広域連携教育研究用クラスタシステム
2014年8月1日よりテスト運用を開始しました．
目次
ログイン方法
TeraTerm や putty などの SSH クライアントを利用して，wdev.edu.tut.ac.jp にログインして下さい． ユーザ名とパスワードは，情報メディア基盤センターを利用するユーザ名とパスワードが使えます．
$ ssh wdev.edu.tut.ac.jp
wdev.edu.tut.ac.jp はコンパイルや開発を行うためのサーバです． wdev.edu.tut.ac.jp で大規模な計算処理を実行しないでください． 実際の計算処理については，下記の PBS を利用して，クラスタ上で実行してください． バッチ処理できない計算処理を実行する場合は，小規模シミュレーション用サーバを使ってください．
また，wdev.edu.tut.ac.jp は，実際には2台のサーバを用意して負荷分散しています．
開発環境の設定方法
../ClusterSystemUsage を参照してください．
ソフトウェア利用環境の設定方法
../ClusterSystemUsage を参照してください．
ログイン後の環境設定方法
../ClusterSystemUsage を参照してください．
コンパイル方法
../ClusterSystemUsage を参照してください．
ジョブ実行方法
ジョブの管理のため，ジョブ管理システムTorqueを使用しています． 必ず，Torqueを利用してジョブを実行してください．
キュー構成
以下は暫定構成です．
キュー名 |
利用可能ノード数 |
経過時間制限/ジョブ |
プロセス数制限/ノード |
メモリ容量制限/ノード |
備考 |
wSrchq |
30ノード |
1時間 |
20 |
100GB |
|
wLrchq |
30ノード |
336時間 |
20 |
100GB |
|
ジョブ投入方法
../ClusterSystemUsage を参照してください．
システム構成
ハードウェア構成
分類 |
ホスト名 |
機種 |
CPU |
主記憶容量 |
理論演算性能 |
アクセラレータ |
OS |
開発処理サーバ |
wdev |
HA8000-tc/HT210 |
Xeon E5-2680 v2 2.8GHz 10コア×2 |
128GB |
448GFLOPS |
Xeon Phi |
RHEL6.4 |
演算ノード (Xeon Phi搭載) |
wsnd00〜wsnd15 |
HA8000-tc/HT210 |
Xeon E5-2680 v2 2.8GHz 10コア×2 |
128GB |
448GFLOPS |
Xeon Phi |
RHEL6.4 |
演算ノード |
wsnd16〜wsnd31 |
HA8000-tc/HT210 |
Xeon E5-2680 v2 2.8GHz 10コア×2 |
128GB |
448GFLOPS |
|
RHEL6.4 |
ファイルシステム構成
ホーム領域 |
/home/数字/ユーザ名/ |
一般の端末と同じホーム領域が利用できます．一般の端末からは Z:\ として見えます． |
ワーク領域 |
/gpfs/work/ユーザ名/ |
|
ソフトウェア領域 |
/common/ |
|
ワーク領域は，/work/ユーザ名/ というディレクトリ名でも参照することができます．
/work/ユーザ名/ というディレクトリ名は，各システムで最適なワーク領域を自動的に選ぶためのディレクトリ名として設計されています． 広域連携教育研究用クラスタシステムのワーク領域は GPFS で設計されているのに対して，次世代シミュレーションクラスタシステムのワーク領域は Lustre で設計されています． そのため，次世代シミュレーションクラスタシステムで /work/ユーザ名/ にファイルを置いても，広域連携教育研究用クラスタシステム側では見えません．
広域連携教育研究用クラスタシステム側で，次世代シミュレーションクラスタシステムで使っているワーク領域を参照したい場合は，/lustre/work/ユーザ名/ というディレクトリ名で参照してください． ただし，途中で NFS を経由していますのでアクセス速度はかなり遅くなります．
コンパイラ
コンパイラ |
バージョン |
インストールディレクトリ |
Intel |
14.0.0 Build 20130728 |
/common/intel-2013SP1/ |
PGI |
14.3-0 |
/common/pgi-14.3/ |
GNU |
4.4.7 |
/usr/bin/ |
メッセージ通信ライブラリ(MPI)
ライブラリ |
バージョン |
インストールディレクトリ |
Intel MPI |
14.0.0 Build 20130728 |
/common/intel-2013SP1/ |
Open MPI |
1.6.5 |
/common/openmpi-1.6.5/ |
MPICH 3 |
3.1 |
/common/mpich-3.1/ |
MPICH 1 |
1.2.7p1 |
/common/mpich-1.2.7p1/ |
ソフトウェア構成
ソフトウェア名称 |
バージョン |
説明 |
インストールディレクトリ |
構造解析 |
|||
ANSYS Multiphysics |
14.5 |
マルチフィジックス解析ツール |
/common/ansys14.5/ |
ANSYS CFX |
14.5 |
汎用熱流体解析ソフトウェア |
/common/ansys14.5/ |
ANSYS Fluet |
14.5 |
汎用熱流体解析ソフトウェア |
/common/ansys14.5/ |
ANSYS LS-DYNA |
14.5 |
落下・衝突解析ツール |
/common/ansys14.5/ |
ANSYS HFSS |
15.0.3 |
高周波3次元電磁解解析ソフトウェア |
/common/ansys_hfss-15.0.3/ |
ABAQUS |
6.12 |
汎用非線形有限要素解析プログラム |
/common/abaqus-6.12-3/ |
Patran |
2013 |
CAE環境統合プリ・ポストソフトウェア |
/common/patran-2013/ |
DEFORM-3D |
10.2 |
有限要素法を用いた３次元塑性加工シミュレーションソフト |
/common/deform-3d-10.2/ |
COMSOL |
4.4 |
有限要素法を用いた汎用物理シミュレーションソフト |
/common/comsol44/ |
計算物質科学 |
|||
PHASE (Serial版) |
2014.01 |
第一原理擬ポテンシャルバンド計算ソフトウェア(Serial版) |
/common/phase0-2014.01-serial/ |
PHASE (Parallel版) |
2014.01 |
第一原理擬ポテンシャルバンド計算ソフトウェア(Parallel版) |
/common/phase0-2014.01-parallel/ |
PHASE-Viewer |
3.2.0 |
GUI 統合環境ソフトウェア |
/common/phase-viewer-v320/ |
UVSOR (Serial版) |
3.42 |
第一原理擬ポテンシャル誘電応答解析ソフトウェア(Serial版) |
/common/uvsor-v342-serial/ |
UVSOR (Parallel版) |
3.42 |
第一原理擬ポテンシャル誘電応答解析ソフトウェア(Parallel版) |
/common/uvsor-v342-parallel/ |
OpenMX (Serial版) |
3.7 |
相対論的量子力学に基づくボトムアップ型の階層的第一原理量子シミュレーター(Serial版) |
/common/openmx-3.7-serial/ |
OpenMX (Parallel版) |
3.7 |
相対論的量子力学に基づくボトムアップ型の階層的第一原理量子シミュレーター(Parallel版) |
/common/openmx-3.7-parallel/ |
計算化学 |
|||
Gaussian |
09 Rev.C.01 |
Electronic structure program |
/common/gaussian09-C.01/ |
NWChem (Serial版) |
6.3.2 |
A comprehensive and scalable open-source solution for large scale molecular simulations(Serial版) |
/common/nwchem-6.3.2-serial/ |
NWChem (Parallel版) |
6.3.2 |
A comprehensive and scalable open-source solution for large scale molecular simulations(Parallel版) |
/common/nwchem-6.3.2-parallel/ |
GAMESS (Serial版) |
2013.R1 |
A general ab initio quantum chemistry package(Serial版) |
/common/gamess-2013.r1-serial/ |
GAMESS (Parallel版) |
2013.R1 |
A general ab initio quantum chemistry package(Parallel版) |
/common/gamess-2013.r1-parallel/ |
MPQC |
3.0-alpha |
Massively Parallel Quantum Chemistry Program |
/common/mpqc-3.0.0-a-2014.03.20/ |
Amber (Serial版) |
12 |
Molecular Dynamics Package(Serial版) |
/common/amber12-serial/ |
Amber (Parallel版) |
12 |
Molecular Dynamics Package(Parallel版) |
/common/amber12-parallel/ |
AmberTools (Serial版) |
12 |
Set of several independently developed packages that work well by themselves, and with Amber itself(Serial版) |
/common/amber12-serial/AmberTools/ |
AmberTools (Parallel版) |
12 |
Set of several independently developed packages that work well by themselves, and with Amber itself(Parallel版) |
/common/amber12-parallel/AmberTools/ |
CONFLEX (Serial版) |
7 |
汎用分子力学計算ソフトウエア(Serial版) |
/common/conflex7/ |
CONFLEX (Parallel版) |
7 |
汎用分子力学計算ソフトウエア(Parallel版) |
/common/conflex7/ |
CHEMKIN-PRO |
15112 |
詳細化学反応解析支援ソフトウエア |
/common/chemkin-15112/ |
技術処理 |
|||
MATLAB |
R2013a |
数値計算言語 |
/common/matlab-R2013a/ |
- ANSYS, ABAQUS, Patran, DEFORM-3D, GAUSSIAN, CHEMKIN-PRO, MATLABの利用には登録種別Aへの利用登録が必要です．
登録種別Aの申請方法は http://imc.tut.ac.jp/research/form を参照してください．