Using Cluster Systems

This section explains the usage methods common among the Next Generation Simulation Technology Education and the Wide-Area Coordinated Cluster System for Education and Research. See the page for each system for details of specific functions.

Logging In

* Computer Systems for the Next Generation Simulation Technology Education*/

• Wide-Area Coordinated Cluster System for Education and Research

Setting Up the Developmental Environment

To compile a program, it is necessary to set environment variables depending on the parallel processing MPI and the compiler. For example, if you plan to use an Intel MPI as the parallel computing MPI and an Intel compiler as the compiler, set the environment variables using the following commands shown below. Note that the Intel MPI and the Intel compiler are set as the session defaults.

$ module load intelmpi.intel

You can also use the following commands to set the environment variables.

To change the environmental settings, execute the following command to delete the current settings and set the new environment variables.

$ module unload environmental_settings

For example, if you change the Intel MPI and the Intel compiler to the Open MPI and the Intel compiler, execute as follows.

$ module unload intelmpi.intel
$ module load openmpi.intel

Setting Up the Software Usage Environment

When using software, it is necessary to change the environment variables depending on the software package to be used. For example, use the following command to set the environment variables to use Gaussian.

$ module load gaussian09-C.01

You can also use the following commands to set the environment variables.

• You must be a Type A user to use ANSYS, ABAQUS, Patran, DEFORM-3D, GAUSSIAN, CHEMKIN-PRO, and MATLAB.
• To apply for registration as a Type A user, see:

http://imc.tut.ac.jp/research/form.

To cancel the software environment, execute the following command.

$ module unload environmental_settings

For example, to discard the Gaussian environmental setting, use the following command.

$ module unload gaussian09-C.01

Setting Up the Session Environment

Editing the following files automatically sets up the session environment after logging in.

• When using sh: ~/.profile
• When using bash: ~/.bash_profile
• When using csh: ~/.cshrc

Example 1: To use ansys, gaussian, and conflex in your session through bash, add the following codes to ~/.bashrc.

eval `modulecmd bash load ansys14.5`
eval `modulecmd bash load gaussian09-C.01`
eval `modulecmd bash load conflex7`

Example 2: To use OpenMPI, Intel Compiler, gaussian, and conflex in your session through csh, add the following codes to ~/.cshrc.

eval `modulecmd tcsh unload intelmpi.intel`
eval `modulecmd tcsh load openmpi.intel`
eval `modulecmd tcsh load gaussian09-C.01`
eval `modulecmd tcsh load conflex7`

The following command displays the currently loaded modules.

$ module list

The following command displays the available modules.

$ module avail

Compiling

Intel Compiler

To compile a C/C++ program, execute the following command.

$ icc source_file_name –o output_program_name

To compile a FORTRAN program, execute the following command.

$ ifort source_file_name –o output_program_name

PGI コンパイラ

C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．

$ pgcc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．

$ pgf90 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

$ pgf77 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

GNU コンパイラ

C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．

$ gcc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Intel MPI

C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．

$ mpiicc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．

$ mpiifortソースファイル名 -o 出力するプログラム名

OpenMPI, MPICH2, MPICH1

C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．

$ mpicc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．

$ mpif90 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

$ mpif77 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

ジョブ実行方法

ジョブの管理のため，ジョブ管理システムTorqueを使用しています． 必ず，Torqueを利用してジョブを実行してください．

キュー構成

/* * 次世代シミュレーション技術教育計算機システム

• 広域連携教育研究用クラスタシステム

ジョブ投入方法

Torque用の実行スクリプトを作成し，qsubコマンドで次のようにジョブを投入します．

$ qsub -q キュー名 実行スクリプト名

例えば，研究用キューrchqにジョブを投入する場合は次のようにします．

$ qsub -q rchq 実行スクリプト名

並列数の指定は，実行スクリプト中で次のように行います．

#PBS -l nodes=使用ノード数:ppn=1ノードあたりの並列数

例：1ノードを利用し，ノード内の並列数を16とした場合

#PBS -l nodes=1:ppn=16

例：4ノードを利用し，各ノード内の並列数を16とした場合

#PBS -l nodes=4:ppn=16

利用するメモリ容量を指定して実行したい場合は，実行スクリプト中で次のように記述します．

#PBS -l nodes=使用ノード数:ppn=1ノードあたりの並列数,mem=ジョブあたりのメモリ容量

例：1ノードを利用し，ノード内の並列数を16，ジョブあたりのメモリ容量を16GBとした場合

#PBS -l nodes=1:ppn=16,mem=16gb

利用する演算ノードを指定して実行したい場合は，次のように記述します．

#PBS -l nodes=ホストA:ppn=ホストAでの並列数+ホストB:ppn=ホストBでの並列数，・・・

例：演算ノードcsnd00，csnd01を利用し，各ノード内の並列数を16とした場合

#PBS -l nodes=csnd00:ppn=16+csnd01:ppn=16

* 演算ノードのホスト名はcsnd00～csnd27です（システム構成-ハードウェア構成　参照）．

* csnd00，csnd01はTesla K20Xを搭載しています．

GPGPU搭載の演算ノードを指定して実行したい場合は，次のように記述します．

#PBS -l nodes=1:GPU:ppn=1

ジョブ実行時間を指定して実行したい場合は，次のように記述します．

#PBS -l walltime=hh:mm:ss

例：ジョブ実行時間を336時間とする場合

#PBS -l walltime=336:00:00

qsubコマンドの主なオプションを以下に示します．

サンプルスクリプト：Intel MPI - Intelコンパイラを使用する場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -q rchq
#PBS -l nodes=1:ppn=16
MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'`
cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np $MPI_PROCS ./a.out

* ジョブの投入先（eduq, rchq）はスクリプト内でも指定できます．

サンプルスクリプト：OpenMPI - Intelコンパイラを使用する場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -q rchq
#PBS -l nodes=1:ppn=16
MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'`

module unload intelmpi.intel
module load openmpi.intel

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np $MPI_PROCS ./a.out

* ジョブの投入先（eduq, rchq）はスクリプト内でも指定できます．

サンプルスクリプト：MPICH2 - Intelコンパイラを使用する場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -q rchq
#PBS -l nodes=1:ppn=16
MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'`

module unload intelmpi.intel
module load mpich2.intel

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np $MPI_PROCS -iface ib0 ./a.out

* MPICH2を使用する場合は，必ず，-ifaceオプションを指定してください．

* ジョブの投入先（eduq, rchq）はスクリプト内でも指定できます．

サンプルスクリプト：OpenMPプログラムを利用する場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -q eduq

export OMP_NUM_THREADS=8

cd  $PBS_O_WORKDIR

./a.out

サンプルスクリプト：MPI/OpenMPハイブリドプログラムを利用する場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=4:ppn=8
#PBS -q eduq

export OMP_NUM_THREADS=8

cd  $PBS_O_WORKDIR

sort -u $PBS_NODEFILE > hostlist

mpirun -np 4 -machinefile ./hostlist ./a.out

サンプルスクリプト：GPGPUプログラムを利用する場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:GPU:ppn=1
#PBS -q eduq

cd  $PBS_O_WORKDIR

module load cuda-5.0

./a.out

ANSYS Multiphysicsジョブ

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q eduq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm1.dat -o vm1.out -j vm1

*vm1.datは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/ansys/data/verifにあります．

並列ジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

例：Shared Memory ANSYSを用いる場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q eduq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4

例：Distributed ANSYSを用いる場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=2:ppn=2
#PBS -q eduq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4 -dis

*vm141.datは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/ansys/data/verifにあります．

ANSYS CFXジョブ

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q eduq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

cfx5solve -def StaticMixer.def

*StaticMixer.defは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/CFX/examplesにあります．

並列ジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q eduq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

cfx5solve -def StaticMixer.def -part 4 -start-method 'Intel MPI Local Parallel'

*StaticMixer.defは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/CFX/examplesにあります．

ANSYS Fluentジョブ

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q eduq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

fluent 3ddp -g -i input-3d > stdout.txt 2>&1

並列ジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q eduq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

fluent 3ddp -g -i input-3d -t4 -mpi=intel > stdout.txt 2>&1

ANSYS LS-DYNAジョブ

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q eduq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

lsdyna145 i=hourglass.k memory=100m

*hourglass.kはLS-DYNA Examples(http://www.dynaexamples.com/)を参照してください．

ABAQUSジョブ

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q eduq

module load abaqus-6.12-3

cd $PBS_O_WORKDIR

abaqus job=1_mass_coarse

*1_mass_coarse.inpは/common/abaqus-6.12-3/6.12-3/samples/job_archive/samples.zipにあります．

PHASEジョブ

並列ジョブ (phaseコマンド:SCF計算)

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -q eduq
#PBS -l nodes=2:ppn=2

cd $PBS_O_WORKDIR

module load phase-11.00-parallel
mpirun -np 4 phase

* phaseの場合、入出力ファイル一式はfile_names.dataという名前のファイルで記述されます.

* 入力ファイル一式として例えば、/common/phase-11.00-parallel/sample/Si2/scf/下のサンプルなどを利用できます.

シングルジョブ (ekcalコマンド:Band計算)

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -q eduq
#PBS -l nodes=1:ppn=1

cd $PBS_O_WORKDIR

module load phase-11.00-parallel
ekcal

* ekcalの場合、入出力ファイル一式はfile_names.dataという名前のファイルで記述されます.

* 入力ファイル一式として例えば、/common/phase-11.00-parallel/sample/Si2/band/下のサンプルなどを利用できます.

* (Si2/band/のサンプルを使用するには、予め../scf/のサンプルを実行してnfchgt.dataを用意しておく必要があります。).

UVSORジョブ

並列ジョブ (epsmainコマンド:誘電率計算)

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -q eduq
#PBS -l nodes=2:ppn=2

cd $PBS_O_WORKDIR

module load uvsor-v342-parallel
mpirun -np 4 epsmain

* epsmainの場合、入出力ファイル一式はfile_names.dataという名前のファイルで記述されます.

* 入力ファイル一式として例えば、/common/uvsor-v342-parallel/sample/electron/Si/eps/下のサンプルなどを利用できます.

* (Si/eps/のサンプルを使用するには、予め、../scf/のサンプルを実行してnfchgt.dataを用意しておく必要があります。).

OpenMXジョブ

並列ジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=2:ppn=2

cd $PBS_O_WORKDIR

module load openmx-3.6-parallel
export LD_LIBRARY_PATH=/common/intel-2013/composer_xe_2013.1.117/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
mpirun -4 openmx H2O.dat

* H2O.datは/common/openmx-3.6-parallel/work/にあります.

* ただし、H2O.datに以下の一行を追加しておく必要があります.

* DATA.PATH /common/openmx-3.6-parallel/DFT_DATA11.

GAUSSIANジョブ

サンプル入力ファイル(methane.com)

%NoSave
%Mem=512MB
%NProcShared=4
%chk=methane.chk
#MP2/6-31G opt

methane

0  1
 C                 -0.01350511    0.30137653    0.27071342
 H                  0.34314932   -0.70743347    0.27071342
 H                  0.34316773    0.80577472    1.14436492
 H                  0.34316773    0.80577472   -0.60293809
 H                 -1.08350511    0.30138971    0.27071342

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q eduq

module load gaussian09-C.01

cd $PBS_O_WORKDIR

g09 methane.com

並列ジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4,mem=3gb,pvmem=3gb
#PBS -q eduq

cd $PBS_O_WORKDIR

module load gaussian09-C.01

g09 methane.com

NWChemジョブ

サンプル入力ファイル(h2o.nw)

echo
start h2o
title h2o


geometry units au
 O 0       0        0
 H 0       1.430   -1.107
 H 0      -1.430   -1.107
end

basis
  * library 6-31g**
end
scf
  direct; print schwarz; profile
end
task scf

並列ジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -q eduq
#PBS -l nodes=2:ppn=2

export NWCHEM_TOP=/common/nwchem-6.1.1-parallel
cd $PBS_O_WORKDIR

module load nwchem.parallel
mpirun -np 4 nwchem h2o.nw

GAMESSジョブ

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/bash
#PBS -q eduq
#PBS -l nodes=1:ppn=1

module load gamess-2012.r2-serial
mkdir -p /work/$USER/scratch/$PBS_JOBID
mkdir -p $HOME/scr
rm -f $HOME/scr/exam01.dat
rungms exam01.inp 00 1

* exam01.inpは/common/gamess-2012.r2-serial/tests/standard/にあります.

MPQCジョブ

サンプル入力ファイル(h2o.in)

% HF/STO-3G SCF water
method: HF
basis: STO-3G
molecule:
    O    0.172   0.000   0.000
    H    0.745   0.000   0.754
    H    0.745   0.000  -0.754

並列ジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -q rchq
#PBS -l nodes=2:ppn=2

MPQCDIR=/common/mpqc-2.4-4.10.2013.18.19

cd $PBS_O_WORKDIR

module load mpqc-2.4-4.10.2013.18.19
mpirun -np 4 mpqc -o h2o.out h2o.in

AMBERジョブ

サンプル入力ファイル(gbin-sander)

 short md, nve ensemble
 &cntrl
   ntx=5, irest=1,
   ntc=2, ntf=2, tol=0.0000001,
   nstlim=100, ntt=0,
   ntpr=1, ntwr=10000,
   dt=0.001,
 /
 &ewald
   nfft1=50, nfft2=50, nfft3=50, column_fft=1,
 /
EOF

サンプル入力ファイル(gbin-pmemd)

 short md, nve ensemble
 &cntrl
   ntx=5, irest=1,
   ntc=2, ntf=2, tol=0.0000001,
   nstlim=100, ntt=0,
   ntpr=1, ntwr=10000,
   dt=0.001,
 /
 &ewald
   nfft1=50, nfft2=50, nfft3=50,
 /
EOF

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

例：sanderを用いる場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q eduq

module load amber12-serial

cd $PBS_O_WORKDIR

sander -i gbin-sander -p prmtop -c eq1.x

*prmtop, eq1.xは/common/amber12-parallel/test/4096watにあります．

例：pmemdを用いる場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q eduq

module load amber12-serial

cd $PBS_O_WORKDIR

pmemd -i gbin-pmemd -p prmtop -c eq1.x

*prmtop, eq1.xは/common/amber12-parallel/test/4096watにあります．

並列ジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

例：sanderを用いる場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=2:ppn=4
#PBS -q eduq

module unload intelmpi.intel
module load openmpi.intel
module load amber12-parallel

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 8 sander.MPI -i gbin-sander -p prmtop -c eq1.x

*prmtop, eq1.xは/common/amber12-parallel/test/4096watにあります．

例：pmemd を用いる場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=2:ppn=4
#PBS -q eduq

module unload intelmpi.intel
module load openmpi.intel
module load amber12-parallel

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 8 pmemd.MPI -i gbin-pmemd -p prmtop -c eq1.x

*prmtop, eq1.xは/common/amber12-parallel/test/4096watにあります．

CONFLEXジョブ

サンプル入力ファイル(methane.mol)

  Sample
  Chem3D Core 13.0.009171314173D

  5  4  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
    0.1655    0.7586    0.0176 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.2324   -0.3315    0.0062 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.7729   -0.7586    0.0063 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.7729   -0.6729    0.8919 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.7648   -0.6523   -0.8919 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  2  1  1  0
  2  3  1  0
  2  4  1  0
  2  5  1  0
M  END

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q eduq

c
cd $PBS_O_WORKDIR

flex7a1.ifc12.Linux.exe -par /common/conflex7/par methane

並列ジョブ

実行スクリプトを作成しqsubコマンドよりジョブを投入します． 以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -q eduq

module load conflex7

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 8 flex7a1.ifc12.iMPI.Linux.exe -par /common/conflex7/par methane

MATLABジョブ

サンプル入力ファイル(matlabdemo.m)

% Sample

n=6000;X=rand(n,n);Y=rand(n,n);tic; Z=X*Y;toc

% after finishing work
switch getenv('PBS_ENVIRONMENT')
  case {'PBS_INTERACTIVE',''}
    disp('Job finished. Results not yet saved.');
  case 'PBS_BATCH'
    disp('Job finished. Saving results.')
    matfile=sprintf('matlab-%s.mat',getenv('PBS_JOBID'));
    save(matfile);
    exit
  otherwise
    disp([ 'Unknown PBS environment ' getenv('PBS_ENVIRONMENT')]);
end

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q eduq

module load matlab-R2012a

cd $PBS_O_WORKDIR

matlab -nodisplay -nodesktop -nosplash -nojvm -r "maxNumCompThreads(1); matlabdemo"

並列ジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q eduq

module load matlab-R2012a

cd $PBS_O_WORKDIR

matlab -nodisplay -nodesktop -nosplash -nojvm -r "maxNumCompThreads(4); matlabdemo"

CASTEP/DMol3ジョブ

本学スパコンを利用してMaterials Studio CASTEP/DMol3を実行する場合，

①　Materials Studio Visualiserからスパコンに対しジョブを投入する(Materials Studio2016のみ対応)

②　入力ファイルをWinscp等でスパコンに転送し「qsub」コマンドによりジョブを投入する

の二通りがあります．ここでは②について説明します．②で実行する場合，ジョブスケジューラに与えるパラメータを変更することができます．以下では，CASTEPを例に説明します．

1. Materials Studio Visualizerで入力ファイルを作成します．

「CASTEP Calculation」ウィンドウの「Files...」をクリックします．

次に，「CASTEP Job Files」ウィンドウの「Save Files」をクリックします．

入力ファイルは

(任意のパス)\(プロジェクト名)_Files\Documents\（上記操作において作成されたフォルダ）\

に保存されます．例えば，acetanilide.xsdに対してCASTEPによりエネルギー計算を行う場合、「（上記操作において作成されたフォルダ）」は「acetanilide CASTEP Energy」となります．

また，「(任意のパス)」は，通常，「C:\Users\(アカウント名)\Documents\Materials Studio Projects」です．

作成されるフォルダの名前にはスペースが含まれます．スペースを削除するか，”_”などで置換してください．また，フォルダ名に日本語が含まれてはいけません．

2. Winscp等のファイル転送ソフトを利用し,作成した入力ファイルをフォルダごと本学スパコンへ転送してください．

3. 転送したフォルダ内に下記のような実行スクリプトを作成し，「qsub」コマンドによりジョブを投入してください．

### sample

#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=24gb,pmem=3gb,vmem=24gb,pvmem=3gb
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -q rchq

MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'`

cd $PBS_O_WORKDIR

cp /common/accelrys/cdev0/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh .
perl -i -pe 's/\r//' *

./RunCASTEP.sh -np $MPI_PROCS acetanilide

* RunCASTEP.shの第3引数は，転送したフォルダ内のファイル名を指定してください．拡張子は必要ありません．

* 「ppn=」は，8以下，の値を指定してください．

* 経過時間制限値，メモリ利用容量制限値は必要に応じて変更できます．

* 「CASTEP Calculation」ウィンドウの”Job Control”タブにおける「Gateway location」「Queue」「Run in parallel on」の設定はコマンドライン実行に対し意味を持ちません．qsubコマンド時に利用する実行スクリプト内の設定が用いられます．

* 実行スクリプトは利用する計算機や計算モジュールにより異なります．下記の「実行スクリプト例」をご参照ください．

4. ジョブ終了後、計算結果ファイルをクライアントPCに転送し，Materials studio Visualizerを利用して閲覧してください．

共同利用に関する注意事項

Materials Studioのライセンスは，CASTEP：8本，Dmol3：8本，を所有しています．1ライセンスで8並列以下のジョブを1つ実行することができます．本ライセンスは共用です．他のユーザーと競合しないように留意の上，ご利用をお願いします．

実行スクリプト例

広域連携教育研究用クラスタシステムでMaterials Studio 8.0 CASTEPを実行する場合：

### sample

#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=50000mb,pmem=6250mb,vmem=50000mb,pvmem=6250mb
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -q wLrchq

MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'`

cd $PBS_O_WORKDIR

cp /common/accelrys/wdev0/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh .
perl -i -pe 's/\r//' *

./RunCASTEP.sh -np $MPI_PROCS acetanilide

広域連携教育研究用クラスタシステムでMaterials Studio 8.0 DMOL3を実行する場合：

### sample

#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=50000mb,pmem=6250mb,vmem=50000mb,pvmem=6250mb
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -q wLrchq

MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'`

cd $PBS_O_WORKDIR

cp /common/accelrys/wdev0/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh .
perl -i -pe 's/\r//' *

./RunDMol3.sh -np $MPI_PROCS acetanilide

広域連携教育研究用クラスタシステムでMaterials Studio 2016 CASTEPを実行する場合：

### sample

#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=50000mb,pmem=6250mb,vmem=50000mb,pvmem=6250mb
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -q wLrchq

MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'`

cd $PBS_O_WORKDIR

cp /common/accelrys/wdev0/MaterialsStudio2016/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh .
perl -i -pe 's/\r//' *

./RunCASTEP.sh -np $MPI_PROCS acetanilide

広域連携教育研究用クラスタシステムでMaterials Studio 2016 DMOL3を実行する場合：

### sample

#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=50000mb,pmem=6250mb,vmem=50000mb,pvmem=6250mb
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -q wLrchq

MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'`

cd $PBS_O_WORKDIR

cp /common/accelrys/wdev0/MaterialsStudio2016/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh .
perl -i -pe 's/\r//' *

./RunDMol3.sh -np $MPI_PROCS acetanilide

ジョブの状態を確認する

ジョブ，キューの状態確認にはqstatコマンドを利用します．

(1) ジョブの状態表示

qstat -a

(2) キューの状態表示

qstat -Q

qstatコマンドの主なオプションを以下に示します．

投入したジョブをキャンセルする

ジョブのキャンセルにはqdelコマンドを使用します．

qdel jobID

job IDはqstatコマンドより確認してください．