成されます.
gnuplot
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ gnuplot
tgif
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ tgif
inkscape
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ inkscape
dia
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ dia
Gimp
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ gimp
ImageMagick
コマンド
- convert：画像のサイズ変更、フォーマット変更、画像の編集、色加工など
- mogrityt：画像を一括で処理する
- identifyt：画像ファイルの情報やサーバ情報を取得・表示する
- montaget：画像を並べて結合する
- compositet：画像を合成する
- displayt：画像を表示する
(例)
JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合
$ convert sample.jpg sample.png
(例)
複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合
$ mogrify -format png *.jpg
Ghostscript
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ gs
研究用アプリケーション
コンテナ上で以下の研究用アプリケーションを実行可能です．
研究用アプリケーションを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, ジョブの実行 を参照して下さい．以下に実行スクリプト例を示します.
ANSYS Multiphysics
シングルジョブ
### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -q wSrchq source /etc/profile module load ansys.multiphysics19.r2 cd $PBS_O_WORKDIR ansys192 -b nolist -p AA_T_A -i vm1.dat -o vm1.out -j vm1
*vm1.datは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v192/ansys/data/verifにあります．
並列ジョブ
例：Shared Memory ANSYSを用いる場合
### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -q wSrchq source /etc/profile module load ansys.multiphysics19.r2 cd $PBS_O_WORKDIR ansys192 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4
例：Distributed ANSYSを用いる場合
### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=2:ppn=2 #PBS -q wSrchq source /etc/profile module load ansys.multiphysics19.r2 cd $PBS_O_WORKDIR ansys192 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4 -dis
*vm141.datは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v192/ansys/data/verifにあります．
ANSYS CFX
シングルジョブ
### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -q wSrchq source /etc/profile module load ansys.cfx19.r2 cd $PBS_O_WORKDIR cfx5solve -def StaticMixer.def
*StaticMixer.defは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v192/CFX/examplesにあります．
並列ジョブ
### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -q wSrchq source /etc/profile module load ansys.cfx19.r2 cd $PBS_O_WORKDIR cfx5solve -def StaticMixer.def -part 4 -start-method 'Intel MPI Local Parallel'
*StaticMixer.defは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v192/CFX/examplesにあります．
ANSYS HFSS
ANSYS HFSS利用マニュアルを参照して下さい.
ABAQUS
シングルジョブ
### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -q wSrchq source /etc/profile module load abaqus-V6R2019x cd $PBS_O_WORKDIR abaqus
インタラクティブモードでAbaqus CAE(X Window)を利用
$ qsub -IX -q gSrchq -l select=1:mem=16g -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.01 $ module load abaqus-V6R2019x $ abaqus cae
COMSOL Multiphysics
qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入します.
ジョブの中で以下のコマンドを実行します.
$ module load comsol54 $ comsol
Gaussian
サンプル入力ファイル(methane.com)
%NoSave %Mem=512MB %NProcShared=4 %chk=methane.chk #MP2/6-31G opt methane 0 1 C -0.01350511 0.30137653 0.27071342 H 0.34314932 -0.70743347 0.27071342 H 0.34316773 0.80577472 1.14436492 H 0.34316773 0.80577472 -0.60293809 H -1.08350511 0.30138971 0.27071342
シングルジョブ
### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -q wSrchq source /etc/profile module load gaussian16-A.03 cd $PBS_O_WORKDIR g16 methane.com
並列ジョブ
### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=4,mem=3gb,pvmem=3gb #PBS -q wSrchq source /etc/profile module load gaussian16-A.03 cd $PBS_O_WORKDIR g16 methane.com
Patran
起動方法
qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入します.
ジョブの中で以下のコマンドを実行します.
$ source /etc/profile $ modle load patran-2019 $ patran