アプリケーションの実行

アプリケーションの実行
1. 窓口サーバ用アプリケーション
2. 研究用アプリケーション

窓口サーバ用アプリケーション

窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．
以下に実行コマンドを示します.

Emacs

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ emacs

(例)
ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合

$ emacs sample.txt

Perl

使用方法は perl 5.32.0 を参照してください．

実行方法

(例)
Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合

・スクリプトの内容

 #!/usr/bin/perl
print "Hello world!\n";

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.pl
$ ./hello.pl
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合

$ perl -e 'print "Hello world!\n";'
Hello world!

Python

使用方法は python 3.12 を参照してください．

実行方法

(例)
Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合

・スクリプトの内容

 #!/usr/bin/python
print "Hello world!"

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.py
$ ./hello.py
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合

$ python -c 'print "Hello world!"'
Hello world!

Ruby

使用方法は ruby 3.0 を参照してください．

実行方法

(例)
Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合

・スクリプトの内容

 #!/usr/bin/ruby
puts "Hello world!"

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.rb
$ ./hello.rb
Hello world!

(例)
インタラクティブに実行する場合

$ irb
irb(main):001:0> puts "Hello world!"
Hello world!
=> nil

JDK

PATH設定

以下のコマンドを実行します．

$ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_212
$ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

コンパイル方法

以下のコマンドを実行します．

$ javac Javaプログラムファイル

実行方法

以下のコマンドを実行します．

$ java クラス名

MATLAB

起動方法

以下のコマンドを実行します．

窓口サーバ(ydevxx)上で実行する場合

ローカルPC$ ssh -X ydev.edu.tut.ac.jp -l アカウント
アカウント@ydevxx$ module load matlab-R2024b
アカウント@ydevxx$ matlab

Google Chrome

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ google-chrome

Mozilla Firefox

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ firefox

dvipdfmx

変換方法

以下のコマンドを実行します．

$ dvipdfmx DVIファイル

(例)
sample.dviをPDFファイルに変換する場合

$ dvipdfmx sample.dvi

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

Evince

表示方法

以下のコマンドを実行します．

$ evince PDFファイル

(例)
sample.pdfを表示する場合

$ evince sample.pdf

PDFファイル(sample.pdf)が表示されます.

LibreOffice

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ soffice パラメータ

(例)
sample.docをPDF変換し、カレントディレクトリに出力する場合．

$ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

ASCII Tex

変換方法

以下のコマンドを実行します．

$ platex Texファイル

(例)
sample.texをDVIファイルに変換する場合

$ cat sample.tex
\documentclass{jarticle}
\begin{document}

これはサンプルです。

\end{document}
$
$ platex sample.tex

組版結果のファイル(sample.dvi)が生成されます.

gnuplot

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gnuplot

tgif

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ tgif

inkscape

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ inkscape

dia

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ dia

Gimp

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gimp

ImageMagick

コマンド

convert：画像のサイズ変更、フォーマット変更、画像の編集、色加工など
mogrityt：画像を一括で処理する
identifyt：画像ファイルの情報やサーバ情報を取得・表示する
montaget：画像を並べて結合する
compositet：画像を合成する
displayt：画像を表示する

(例)
JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合

$ convert sample.jpg sample.png

(例)
複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合

$ mogrify -format png *.jpg

Ghostscript

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gs

研究用アプリケーション

コンテナ上で以下の研究用アプリケーションを実行可能です．
研究用アプリケーションを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, ジョブの実行を参照して下さい．以下に実行スクリプト例を示します. DISPLAY関連のエラーが出た場合は ydev.edu.tut.ac.jp環境下で"printenv |grep DISPLAY"で表示された値をコンテナ環境下で"export DIPSLAY=xxx.xxx.xxx.xxx:xx.x"と実施し、xeyesコマンドで目が表示されるかを事前に確認してください。

ANSYS HFSS ※2024年4月以降は保守契約を行っておりません

インタラクティブモードでANSYS HFSS(X Window)を利用

qsub -I -X -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=32g -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest
$ . /etc/profile
$ module load ansys.hfss2024(アプリ)
$ ansysedt

ABAQUS

シングルジョブ

#PBS -q Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=16g  

. /etc/profile
module load abaqus-2025

cd $PBS_O_WORKDIR
abaqus

インタラクティブモードでAbaqus CAE(X Window)を利用

$ qsub -IX -q Eduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=/common/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ . /etc/profile
$ module load abaqus-2025
$ abaqus cae

COMSOL Multiphysics

qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.

$ qsub -IX -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=16g -v SINGULARYTY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ . /etc/profile
$ module load comsol63
$ comsol -3drend sw

Gaussian

サンプル入力ファイル(methane.com)

%nosave
%mem=512MB
%nprocshared=4
%chk=methane.chk
#p B3LYP/6-31G** opt freq

methane

0 1
 C                 -0.01350511    0.30137653    0.27071342
 H                  0.34314932   -0.70743347    0.27071342
 H                  0.34316773    0.80577472    1.14436492
 H                  0.34316773    0.80577472   -0.60293809
 H                 -1.08350511    0.30138971    0.27071342

シングルジョブ

### sample

#!/bin/bash
#PBS -q Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=1

. /etc/profile

cd $PBS_O_WORKDIR
g16 methane

並列ジョブ

### sample

#!/bin/bash
#PBS -q Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=3gb,pvmem=3gb

. /etc/profile

cd $PBS_O_WORKDIR
g16 methane

Materials Studio ※2025年4月以降は保守契約を行っておりません

並列ジョブ(CASTEP)

#PBS -q  Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=4 
#PBS -l walltime=3:00:00 
#PBS -v  SINGULARITY_IMAGE=/common/prg_env_amd_2025.01.sif

export LM_LICENSEFILE=license2.imc.tut.ac.jp
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` 
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID 
mkdir -p $WORKDIR 
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR 
cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/MaterialsStudio25/MaterialsStudio25.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh .

./RunCASTEP.sh -np 14 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/CASTEP.tarを展開してください．

並列ジョブ(DMol3)

#PBS -q  Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=4 
#PBS -l walltime=3:00:00 

export LM_LICENSEFILE=license2.imc.tut.ac.jp
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` 
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID 
mkdir -p $WORKDIR 
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR 
cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/MaterialsStudio25.1/etc/DMo13/bin/RunDMol3.sh .

./RunDMol3.sh -np 14 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/DMol3.tarを展開してください．

アプリケーションから窓口サーバへジョブ投入

Materials Studioのアプリケーションから窓口サーバへジョブ実行が出来ます。利用したい場合は、Material Studio利用者グループ（ materials-studio-users@lists.imc.tut.ac.jp )へ所属（研究室）＋氏名＋大学アカウント名（学生：英字1文字数時6桁、教職員：英字2桁数字3桁）をご連絡下さい。手順８の認証は専用のパスワードになり、これを発行するのに必要となります。

・Materials Studio2020 ジョブスタート方法