3と11のリビジョン間の差分 (その間の編集: 8回)

利用環境の設定方法

moduleコマンドによる利用環境の設定

開発環境の設定方法

計算プログラムをコンパイルする場合，並列計算用 MPI やコンパイラに応じて環境変数を設定する必要があります．例えば，並列計算用 MPI として Intel MPI を，コンパイラとして Intel コンパイラを利用したい場合は，以下のようにコマンドを実行して環境変数を設定して下さい．

$ module load intelmpi.intel/19.0.4.243

その他，以下の環境設定用コマンドが利用できます．

並列計算用MPI	コンパイラ	設定用コマンド
Intel MPI	Intel コンパイラ	module load intelmpi.intel/19.0.4.243
Open MPI	Intel コンパイラ	module load openmpi.intel-4.0.1
-	Intel コンパイラ	module load intel/19.0.4.243
-	gcc コンパイラ	module load gcc-7.3.1

開発環境を切り替える際には，以下のコマンドを実行し既存の環境設定を削除した後，新しい開発環境を設定します．

$ module unload 環境設定

例えば，IntelMPI, Intelコンパイラの環境から，OpenMPI，Intelコンパイラの環境へ変更する場合は，以下のようにしてください．

$ module unload intelmpi.intel/19.0.4.243
$ module load openmpi.intel-4.0.1

ソフトウェア利用環境の設定方法

各種ソフトウェアを利用する場合，利用するソフトウェアに応じて環境変数を設定する必要があります．例えば，MATLABを利用したい場合は，以下のようにコマンドを実行して環境変数を設定して下さい．

$ module load matlab-R2019a

その他，以下の環境設定用コマンドが利用できます．

ソフトウエア名	バージョン	設定用コマンド
技術処理
MATLAB	2019a	module load matlab-R2019a
構造解析
ANSYS Multiphysics	19.r2	module load ansys.multiphysics19.r2
ANSYS CFX	19.r2	module load ansys.cfx19.r2
ABAQUS	6.12	module load abaqus-6.12-3
COMSOL Multiphysics	5.4	module load comsol54
Patran	2019	module load patran-2019
電磁界解析
ANSYS HFSS	19.r2	module load ansys.hfss19.r2
計算化学
Gaussian	16-A.03_avx2	module load gaussian16-A.03_avx2

MATLAB, ANSYS, ABAQUS, Patran, Gaussianの利用には登録種別Aへの利用登録が必要です．
登録種別Aの申請方法は http://imc.tut.ac.jp/research/form を参照してください．

ソフトウエアの環境設定を削除する場合は，以下のコマンドを実行してください．

$ module unload 環境設定

例えば，Gaussianの環境設定を削除する場合は以下のようにしてください．

$ module unload gaussian16-A.03_avx2

ログイン後の環境設定方法

以下のファイルを編集することで，ログイン後の環境を自動的に設定することができます．

shの場合: ~/.profile
bashの場合: ~/.bash_profile
cshの場合: ~/.cshrc

例1: bash を利用していて，ログイン後の環境設定として，ANSYS Multiphysics, Gaussianを利用できるようにする場合，以下を ~/.bashrc に追加．

eval `modulecmd bash load ansys.multiphysics19.r2`
eval `modulecmd bash load gaussian16-A.03_avx2`

例2: csh を利用していて，ログイン後の環境設定として，OpenMPI, Intel Compiler, Gaussianを利用できるようにする場合，以下を ~/.cshrc に追加．

eval `modulecmd tcsh load openmpi.intel-4.0.1`
eval `modulecmd tcsh load gaussian16-A.03_avx2`

ロードしているモジュールは以下のコマンドにより確認できます．

$ module list

利用できるモジュールは以下のコマンドにより確認できます．

$ module avail

-  ⇤ ← 2019-08-19 06:13:54時点のリビジョン3 → 
  サイズ: 5499
  編集者: hitachi28
  コメント:
+   ← 2019-09-19 05:36:54時点のリビジョン11 → ⇥
  サイズ: 4213
  編集者: hitachi28
  コメント:
-削除された箇所はこのように表示されます。
+追加された箇所はこのように表示されます。
 行 2:
-== 開発環境の設定方法 ==
計算プログラムをコンパイルする場合，並列計算用 MPI やコンパイラに応じて環境変数を設定する必要があります． 例えば，並列計算用 MPI として Intel MPI を，コンパイラとして Intel コンパイラを利用したい場合は，以下のようにコマンドを実行して環境変数を設定して下さい．なお，ログイン直後はIntel MPIとIntel コンパイラが設定されています．
+== moduleコマンドによる利用環境の設定 ==
=== 開発環境の設定方法 ===

計算プログラムをコンパイルする場合，並列計算用 MPI やコンパイラに応じて環境変数を設定する必要があります． 例えば，並列計算用 MPI として Intel MPI を，コンパイラとして Intel コンパイラを利用したい場合は，以下のようにコマンドを実行して環境変数を設定して下さい．
-行 6:
+行 8:
-$ module load intelmpi.intel
+$ module load intelmpi.intel/19.0.4.243
-行 8:
+行 10:
-行 9:
+行 12:
-||並列計算用MPI ||コンパイラ ||設定用コマンド ||
||Intel MPI ||Intel コンパイラ ||module load intelmpi.intel ||
||Open MPI ||Intel コンパイラ ||module load openmpi.intel ||
||MPICH2 ||Intel コンパイラ ||module load mpich2.intel ||
||MPICH1 ||Intel コンパイラ ||module load mpich.intel ||
||- ||Intel コンパイラ ||module load intel ||
||- ||PGI コンパイラ ||module load pgi ||
||- ||gcc コンパイラ ||module load gcc ||
||- ||nvcc コンパイラ ||module load cuda-5.0 ||
+||<20%>並列計算用MPI||<20%>コンパイラ||<40%>設定用コマンド||
||Intel MPI ||Intel コンパイラ ||module load intelmpi.intel/19.0.4.243 ||
||Open MPI ||Intel コンパイラ ||module load openmpi.intel-4.0.1 ||
||- ||Intel コンパイラ ||module load intel/19.0.4.243 ||
||- ||gcc コンパイラ ||module load gcc-7.3.1 ||
-行 23:
+行 19:
-行 27:
+行 22:
-行 28:
+行 24:
+{{{
$ module unload intelmpi.intel/19.0.4.243
$ module load openmpi.intel-4.0.1
}}}


=== ソフトウェア利用環境の設定方法 ===
各種ソフトウェアを利用する場合，利用するソフトウェアに応じて環境変数を設定する必要があります． 例えば，MATLABを利用したい場合は，以下のようにコマンドを実行して環境変数を設定して下さい．
-行 30:
+行 34:
-$ module unload intelmpi.intel
$ module load openmpi.intel
+$ module load matlab-R2019a
-行 33:
+行 36:
-== ソフトウェア利用環境の設定方法 ==
各種ソフトウエアを利用する場合，利用するソフトウエアに応じて環境変数を設定する必要があります． 例えば，Gaussianを利用したい場合は，以下のようにコマンドを実行して環境変数を設定して下さい．
-行 36:
+行 37:
-{{{
$ module load gaussian09-C.01
}}}
-行 41:
+行 39:
+||||||<style="text-align:center">技術処理 ||
||MATLAB ||2019a ||module load matlab-R2019a ||
 行 42:
-||ANSYS Multiphysics, CFX, Fluent, LS-DYNA ||16.1 ||module load ansys16.1 ||
+||ANSYS Multiphysics ||19.r2 ||module load ansys.multiphysics19.r2 ||
||ANSYS CFX ||19.r2 ||module load ansys.cfx19.r2 ||
-行 44:
+行 45:
-||Patran ||2013 ||module load patran-2013 ||
+||COMSOL Multiphysics ||5.4 ||module load comsol54 ||
||Patran ||2019 ||module load patran-2019 ||
-行 46:
+行 48:
-||ANSYS HFSS ||16.1 ||module load ansys.hfss16.1 ||
||||||<style="text-align:center">計算物質科学 ||
||PHASE (Serial版) ||11.00 ||module load phase-11.00-serial ||
||PHASE (Parallel版) ||11.00 ||module load phase-11.00-parallel ||
||PHASE-Viewer ||3.2.0 ||module load phase-viewer-v320 ||
||UVSOR (Serial版) ||3.42 ||module load uvsor-v342-serial ||
||UVSOR (Parallel版) ||3.42 ||module load uvsor-v342-parallel ||
||OpenMX (Serial版) ||3.6 ||module load openmx-3.6-serial ||
||OpenMX (Parallel版) ||3.6 ||module load openmx-3.6-parallel ||
+||ANSYS HFSS ||19.r2 ||module load ansys.hfss19.r2 ||
-行 56:
+行 50:
-||Gaussian ||09 Rev.C.01 ||module load gaussian09-C.01 ||
|| ||16 Rev.A.03 ||module load gaussian16-A.03 ||
||NWChem (Serial版) ||6.1.1 ||module load nwchem-6.1.1-serial ||
||NWChem (Parallel版) ||6.1.1 ||module load nwchem-6.1.1-parallel ||
||GAMESS (Serial版) ||2012.R2 ||module load gamess-2012.r2-serial ||
||GAMESS (Parallel版) ||2012.R2 ||module load gamess-2012.r2-parallel ||
||MPQC ||3.0-alpha ||module load mpqc-2.4-4.10.2013.18.19 ||
||Amber, AmberTools (Serial版) ||12 ||module load amber12-serial ||
||Amber, AmberTools (Parallel版) ||12 ||module load amber12-parallel ||
||CONFLEX (Serial版，Parallel版) ||7 ||module load conflex7 ||
||||||<style="text-align:center">技術処理 ||
||MATLAB ||R2013a ||module load matlab-R2013a ||
+||Gaussian ||16-A.03_avx2 ||module load gaussian16-A.03_avx2 ||
-行 69:
+行 52:
- * ANSYS, ABAQUS, Patran, GAUSSIAN, MATLABの利用には登録種別Aへの利用登録が必要です．
+ * MATLAB, ANSYS, ABAQUS, Patran, Gaussianの利用には登録種別Aへの利用登録が必要です．
-行 73:
+行 56:
-行 77:
+行 59:
-行 78:
+行 61:
+{{{
$ module unload gaussian16-A.03_avx2
}}}
-行 79:
+行 65:
-{{{
$ module unload gaussian09-C.01
}}}
== ログイン後の環境設定方法 ==
+=== ログイン後の環境設定方法 ===
-行 84:
+行 68:
-行 89:
+行 72:
-例1: bash を利用していて，ログイン後の環境設定として，ansys, gaussian, conflexを利用できるようにする場合，以下を ~/.bashrc に追加．
+例1: bash を利用していて，ログイン後の環境設定として，ANSYS Multiphysics, Gaussianを利用できるようにする場合，以下を ~/.bashrc に追加．
{{{
eval `modulecmd bash load ansys.multiphysics19.r2`
eval `modulecmd bash load gaussian16-A.03_avx2`
}}}
-行 91:
+行 78:
+例2: csh を利用していて，ログイン後の環境設定として，OpenMPI, Intel Compiler, Gaussianを利用できるようにする場合，以下を ~/.cshrc に追加．
-行 92:
+行 80:
-eval `modulecmd bash load ansys14.5`
eval `modulecmd bash load gaussian09-C.01`
eval `modulecmd bash load conflex7`
+eval `modulecmd tcsh load openmpi.intel-4.0.1`
eval `modulecmd tcsh load gaussian16-A.03_avx2`
-行 96:
+行 83:
-例2: csh を利用していて，ログイン後の環境設定として，OpenMPI, Intel Compiler, gaussian, conflexを利用できるようにする場合，以下を ~/.cshrc に追加．
-行 98:
+行 84:
-{{{
eval `modulecmd tcsh unload intelmpi.intel`
eval `modulecmd tcsh load openmpi.intel`
eval `modulecmd tcsh load gaussian09-C.01`
eval `modulecmd tcsh load conflex7`
}}}
-行 105:
+行 85:
-行 109:
+行 88:
-行 110:
+行 90: