アプリケーションの実行
目次
窓口サーバのアプリケーション
窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．
Emacs
起動方法
$ emacs
(例)
ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合
$ emacs sample.txt
Perl
使用方法は perl 5.32.0 を参照してください．
実行方法
(例)
Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合
・スクリプトの内容
#!/usr/bin/perl print "Hello world!\n";
・スクリプトの実行
$ chmod 755 hello.pl $ ./hello.pl Hello world!
(例)
コマンドラインから直接実行する場合
$ perl -e 'print "Hello world!\n";' Hello world!
Python
使用方法は python 3.12 を参照してください．
実行方法
(例)
Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合
・スクリプトの内容
#!/usr/bin/python print "Hello world!"
・スクリプトの実行
$ chmod 755 hello.py $ ./hello.py Hello world!
(例)
コマンドラインから直接実行する場合
$ python -c 'print "Hello world!"' Hello world!
Ruby
使用方法は ruby 3.0 を参照してください．
実行方法
(例)
Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合
・スクリプトの内容
#!/usr/bin/ruby puts "Hello world!"
・スクリプトの実行
$ chmod 755 hello.rb $ ./hello.rb Hello world!
(例)
インタラクティブに実行する場合
$ irb irb(main):001:0> puts "Hello world!" Hello world! => nil
JDK
PATH設定
$ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_212 $ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
コンパイル方法
$ javac Javaプログラムファイル
実行方法
$ java クラス名
MATLAB
起動方法
窓口サーバ(ydevxx)上で実行できます．
ローカルPC$ ssh -X ydev.edu.tut.ac.jp -l アカウント アカウント@ydevxx$ module load matlab-R2024b アカウント@ydevxx$ matlab
Google Chrome
起動方法
$ google-chrome
Mozilla Firefox
起動方法
$ firefox
dvipdfmx
変換方法
$ dvipdfmx DVIファイル
(例)
sample.dviをPDFファイルに変換する場合
$ dvipdfmx sample.dvi
PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.
Evince
表示方法
$ evince PDFファイル
(例)
sample.pdfを表示する場合
$ evince sample.pdf
PDFファイル(sample.pdf)が表示されます.
LibreOffice
起動方法
$ soffice パラメータ
(例)
sample.docをPDF変換し，カレントディレクトリに出力する場合．
$ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc
PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.
ASCII Tex
変換方法
$ platex Texファイル
(例)
sample.texをDVIファイルに変換する場合
$ cat sample.tex
\documentclass{jarticle}
\begin{document}
これはサンプルです．
\end{document}
$
$ platex sample.tex組版結果のファイル(sample.dvi)が生成されます.
gnuplot
起動方法
$ gnuplot
tgif
起動方法
$ tgif
inkscape
起動方法
$ inkscape
dia
起動方法
$ dia
Gimp
起動方法
$ gimp
ImageMagick
コマンド
- convert：画像のサイズ変更，フォーマット変更，画像の編集，色加工など
- mogrityt：画像を一括で処理する
- identifyt：画像ファイルの情報やサーバ情報を取得・表示する
- montaget：画像を並べて結合する
- compositet：画像を合成する
- displayt：画像を表示する
(例)
JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合
$ convert sample.jpg sample.png
(例)
複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合
$ mogrify -format png *.jpg
Ghostscript
起動方法
$ gs
研究用アプリケーション
バッチジョブやインタラクティブジョブにより計算サーバにインストールされた研究用アプリケーションを実行可能です．バッチジョブを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, ジョブの実行 を参照して下さい．
ANSYS HFSS ※2024年4月以降は保守契約を行っておりません
qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.
$ qsub -IX -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash (ここからインタラクティブジョブの中) $ . /etc/profile $ module load ansys.hfss2024 $ ansysedt
ABAQUS
バッチジョブの実行スクリプト例
#!/bin/bash #PBS -q Eduq #PBS -l select=1:ncpus=1:mem=16g . /etc/profile module load abaqus-2025 cd $PBS_O_WORKDIR abaqus
インタラクティブジョブでAbaqus CAE(X Window)を利用する場合
qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.
$ qsub -IX -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash (ここからインタラクティブジョブの中) $ . /etc/profile $ module load abaqus-2025 $ abaqus cae
COMSOL Multiphysics
qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.
$ qsub -IX -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=16g -v SINGULARYTY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash (ここからインタラクティブジョブの中) $ . /etc/profile $ module load comsol63 $ comsol -3drend sw
Gaussian
サンプル入力ファイル(methane.com)
%nprocshared=4 %mem=8000MB %chk=methane.chk #p B3LYP/6-31G** opt freq methane 0 1 C -0.01350511 0.30137653 0.27071342 H 0.34314932 -0.70743347 0.27071342 H 0.34316773 0.80577472 1.14436492 H 0.34316773 0.80577472 -0.60293809 H -1.08350511 0.30138971 0.27071342
バッチジョブの実行スクリプト例
#!/bin/bash #PBS -q Eduq #PBS -l select=1:ncpus=4:mem=10gb . /etc/profile cd $PBS_O_WORKDIR g16 methane
Materials Studio ※2025年4月以降は保守契約を行っておりません
バッチジョブの実行スクリプト例(CASTEP)
#PBS -q Eduq #PBS -l select=1:ncpus=4:mem=10gb #PBS -l walltime=3:00:00 #PBS -v SINGULARITY_IMAGE=/common/prg_env_amd_2025.01.sif export LM_LICENSEFILE=license2.imc.tut.ac.jp DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME cp /common/MaterialsStudio25/MaterialsStudio25.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh . ./RunCASTEP.sh -np 4 Al cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/CASTEP.tarを展開してください．
バッチジョブの実行スクリプト例(DMol3)
#!/bin/bash #PBS -q Eduq #PBS -l select=1:ncpus=4 #PBS -l walltime=3:00:00 export LM_LICENSEFILE=license2.imc.tut.ac.jp DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME cp /common/MaterialsStudio25.1/etc/DMo13/bin/RunDMol3.sh . ./RunDMol3.sh -np 4 Al cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/DMol3.tarを展開してください．
アプリケーションから窓口サーバへジョブ投入
Materials Studioのアプリケーションから窓口サーバへジョブ実行が出来ます．利用したい場合は，Material Studio利用者グループ（ materials-studio-users@lists.imc.tut.ac.jp )へ所属（研究室）＋氏名＋大学アカウント名（学生：英字1文字数時6桁，教職員：英字2桁数字3桁）をご連絡下さい．手順８の認証は専用のパスワードになり，これを発行するのに必要となります．