ジョブの実行

ジョブ環境

バッチジョブとインタラクティブジョブにより，計算サーバを利用することができます．本システムでは，ジョブスケジューラとしてPBS Professionalを採用しており，ジョブの送信，状況確認等はPBS Professionalのコマンドによって行います．対話的に処理を実行する場合やGUIアプリケーションを起動する場合は，インタラクティブジョブを投入してください．それ以外の場合は，実行スクリプトを準備しバッチジョブを投入してください．
本システムでサポートするジョブ利用形態は，Singularityコンテナ上でのジョブ利用のみとなります．特に指定しない場合，デフォルトのコンテナイメージが使用されますが，利用者が用意したSingularityコンテナを指定することも可能です．詳しくは"コンテナイメージの指定"の箇所を読んでください．

バッチジョブ

ジョブ投入方法

PBS Professional用の実行スクリプトを作成し，qsubコマンドで次のようにジョブを投入します．

$ qsub -q キュー名 実行スクリプト名

例えば，研究用キューEduqにジョブを投入する場合は次のようにします．

$ qsub -q Eduq 実行スクリプト名

qsubコマンドのオプション

主なオプションを以下に示します．

-lオプションで指定可能な主なリソースは下記の通りです．

実行スクリプトにおけるオプションの指定

qsubコマンドのオプションは実行スクリプトの2行目以降で指定することもできます．

・スレッド並列計算などで複数のCPUコアを占有する場合

#PBS -l select=使用ノード数:ncpus=占有CPUコア数（並列数）

・MPIによるプロセス並列計算を行う場合

#PBS -l select=使用ノード数:ncpus=1ノードあたりの占有CPUコア数:mpiprocs=1ノードあたりのMPIプロセス数

・占有するメモリ容量を指定する場合

#PBS -l select=使用ノード数:mem=1ノードあたりのメモリ容量:ncpus=1ノードあたりの並列数

・利用する演算ノードを指定する場合

#PBS -l select=1:vnode=ホストA:ncpus=ホストAでの並列数:vnode=ホストB:ncpus=ホストBでの並列数，・・・

* 演算ノードのホスト名はysnd00～ysnd14です（システム構成-ハードウェア構成　参照）．

* ysnd00～ysnd14はMI210 PCIeを各2枚搭載しています．

GPUを指定して実行したい場合は，次のように記述します．ngpusにはノードあたりのGPU数(0～2)を指定します．GPUはsRchq, mRchq, Eduq, iEduqで使用可能です.

#PBS -l select=1:ngpus=<GPU数>

ジョブ実行時間を指定して実行したい場合は，次のように記述します．

#PBS -l walltime=hh:mm:ss

実行スクリプトの例：逐次実行

 #!/bin/bash
 #PBS -q Eduq
 #PBS -l select=1:ncpus=1
 #PBS -l walltime=1:00:00
 
 ulimit -c 0            # avoid generating core files
 . /etc/profile         # enable module command
 module load intel/2025 # enable use of numerical library

 cd $PBS_O_WORKDIR
 ./test.x

実行スクリプトの例：OpenMP並列

 #!/bin/bash
 #PBS -q Eduq
 #PBS -l select=1:ncpus=4
 
 ulimit -c 0                    # avoid generating core files
 . /etc/profile                 # enable module command
 module load intel/2025
 module load intelmpi/2025
 
 export OMP_NUM_THREADS=4
 cd $PBS_O_WORKDIR
 ./test.x

実行スクリプトの例：ノード占有MPI

 #!/bin/bash
 #PBS -q sRchq
 #PBS -l select=1:ncpus=48:mpiprocs=48:mem=256g
 
 ulimit -c 0                    # avoid generating core files
 . /etc/profile                 # enable module command
 module load intel
 module load intelmpi
 
 export OMP_NUM_THREADS=1
 cd $PBS_O_WORKDIR
 mpirun -np 48 ./test.x

実行スクリプトの例：ノード間並列

ノード間で通信を行うために，~/.sshにてパスワードなしの公開鍵，秘密鍵を作成（例：ssh-keygen -t rsa -b 4096）し，公開鍵の内容をauthorized_keysに追加してください．

 #!/bin/bash
 #PBS -q mRchq
 #PBS -l select=2:ncpus=48:mpiprocs=48:mem=256g
 
 ulimit -c 0                    # avoid generating core files
 . /etc/profile                 # enable module command
 module load intel/2025
 module load intelmpi/2025
 
 export OMP_NUM_THREADS=1
 cd $PBS_O_WORKDIR
 mpirun -np 96 ./test.x

実行スクリプトの例：AMD GPUの利用

 #!/bin/bash
 #PBS -q Eduq
 #PBS -l select=1:ncpus=1:ngpus=1
 #PBS -v SINGULARYTY_IMAGE=/common/prg_env_amd_2025.01.sif
 
 ulimit -c 0            # avoid generating core files
 . /etc/profile         # enable module command
 cd $PBS_O_WORKDIR
 ./test.x

標準/最大リソースの確認

各キューの標準/最大リソースは下記コマンドで確認できます．

qstat -Qf <キュー名>

インタラクティブジョブ

ジョブ投入方法

qsubの-Iオプションを使用することで，対話的にジョブを実行することができます．このときのキューは Eduq もしくは iEduq のいずれかを指定してください． 下記の例では1CPUコア，メモリ8GiB，1GPUのリソースを割り当てて，bashを起動しジョブの中で対話型操作(ホスト名確認，GPU確認)を行う場合の例です．GPUはジョブに割当てられたGPUのみ表示されます．

[******@ydev09 ~]$ qsub -I -q iEduq -l select=1:ncpus=1:mem=8g:ngpus=1 -v SINGULARITY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_amd_2025.01.sif /bin/bash
qsub: waiting for job 1193.ypbs0.edu.tut.ac.jp to start
qsub: job 1193.ypbs0.edu.tut.ac.jp ready

Singularity> hostname
yind00.edu.tut.ac.jp
Singularity>
Singularity> nvidia-smi
Wed May 28 15:49:15 2025
+-----------------------------------------------------------------------------------------+
| NVIDIA-SMI 570.124.06             Driver Version: 570.124.06     CUDA Version: 12.8     |
|-----------------------------------------+------------------------+----------------------+
| GPU  Name                 Persistence-M | Bus-Id          Disp.A | Volatile Uncorr. ECC |
| Fan  Temp   Perf          Pwr:Usage/Cap |           Memory-Usage | GPU-Util  Compute M. |
|                                         |                        |               MIG M. |
|=========================================+========================+======================|
|   0  NVIDIA A100 80GB PCIe          Off |   00000000:CA:00.0 Off |                    0 |
| N/A   40C    P0             65W /  300W |       1MiB /  81920MiB |      0%      Default |
|                                         |                        |             Disabled |
+-----------------------------------------+------------------------+----------------------+

+-----------------------------------------------------------------------------------------+
| Processes:                                                                              |
|  GPU   GI   CI              PID   Type   Process name                        GPU Memory |
|        ID   ID                                                               Usage      |
|=========================================================================================|
|  No running processes found                                                             |
+-----------------------------------------------------------------------------------------+
Singularity> exit
exit

qsub: job 1193.ypbs0.edu.tut.ac.jp completed

コンテナイメージの指定

Singularityイメージを指定してジョブを実行することが可能です．

イメージを指定する場合SINGULARITY_IMAGE=<イメージ名>を指定してジョブを起動します．/common/Singularity_sif/ に用意されているイメージの他に，ユーザが用意したイメージを指定することもできます．Singularityではイメージ内のサービス(EntryPoint)は使用できません．

イメージを指定しない場合は，自動で選択されたSingularityイメージでジョブを起動します．

実行例

下記の例ではコンテナ上でbashを起動し，unameコマンドでホスト名を確認し，pythonでdatetimeをインポートしています．

[*****@ydev09 ~]$ qsub -I -q Eduq -l select=1:ncpus=2:mem=16g -v SINGULARYTY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash
qsub: waiting for job 1191.ypbs0.edu.tut.ac.jp to start
qsub: job 1191.ypbs0.edu.tut.ac.jp ready

Singularity> uname -n
ysnd00.edu.tut.ac.jp
Singularity> python3 -c "import datetime"
Singularity> exit
exit

qsub: job 1191.ypbs0.edu.tut.ac.jp completed

ジョブの管理

ジョブの状態を確認する

ジョブ，キューの状態確認にはqstatコマンドを利用します．

(1) ジョブキューの状態表示

qstat -q

(2) ジョブの状態表示

qstat

(3) ジョブのリソース割当て状況やQueue状態での待ち要因を表示

qstat -asw

(4) 空きリソースの確認

pbsnodes -ajS

投入したジョブをキャンセルする

ジョブのキャンセルにはqdelコマンドを使用します．

qdel jobID

job IDはqstatコマンドより確認してください．

Running状態ジョブがキャンセルできない場合は下記コマンドで強制的にジョブを終了することができます．

qdel -Wforce jobID