アプリケーションの実行

アプリケーションの実行
1. 窓口サーバ用アプリケーション
2. 研究用アプリケーション

窓口サーバ用アプリケーション

窓口サーバで次のアプリケーションを利用可能です．
以下に実行コマンドを示します.

Emacs

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ emacs

(例)
ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合

$ emacs sample.txt

Perl

使用方法は perl 5.16.3 を参照してください．

実行方法

(例)
Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合

・スクリプトの内容

$ cat hello.pl
#!/usr/bin/perl
print "Hello world!\n";

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.pl
$ ./hello.pl
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合

$ perl -e 'print "Hello world!\n";'
Hello world!

Python

使用方法は python 2.7 を参照してください．

実行方法

(例)
Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合

・スクリプトの内容

$ cat hello.py
#!/usr/bin/python
print "Hello world!"

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.py
$ ./hello.py
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合

$ python -c 'print "Hello world!"'
Hello world!

Ruby

使用方法は ruby 2.0.0 を参照してください．

実行方法

(例)
Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合

・スクリプトの内容

$ cat hello.rb
#!/usr/bin/ruby
puts "Hello world!"

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.rb
$ ./hello.rb
Hello world!

(例)
インタラクティブに実行する場合

$ irb
irb(main):001:0> puts "Hello world!"
Hello world!
=> nil

Clang c++ LLVM（準備中）

使用方法は clang を参照してください．

JDK

PATH設定

以下のコマンドを実行します．

$ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_212
$ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

コンパイル方法

以下のコマンドを実行します．

$ javac Javaプログラムファイル

実行方法

以下のコマンドを実行します．

$ java クラス名

MATLAB（準備中）

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ matlab-R2019a

Google Chrome

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ google-chrome

Mozilla Firefox

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ firefox

dvipdfmx

変換方法

以下のコマンドを実行します．

$ dvipdfmx DVIファイル

(例)
sample.dviをPDFファイルに変換する場合

$ dvipdfmx sample.dvi

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

Evince

表示方法

以下のコマンドを実行します．

$ evince PDFファイル

(例)
sample.pdfを表示する場合

$ evince sample.pdf

PDFファイル(sample.pdf)が表示されます.

LibreOffice

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ soffice パラメータ

(例)
sample.docをPDF変換し、カレントディレクトリに出力する場合．

$ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

ASCII Tex（準備中）

変換方法

以下のコマンドを実行します．

$ platex Texファイル

(例)
sample.texをDVIファイルに変換する場合

$ cat sample.tex
\documentclass{jarticle}
\begin{document}

これはサンプルです。

\end{document}
$ 
$ platex sample.tex

組版結果のファイル(sample.dvi)が生成されます.

gnuplot

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gnuplot

tgif

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ tgif

inkscape

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ inkscape

dia

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ dia

Gimp

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gimp

ImageMagick

コマンド

convert：画像のサイズ変更、フォーマット変更、画像の編集、色加工など
mogrityt：画像を一括で処理する
identifyt：画像ファイルの情報やサーバ情報を取得・表示する
montaget：画像を並べて結合する
compositet：画像を合成する
displayt：画像を表示する

(例)
JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合

$ convert sample.jpg sample.png

(例)
複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合

$ mogrify -format png *.jpg

Ghostscript

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gs

研究用アプリケーション

コンテナ上で次の研究用アプリケーションを実行可能です．
GUIアプリケーションのGaussViewやPatran以外の研究用アプリケーションを実行する場合は，PBS Professional用の実行スクリプトを作成し，qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は，ジョブの実行を参照して下さい．以下に実行スクリプト例を示します.

ANSYS Multiphysics（準備中）

シングルジョブ

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm1.dat -o vm1.out -j vm1

*vm1.datは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/ansys/data/verifにあります．

並列ジョブ

例：Shared Memory ANSYSを用いる場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4

例：Distributed ANSYSを用いる場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=2:ppn=2
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4 -dis

*vm141.datは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/ansys/data/verifにあります．

ANSYS CFX（準備中）

シングルジョブ

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

cfx5solve -def StaticMixer.def

*StaticMixer.defは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/CFX/examplesにあります．

並列ジョブ

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

cfx5solve -def StaticMixer.def -part 4 -start-method 'Intel MPI Local Parallel'

*StaticMixer.defは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/CFX/examplesにあります．

ANSYS HFSS（準備中）

ANSYS HFSS利用マニュアルをご参照下さい。

ABAQUS（準備中）

シングルジョブ

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load abaqus-6.12-3

cd $PBS_O_WORKDIR

abaqus job=1_mass_coarse

*1_mass_coarse.inpは/common/abaqus-6.12-3/6.12-3/samples/job_archive/samples.zipにあります．

COMSOL Multiphysics（準備中）

<=★ 実行方法を確認後、記載する

Gaussian（準備中）

サンプル入力ファイル(methane.com)

%NoSave
%Mem=512MB
%NProcShared=4
%chk=methane.chk
#MP2/6-31G opt

methane

0  1
 C                 -0.01350511    0.30137653    0.27071342
 H                  0.34314932   -0.70743347    0.27071342
 H                  0.34316773    0.80577472    1.14436492
 H                  0.34316773    0.80577472   -0.60293809
 H                 -1.08350511    0.30138971    0.27071342

シングルジョブ

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load gaussian09-C.01

cd $PBS_O_WORKDIR

g09 methane.com

並列ジョブ

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4,mem=3gb,pvmem=3gb
#PBS -q wSrchq

cd $PBS_O_WORKDIR

module load gaussian09-C.01

g09 methane.com

GaussView（準備中）

起動方法

qsubコマンドの-Iオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入します.
ジョブの中で以下のコマンドを実行します.

$ gview

画面起動後, Gaussianの入力ファイルを読み込み計算結果の可視化を行います.

Patran（準備中）

起動方法

qsubコマンドの-Iオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入します.
ジョブの中で以下のコマンドを実行します.

$ patran