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編集者: hitachi28
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行 5: 行 5:
★qsubコマンドでのジョブ投入方法やqsubコマンドの主なオプションを記載する <=★ qsubコマンドでのジョブ投入方法やqsubコマンドの主なオプションを記載する
行 13: 行 13:
#PBS -q rchq
#PBS -l nodes=1:ppn=16
MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'`
cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np $MPI_PROCS ./a.out

}}}
* ジョブの投入先（eduq, rchq）はスクリプト内でも指定できます．		 #PBS -q gSrchq
#PBS -l select=1:ncpus=4:host=xsnd01
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.08

source /etc/profile
cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 4 ./a.out

}}}
* ジョブの投入先（gSrchq）はスクリプト内でも指定できます．
行 26: 行 28:

### sample
#!/bin/sh
#PBS -q rchq
#PBS -l nodes=1:ppn=16
MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'`		 ### sample
#!/bin/sh
#PBS -q gSrchq
#PBS -l select=1:ncpus=4:host=xsnd01
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.08

source /etc/profile
行 38: 行 41:
mpirun -np $MPI_PROCS ./a.out

}}}

* ジョブの投入先（eduq, rchq）はスクリプト内でも指定できます．		 mpirun -np 4 ./a.out
}}}

* ジョブの投入先（gSrchq）はスクリプト内でも指定できます．
行 50: 行 52:
#PBS -l nodes=1:GPU:ppn=1
#PBS -q eduq

cd $PBS_O_WORKDIR

module load cuda-5.0

./a.out

}}}		 #PBS -q gSrchq
#PBS -l select=1:ncpus=1:ngpus=2:host=xsnd01
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.08

cat $PBS_NODEFILE

./cuda-sample-program

}}}
行 70: 行 72:
#PBS -q eduq #PBS -q wSrchq
行 92: 行 94:
#PBS -q eduq #PBS -q wSrchq
行 109: 行 111:
#PBS -q eduq #PBS -q wSrchq
行 137: 行 139:
#PBS -q eduq #PBS -q wSrchq
行 157: 行 159:
#PBS -q eduq #PBS -q wSrchq
行 179: 行 181:
#PBS -q eduq #PBS -q wSrchq
行 192: 行 194:
<=★ 実行方法を確認後、記載する
行 213: 行 216:
==== シングルジョブ ====
以下に，実行スクリプト例を示します．

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q eduq
==== シングルジョブ ====
以下に，実行スクリプト例を示します．

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq
行 239: 行 243:
#PBS -q eduq #PBS -q wSrchq
行 249: 行 253:
=== Patranジョブ ===
行 253: 行 255:
=== ジョブ投入方法 ===
<=★ qsubコマンドでのジョブ投入方法やqsubコマンドの主なオプションを記載する

=== GaussView ===
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ gview
}}}
画面が起動します．

=== Patran ===
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ patran
}}}
画面が起動します．

ジョブの実行

パッチジョブ

ジョブ投入方法

<=★ qsubコマンドでのジョブ投入方法やqsubコマンドの主なオプションを記載する

サンプルスクリプト：Intel MPI - Intelコンパイラを使用する場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -q gSrchq
#PBS -l select=1:ncpus=4:host=xsnd01
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.08

source /etc/profile
cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 4 ./a.out

* ジョブの投入先（gSrchq）はスクリプト内でも指定できます．

サンプルスクリプト：OpenMPI - Intelコンパイラを使用する場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -q gSrchq
#PBS -l select=1:ncpus=4:host=xsnd01
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.08

source /etc/profile

module unload intelmpi.intel
module load openmpi.intel

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 4 ./a.out

* ジョブの投入先（gSrchq）はスクリプト内でも指定できます．

サンプルスクリプト：GPGPUプログラムを利用する場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -q gSrchq
#PBS -l select=1:ncpus=1:ngpus=2:host=xsnd01
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.08

cat $PBS_NODEFILE

./cuda-sample-program

ANSYS Multiphysicsジョブ

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します． 

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm1.dat -o vm1.out -j vm1

*vm1.datは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/ansys/data/verifにあります．

並列ジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

例：Shared Memory ANSYSを用いる場合 

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4

例：Distributed ANSYSを用いる場合 

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=2:ppn=2
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4 -dis

*vm141.datは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/ansys/data/verifにあります．

ANSYS HFSSジョブ

ANSYS HFSS利用マニュアルに利用方法の詳細が説明されています。 そちらをご参照下さい。

ANSYS CFXジョブ

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します． 

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

cfx5solve -def StaticMixer.def

*StaticMixer.defは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/CFX/examplesにあります．

並列ジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します． 

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

cfx5solve -def StaticMixer.def -part 4 -start-method 'Intel MPI Local Parallel'

*StaticMixer.defは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/CFX/examplesにあります．

ABAQUSジョブ

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します． 

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load abaqus-6.12-3

cd $PBS_O_WORKDIR

abaqus job=1_mass_coarse

*1_mass_coarse.inpは/common/abaqus-6.12-3/6.12-3/samples/job_archive/samples.zipにあります．

COMSOL Multiphysicsジョブ

<=★ 実行方法を確認後、記載する

GAUSSIANジョブ

サンプル入力ファイル(methane.com) 

%NoSave
%Mem=512MB
%NProcShared=4
%chk=methane.chk
#MP2/6-31G opt

methane

0  1
 C                 -0.01350511    0.30137653    0.27071342
 H                  0.34314932   -0.70743347    0.27071342
 H                  0.34316773    0.80577472    1.14436492
 H                  0.34316773    0.80577472   -0.60293809
 H                 -1.08350511    0.30138971    0.27071342

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します． 

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load gaussian09-C.01

cd $PBS_O_WORKDIR

g09 methane.com

並列ジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します． 

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4,mem=3gb,pvmem=3gb
#PBS -q wSrchq

cd $PBS_O_WORKDIR

module load gaussian09-C.01

g09 methane.com

インタラクティブジョブ

ジョブ投入方法

<=★ qsubコマンドでのジョブ投入方法やqsubコマンドの主なオプションを記載する

GaussView

以下のコマンドを実行します． 

$ gview

画面が起動します．

Patran

以下のコマンドを実行します． 

$ patran

画面が起動します．

コンテナイメージの指定

利用リソースの指定

ジョブの管理

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