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| ## page was renamed from Usage = Using Cluster Systems = This section explains the usage methods common among [[ClusterSystem|the Next Generation Simulation Technology Education]] and [[WideAreaClusterSystem|the Wide-Area Coordinated Cluster System for Education and Research]]. See the page for each system for details of specific functions. <<TableOfContents(maxdepth=3)>> == Logging In == /* * [[ClusterSystem|Computer Systems for the Next Generation Simulation Technology Education]]*/ * [[WideAreaClusterSystem|Wide-Area Coordinated Cluster System for Education and Research]] == Setting Up the Developmental Environment == To compile a program, it is necessary to set environment variables depending on the parallel processing MPI and the compiler. For example, if you plan to use an Intel MPI as the parallel computing MPI and an Intel compiler as the compiler, set the environment variables using the following commands shown below. Note that the Intel MPI and the Intel compiler are set as the session defaults. {{{ $ module load intelmpi.intel }}} You can also use the following commands to set the environment variables. ||Parallel computing MPI ||Compiler ||Environment variable setting command || ||Intel MPI ||Intel compiler ||module load intelmpi.intel || ||Open MPI ||Intel compiler ||module load openmpi.intel || ||MPICH2 ||Intel compiler ||module load mpich2.intel || ||MPICH1 ||Intel compiler ||module load mpich.intel || ||- ||Intel compiler ||module load intel || ||- ||PGI compiler ||module load pgi || ||- ||gcc compiler ||module load gcc || ||- ||nnvcc compiler ||module load cuda-5.0 || To change the environmental settings, execute the following command to delete the current settings and set the new environment variables. {{{ $ module unload environmental_settings }}} For example, if you change the Intel MPI and the Intel compiler to the Open MPI and the Intel compiler, execute as follows. {{{ $ module unload intelmpi.intel $ module load openmpi.intel }}} == Setting Up the Software Usage Environment == When using software, it is necessary to change the environment variables depending on the software package to be used. For example, use the following command to set the environment variables to use Gaussian. {{{ $ module load gaussian09-C.01 }}} You can also use the following commands to set the environment variables. ||Software name ||Version ||Environment variable setting command || ||||||<style="text-align:center">Structural analysis || ||ANSYS Multiphysics, CFX, Fluent, LS-DYNA ||14.5 ||module load ansys14.5 || ||ABAQUS ||6.12 ||module load abaqus-6.12-3 || ||Patran ||2012.2 ||module load patran-2012.2 || ||DEFORM-3D ||10.2 ||module loadd deform-3d-10.2 || ||||||<style="text-align:center">Computational materials science || ||PHASE (Serial version) ||11.00 ||module load phase-11.00-serial || ||PHASE (Parallel version) ||11.00 ||module load phase-11.00-parallel || ||PHASE-Viewer ||3.2.0 ||module load phase-viewer-v320 || ||UVSOR (Serial version) ||3.42 ||module load uvsor-v342-serial || ||UVSOR (Parallel version) ||3.42 ||module load uvsor-v342-parallel || ||OpenMX (Serial version) ||3.6 ||module load openmx-3.6-serial || ||OpenMX (Parallel version) ||3.6 ||module load openmx-3.6-parallel || ||||||<style="text-align:center">Computational Science || ||Gaussian ||09 Rev.C.01 ||module load gaussian09-C.01 || ||NWChem (Serial version) ||6.1.1 ||module load nwchem-6.1.1-serial || ||NWChem (Parallel version) ||6.1.1 ||module load nwchem-6.1.1-parallel || ||GAMESS (Serial version) ||2012.R2 ||module load gamess-2012.r2-serial || ||GAMESS (Parallel version) ||2012.R2 ||module load gamess-2012.r2-parallel || ||MPQC ||3.0-alpha ||module load mpqc-2.4-4.10.2013.18.19 || ||Amber, AmberTools (Serial version) ||12 ||module load amber12-serial || ||Amber, AmberTools (Parallel version) ||12 ||module load amber12-parallel || ||CONFLEX (Serial version & Parallel version) ||7 ||module load conflex7 || ||||||<style="text-align:center">Technical processing || ||MATLAB ||R2012a ||module load matlab-R2012a || * You must be a Type A user to use ANSYS, ABAQUS, Patran, DEFORM-3D, GAUSSIAN, CHEMKIN-PRO, and MATLAB. * To apply for registration as a Type A user, see: http://imc.tut.ac.jp/research/form. To cancel the software environment, execute the following command. {{{ $ module unload environmental_settings }}} For example, to discard the Gaussian environmental setting, use the following command. {{{ $ module unload gaussian09-C.01 }}} == Setting Up the Session Environment == Editing the following files automatically sets up the session environment after logging in. * When using sh: ~/.profile * When using bash: ~/.bash_profile * When using csh: ~/.cshrc Example 1: To use ansys, gaussian, and conflex in your session through bash, add the following codes to ~/.bashrc. {{{ eval `modulecmd bash load ansys14.5` eval `modulecmd bash load gaussian09-C.01` eval `modulecmd bash load conflex7` }}} Example 2: To use OpenMPI, Intel Compiler, gaussian, and conflex in your session through csh, add the following codes to ~/.cshrc. {{{ eval `modulecmd tcsh unload intelmpi.intel` eval `modulecmd tcsh load openmpi.intel` eval `modulecmd tcsh load gaussian09-C.01` eval `modulecmd tcsh load conflex7` }}} The following command displays the currently loaded modules. {{{ $ module list }}} The following command displays the available modules. {{{ $ module avail }}} == Compiling == === Intel Compiler === To compile a C/C++ program, execute the following command. {{{ $ icc source_file_name –o output_program_name }}} To compile a FORTRAN program, execute the following command. {{{ $ ifort source_file_name –o output_program_name }}} === PGI Compiler === To compile a C/C++ program, execute the following command. {{{ $ pgcc source_file_name –o output_program_name }}} To compile a FORTRAN program, execute the following command. {{{ $ pgf90 source_file_name –o output_program_name }}} {{{ $ pgf77 source_file_name –o output_program_name }}} === GNU Compiler === To compile a C/C++ program, execute the following command. {{{ $ gcc source_file_name –o output_program_name }}} === Intel MPI === To compile a C/C++ program, execute the following command. {{{ $ mpiicc source_file_name –o output_program_name }}} To compile a FORTRAN program, execute the following command. {{{ $ mpiifort source_file_name –o output_program_name }}} === OpenMPI, MPICH2, MPICH1 === To compile a C/C++ program, execute the following command. {{{ $ mpicc source_file_name –o output_program_name }}} To compile a FORTRAN program, execute the following command. {{{ $ mpif90 source_file_name –o output_program_name }}} {{{ $ mpif77 source_file_name –o output_program_name }}} == Executing Jobs == The job management system, Torque, is used to manage jobs to be executed. Always use Torque to execute jobs. === Queue Configuration === /* * [[ClusterSystem|Computer Systems for the Next Generation Simulation Technology Education]] */ * [[WideAreaClusterSystem|Wide-Area Coordinated Cluster System for Education and Research]] === Submitting Jobs === Create the Torque script and submit the job as follows using the qsub command. {{{ $ qsub –q quque_name script_name }}} For example, enter the following to submit a job to rchq, a research job queue. {{{ $ qsub -q rchq script_name }}} In the script, specify the number of processors per node to request as follows. {{{ #PBS -l nodes=no_of_nodes:ppn=processors_per_node }}} Example: To request 1 node and 16 processors per node {{{ #PBS -l nodes=1:ppn=16 }}} Example: To request 4 nodes and 16 processors per node {{{ #PBS -l nodes=4:ppn=16 }}} To execute a job with the specified memory capacity, add the following codes to the script. {{{ #PBS -l nodes=no_of_nodes:ppn=processors_per_node,mem=memory_per_job }}} Example: To request 1 node, 16 processors per node, and 16GB memory per job {{{ #PBS -l nodes=1:ppn=16,mem=16gb }}} To execute a job with the specified calculation node, add the following codes to the script. {{{ #PBS -l nodes=nodeA:ppn=processors_for_nodeA+nodeB:ppn= processors_for_nodeB，・・・ }}} Example: To request csnd00 and csnd01 as the nodes and 16 processors per node {{{ #PBS -l nodes=csnd00:ppn=16+csnd01:ppn=16 }}} * From csnd00 to csnd27 are the calculation nodes (see Hardware Configuration under System Configuration). * csnd00 and csnd01 are equipped with Tesla K20X. To execute a job on a calculation node with GPGPU, add the following codes to the script. {{{ #PBS -l nodes=1:GPU:ppn=1 }}} To execute a job in a specified duration of time, add the following codes to the script. {{{ #PBS -l walltime=hh:mm:ss }}} Example: To request a duration of 336 hours to execute a job {{{ #PBS -l walltime=336:00:00 }}} The major options of the qsub command are as follows. ||Option ||Example ||Description || ||-e ||-e filename ||Outputs the standard error to a specified file. When the -e option is not used, the output file is created in the directory where the qsub command was executed. The file name convention is job_name.ejob_no. || ||-o ||-o filename ||Outputs the standard output to the specified file. When the -o option is not used, the output file is created in the directory where the qsub command was executed. The file name convention is job_name.ojob_no. || ||-j ||-j join ||Specifies whether to merge the standard output and the standard error to a single file or not.<<BR>>-j oe: Merges the standard error into the standard output file.<<BR>>-j eo: Merges the standard output into the standard error file.<<BR>>-j n: Does not merge the standard error file and the standard output file (Default). || ||-q ||-q destination ||Specifies the queue to submit a job. || ||-l ||-l resource_list ||Specifies the resources required for job execution. || ||-N ||-N name ||Specifies the job name (up to 15 characters). If a job is submitted via a script, the script file name is used as the job name by default. Otherwise, STDIN is used. || ||-m ||-m mail_events ||Notifies the job status by an email.<<BR>>-m n: Does not send an email.<<BR>>-m a: Sends an email if the job terminates abnormally.<<BR>>-m b: Sends an email when the job execution starts.<<BR>>-m e: Sends an email when the job execution ends. || ||-M ||-M user_list ||Specifies the email address to receive the notice. || ==== Sample Script: When Using an Intel MPI and an Intel Compiler ==== {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -q rchq #PBS -l nodes=1:ppn=16 MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'` cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np $MPI_PROCS ./a.out }}} * The target queue (either eduq or rchq) to submit the job can be specified in the script. ==== Sample Script: When Using an OpenMPI and an Intel Compiler ==== {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -q rchq #PBS -l nodes=1:ppn=16 MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'` module unload intelmpi.intel module load openmpi.intel cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np $MPI_PROCS ./a.out }}} * The target queue (either eduq or rchq) to submit the job can be specified in the script. ==== Sample Script: When Using an MPICH2 and an Intel Compiler ==== {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -q rchq #PBS -l nodes=1:ppn=16 MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'` module unload intelmpi.intel module load mpich2.intel cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np $MPI_PROCS -iface ib0 ./a.out }}} * When using MPICH2, always specify the -iface option. * The target queue (either eduq or rchq) to submit the job can be specified in the script. ==== Sample Script: When Using an OpenMP Program ==== {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -q eduq export OMP_NUM_THREADS=8 cd $PBS_O_WORKDIR ./a.out }}} ==== Sample Script: When Using an MPI/OpenMP Hybrid Program ==== {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=4:ppn=8 #PBS -q eduq export OMP_NUM_THREADS=8 cd $PBS_O_WORKDIR sort -u $PBS_NODEFILE > hostlist mpirun -np 4 -machinefile ./hostlist ./a.out }}} ==== Sample Script: When Using a GPGPU Program ==== {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:GPU:ppn=1 #PBS -q eduq cd $PBS_O_WORKDIR module load cuda-5.0 ./a.out }}} === ANSYS Multiphysics Job === ==== Single Job ==== The sample script is as follows. {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -q eduq module load ansys14.5 cd $PBS_O_WORKDIR ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm1.dat -o vm1.out -j vm1 }}} * vm1.dat exists in /common/ansys14.5/ansys_inc/v145/ansys/data/verif. ==== Parallel Jobs ==== The sample script is as follows. Example: When using Shared Memory ANSYS {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -q eduq module load ansys14.5 cd $PBS_O_WORKDIR ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4 }}} Example: When using Distributed ANSYS {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=2:ppn=2 #PBS -q eduq module load ansys14.5 cd $PBS_O_WORKDIR ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4 -dis }}} * vm141.dat exists in /common/ansys14.5/ansys_inc/v145/ansys/data/verif === ANSYS CFX Job === ==== Single Job ==== The sample script is as follows. {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -q eduq module load ansys14.5 cd $PBS_O_WORKDIR cfx5solve -def StaticMixer.def }}} * StaticMixer.def exists in /common/ansys14.5/ansys_inc/v145/CFX/examples. ==== Parallel Jobs ==== The sample script is as follows. {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -q eduq module load ansys14.5 cd $PBS_O_WORKDIR cfx5solve -def StaticMixer.def -part 4 -start-method 'Intel MPI Local Parallel' }}} *StaticMixer.def exits in /common/ansys14.5/ansys_inc/v145/CFX/examples. === ANSYS Fluentジョブ === ==== シングルジョブ ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -q eduq module load ansys14.5 cd $PBS_O_WORKDIR fluent 3ddp -g -i input-3d > stdout.txt 2>&1 }}} ==== 並列ジョブ ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -q eduq module load ansys14.5 cd $PBS_O_WORKDIR fluent 3ddp -g -i input-3d -t4 -mpi=intel > stdout.txt 2>&1 }}} === ANSYS LS-DYNAジョブ === ==== シングルジョブ ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -q eduq module load ansys14.5 cd $PBS_O_WORKDIR lsdyna145 i=hourglass.k memory=100m }}} *hourglass.kはLS-DYNA Examples(http://www.dynaexamples.com/)を参照してください． === ABAQUSジョブ === ==== シングルジョブ ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -q eduq module load abaqus-6.12-3 cd $PBS_O_WORKDIR abaqus job=1_mass_coarse }}} *1_mass_coarse.inpは/common/abaqus-6.12-3/6.12-3/samples/job_archive/samples.zipにあります． === PHASEジョブ === ==== 並列ジョブ (phaseコマンド:SCF計算) ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -q eduq #PBS -l nodes=2:ppn=2 cd $PBS_O_WORKDIR module load phase-11.00-parallel mpirun -np 4 phase }}} * phaseの場合、入出力ファイル一式はfile_names.dataという名前のファイルで記述されます. * 入力ファイル一式として例えば、/common/phase-11.00-parallel/sample/Si2/scf/下のサンプルなどを利用できます. ==== シングルジョブ (ekcalコマンド:Band計算) ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -q eduq #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR module load phase-11.00-parallel ekcal }}} * ekcalの場合、入出力ファイル一式はfile_names.dataという名前のファイルで記述されます. * 入力ファイル一式として例えば、/common/phase-11.00-parallel/sample/Si2/band/下のサンプルなどを利用できます. * (Si2/band/のサンプルを使用するには、予め../scf/のサンプルを実行してnfchgt.dataを用意しておく必要があります。). === UVSORジョブ === ==== 並列ジョブ (epsmainコマンド:誘電率計算) ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -q eduq #PBS -l nodes=2:ppn=2 cd $PBS_O_WORKDIR module load uvsor-v342-parallel mpirun -np 4 epsmain }}} * epsmainの場合、入出力ファイル一式はfile_names.dataという名前のファイルで記述されます. * 入力ファイル一式として例えば、/common/uvsor-v342-parallel/sample/electron/Si/eps/下のサンプルなどを利用できます. * (Si/eps/のサンプルを使用するには、予め、../scf/のサンプルを実行してnfchgt.dataを用意しておく必要があります。). === OpenMXジョブ === ==== 並列ジョブ ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． {{{ ### sample #!/bin/bash #PBS -l nodes=2:ppn=2 cd $PBS_O_WORKDIR module load openmx-3.6-parallel export LD_LIBRARY_PATH=/common/intel-2013/composer_xe_2013.1.117/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH mpirun -4 openmx H2O.dat }}} * H2O.datは/common/openmx-3.6-parallel/work/にあります. * ただし、H2O.datに以下の一行を追加しておく必要があります. * DATA.PATH /common/openmx-3.6-parallel/DFT_DATA11. === GAUSSIANジョブ === サンプル入力ファイル(methane.com) {{{ %NoSave %Mem=512MB %NProcShared=4 %chk=methane.chk #MP2/6-31G opt methane 0 1 C -0.01350511 0.30137653 0.27071342 H 0.34314932 -0.70743347 0.27071342 H 0.34316773 0.80577472 1.14436492 H 0.34316773 0.80577472 -0.60293809 H -1.08350511 0.30138971 0.27071342 }}} ==== シングルジョブ ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -q eduq module load gaussian09-C.01 cd $PBS_O_WORKDIR g09 methane.com }}} ==== 並列ジョブ ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=4,mem=3gb,pvmem=3gb #PBS -q eduq cd $PBS_O_WORKDIR module load gaussian09-C.01 g09 methane.com }}} === NWChemジョブ === サンプル入力ファイル(h2o.nw) {{{ echo start h2o title h2o geometry units au O 0 0 0 H 0 1.430 -1.107 H 0 -1.430 -1.107 end basis * library 6-31g** end scf direct; print schwarz; profile end task scf }}} ==== 並列ジョブ ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -q eduq #PBS -l nodes=2:ppn=2 export NWCHEM_TOP=/common/nwchem-6.1.1-parallel cd $PBS_O_WORKDIR module load nwchem.parallel mpirun -np 4 nwchem h2o.nw }}} === GAMESSジョブ === ==== シングルジョブ ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． {{{ ### sample #!/bin/bash #PBS -q eduq #PBS -l nodes=1:ppn=1 module load gamess-2012.r2-serial mkdir -p /work/$USER/scratch/$PBS_JOBID mkdir -p $HOME/scr rm -f $HOME/scr/exam01.dat rungms exam01.inp 00 1 }}} * exam01.inpは/common/gamess-2012.r2-serial/tests/standard/にあります. === MPQCジョブ === サンプル入力ファイル(h2o.in) {{{ % HF/STO-3G SCF water method: HF basis: STO-3G molecule: O 0.172 0.000 0.000 H 0.745 0.000 0.754 H 0.745 0.000 -0.754 }}} ==== 並列ジョブ ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -q rchq #PBS -l nodes=2:ppn=2 MPQCDIR=/common/mpqc-2.4-4.10.2013.18.19 cd $PBS_O_WORKDIR module load mpqc-2.4-4.10.2013.18.19 mpirun -np 4 mpqc -o h2o.out h2o.in }}} === AMBERジョブ === サンプル入力ファイル(gbin-sander) {{{ short md, nve ensemble &cntrl ntx=5, irest=1, ntc=2, ntf=2, tol=0.0000001, nstlim=100, ntt=0, ntpr=1, ntwr=10000, dt=0.001, / &ewald nfft1=50, nfft2=50, nfft3=50, column_fft=1, / EOF }}} サンプル入力ファイル(gbin-pmemd) {{{ short md, nve ensemble &cntrl ntx=5, irest=1, ntc=2, ntf=2, tol=0.0000001, nstlim=100, ntt=0, ntpr=1, ntwr=10000, dt=0.001, / &ewald nfft1=50, nfft2=50, nfft3=50, / EOF }}} ==== シングルジョブ ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． 例：sanderを用いる場合 {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -q eduq module load amber12-serial cd $PBS_O_WORKDIR sander -i gbin-sander -p prmtop -c eq1.x }}} *prmtop, eq1.xは/common/amber12-parallel/test/4096watにあります． 例：pmemdを用いる場合 {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -q eduq module load amber12-serial cd $PBS_O_WORKDIR pmemd -i gbin-pmemd -p prmtop -c eq1.x }}} *prmtop, eq1.xは/common/amber12-parallel/test/4096watにあります． ==== 並列ジョブ ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． 例：sanderを用いる場合 {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=2:ppn=4 #PBS -q eduq module unload intelmpi.intel module load openmpi.intel module load amber12-parallel cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 8 sander.MPI -i gbin-sander -p prmtop -c eq1.x }}} *prmtop, eq1.xは/common/amber12-parallel/test/4096watにあります． 例：pmemd を用いる場合 {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=2:ppn=4 #PBS -q eduq module unload intelmpi.intel module load openmpi.intel module load amber12-parallel cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 8 pmemd.MPI -i gbin-pmemd -p prmtop -c eq1.x }}} *prmtop, eq1.xは/common/amber12-parallel/test/4096watにあります． === CONFLEXジョブ === サンプル入力ファイル(methane.mol) {{{ Sample Chem3D Core 13.0.009171314173D 5 4 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000 0.1655 0.7586 0.0176 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.2324 -0.3315 0.0062 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.7729 -0.7586 0.0063 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.7729 -0.6729 0.8919 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.7648 -0.6523 -0.8919 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 1 0 2 3 1 0 2 4 1 0 2 5 1 0 M END }}} ==== シングルジョブ ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -q eduq c cd $PBS_O_WORKDIR flex7a1.ifc12.Linux.exe -par /common/conflex7/par methane }}} ==== 並列ジョブ ==== 実行スクリプトを作成しqsubコマンドよりジョブを投入します． 以下に，実行スクリプト例を示します． {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -q eduq module load conflex7 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 8 flex7a1.ifc12.iMPI.Linux.exe -par /common/conflex7/par methane }}} === MATLABジョブ === サンプル入力ファイル(matlabdemo.m) {{{ % Sample n=6000;X=rand(n,n);Y=rand(n,n);tic; Z=X*Y;toc % after finishing work switch getenv('PBS_ENVIRONMENT') case {'PBS_INTERACTIVE',''} disp('Job finished. Results not yet saved.'); case 'PBS_BATCH' disp('Job finished. Saving results.') matfile=sprintf('matlab-%s.mat',getenv('PBS_JOBID')); save(matfile); exit otherwise disp([ 'Unknown PBS environment ' getenv('PBS_ENVIRONMENT')]); end }}} ==== シングルジョブ ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． {{{ ### sample #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -q eduq module load matlab-R2012a cd $PBS_O_WORKDIR matlab -nodisplay -nodesktop -nosplash -nojvm -r "maxNumCompThreads(1); matlabdemo" }}} ==== 並列ジョブ ==== 以下に，実行スクリプト例を示します． {{{ ### sample #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -q eduq module load matlab-R2012a cd $PBS_O_WORKDIR matlab -nodisplay -nodesktop -nosplash -nojvm -r "maxNumCompThreads(4); matlabdemo" }}} === CASTEP/DMol3ジョブ === 本学スパコンを利用してMaterials Studio CASTEP/DMol3を実行する場合， ① Materials Studio Visualiserからスパコンに対しジョブを投入する(Materials Studio2016のみ対応) ② 入力ファイルをWinscp等でスパコンに転送し「qsub」コマンドによりジョブを投入する の二通りがあります．ここでは②について説明します．②で実行する場合，ジョブスケジューラに与えるパラメータを変更することができます．以下では，CASTEPを例に説明します． '''1. Materials Studio Visualizerで入力ファイルを作成します．''' 「CASTEP Calculation」ウィンドウの「Files...」をクリックします． {{attachment:castep_calculation.jpg}} 次に，「CASTEP Job Files」ウィンドウの「Save Files」をクリックします． {{attachment:castep_job.jpg}} 入力ファイルは (任意のパス)\(プロジェクト名)_Files\Documents\（上記操作において作成されたフォルダ）\ に保存されます．例えば，acetanilide.xsdに対してCASTEPによりエネルギー計算を行う場合、「（上記操作において作成されたフォルダ）」は「acetanilide CASTEP Energy」となります． また，「(任意のパス)」は，通常，「C:\Users\(アカウント名)\Documents\Materials Studio Projects」です． 作成されるフォルダの名前にはスペースが含まれます．スペースを削除するか，”_”などで置換してください．また，フォルダ名に日本語が含まれてはいけません． '''2. Winscp等のファイル転送ソフトを利用し,作成した入力ファイルをフォルダごと本学スパコンへ転送してください．''' '''3. 転送したフォルダ内に下記のような実行スクリプトを作成し，「qsub」コマンドによりジョブを投入してください．''' {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=24gb,pmem=3gb,vmem=24gb,pvmem=3gb #PBS -l walltime=24:00:00 #PBS -q rchq MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'` cd $PBS_O_WORKDIR cp /common/accelrys/cdev0/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh . perl -i -pe 's/\r//' * ./RunCASTEP.sh -np $MPI_PROCS acetanilide }}} * RunCASTEP.shの第3引数は，転送したフォルダ内のファイル名を指定してください．拡張子は必要ありません． * 「ppn=」は，8以下，の値を指定してください． * 経過時間制限値，メモリ利用容量制限値は必要に応じて変更できます． * 「CASTEP Calculation」ウィンドウの”Job Control”タブにおける「Gateway location」「Queue」「Run in parallel on」の設定はコマンドライン実行に対し意味を持ちません．qsubコマンド時に利用する実行スクリプト内の設定が用いられます． * 実行スクリプトは利用する計算機や計算モジュールにより異なります．下記の「実行スクリプト例」をご参照ください． '''4. ジョブ終了後、計算結果ファイルをクライアントPCに転送し，Materials studio Visualizerを利用して閲覧してください．''' '''共同利用に関する注意事項''' Materials Studioのライセンスは，CASTEP：8本，Dmol3：8本，を所有しています．1ライセンスで8並列以下のジョブを1つ実行することができます．本ライセンスは共用です．他のユーザーと競合しないように留意の上，ご利用をお願いします． '''実行スクリプト例''' 広域連携教育研究用クラスタシステムでMaterials Studio 8.0 CASTEPを実行する場合： {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=50000mb,pmem=6250mb,vmem=50000mb,pvmem=6250mb #PBS -l walltime=24:00:00 #PBS -q wLrchq MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'` cd $PBS_O_WORKDIR cp /common/accelrys/wdev0/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh . perl -i -pe 's/\r//' * ./RunCASTEP.sh -np $MPI_PROCS acetanilide }}} 広域連携教育研究用クラスタシステムでMaterials Studio 8.0 DMOL3を実行する場合： {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=50000mb,pmem=6250mb,vmem=50000mb,pvmem=6250mb #PBS -l walltime=24:00:00 #PBS -q wLrchq MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'` cd $PBS_O_WORKDIR cp /common/accelrys/wdev0/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh . perl -i -pe 's/\r//' * ./RunDMol3.sh -np $MPI_PROCS acetanilide }}} 広域連携教育研究用クラスタシステムでMaterials Studio 2016 CASTEPを実行する場合： {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=50000mb,pmem=6250mb,vmem=50000mb,pvmem=6250mb #PBS -l walltime=24:00:00 #PBS -q wLrchq MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'` cd $PBS_O_WORKDIR cp /common/accelrys/wdev0/MaterialsStudio2016/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh . perl -i -pe 's/\r//' * ./RunCASTEP.sh -np $MPI_PROCS acetanilide }}} 広域連携教育研究用クラスタシステムでMaterials Studio 2016 DMOL3を実行する場合： {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=50000mb,pmem=6250mb,vmem=50000mb,pvmem=6250mb #PBS -l walltime=24:00:00 #PBS -q wLrchq MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'` cd $PBS_O_WORKDIR cp /common/accelrys/wdev0/MaterialsStudio2016/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh . perl -i -pe 's/\r//' * ./RunDMol3.sh -np $MPI_PROCS acetanilide }}} == ジョブの状態を確認する == ジョブ，キューの状態確認にはqstatコマンドを利用します． (1) ジョブの状態表示 {{{ qstat -a }}} (2) キューの状態表示 {{{ qstat -Q }}} qstatコマンドの主なオプションを以下に示します． ||オプション ||使用例 ||意味 || ||-a ||-a ||すべてのキューイング・実行中のジョブを表示する． || ||-Q ||-Q ||すべてのキューの状態を簡易表示する． || ||-Qf ||-Qf ||すべてのキューの状態を詳細表示する． || ||-q ||-q ||キューの制限値を表示する． || ||-n ||-n ||ジョブに割り当てた計算ノードのホスト名を表示する． || ||-r ||-r ||実行中のジョブのリストを表示させます． || ||-i ||-i ||非実行中のジョブのリストを表示する． || ||-u ||-u ユーザ名 ||指定したユーザのジョブのリストを表示する． || ||-f ||-f ジョブID ||指定したジョブIDの詳細情報を表示する． || == 投入したジョブをキャンセルする == ジョブのキャンセルにはqdelコマンドを使用します． {{{ qdel jobID }}} job IDはqstatコマンドより確認してください． |