= アプリケーションの実行 = <> == 窓口サーバのアプリケーション == 窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．<
> === Emacs === ===== 起動方法 ===== {{{ $ emacs }}} (例)<
> ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合 {{{ $ emacs sample.txt }}} === Perl === 使用方法は [[https://perldoc.perl.org/5.32.0/|perl 5.32.0]] を参照してください． ===== 実行方法 ===== (例)<
> Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合<
> ・スクリプトの内容 {{{ #!/usr/bin/perl print "Hello world!\n"; }}} ・スクリプトの実行 {{{ $ chmod 755 hello.pl $ ./hello.pl Hello world! }}} (例)<
> コマンドラインから直接実行する場合 {{{ $ perl -e 'print "Hello world!\n";' Hello world! }}} === Python === 使用方法は [[https://docs.python.org/3.12/|python 3.12]] を参照してください． ===== 実行方法 ===== (例)<
> Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合<
> ・スクリプトの内容 {{{ #!/usr/bin/python print "Hello world!" }}} ・スクリプトの実行 {{{ $ chmod 755 hello.py $ ./hello.py Hello world! }}} (例)<
> コマンドラインから直接実行する場合 {{{ $ python -c 'print "Hello world!"' Hello world! }}} === Ruby === 使用方法は [[https://docs.ruby-lang.org/ja/3.0/doc/index.html|ruby 3.0]] を参照してください． ===== 実行方法 ===== (例)<
> Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合<
> ・スクリプトの内容 {{{ #!/usr/bin/ruby puts "Hello world!" }}} ・スクリプトの実行 {{{ $ chmod 755 hello.rb $ ./hello.rb Hello world! }}} (例)<
> インタラクティブに実行する場合 {{{ $ irb irb(main):001:0> puts "Hello world!" Hello world! => nil }}} === JDK === ===== PATH設定 ===== {{{ $ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_212 $ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin }}} ===== コンパイル方法 ===== {{{ $ javac Javaプログラムファイル }}} ===== 実行方法 ===== {{{ $ java クラス名 }}} === MATLAB === ===== 起動方法 ===== 窓口サーバ(ydevxx)上で実行できます． {{{ ローカルPC$ ssh -X ydev.edu.tut.ac.jp -l アカウント アカウント@ydevxx$ module load matlab-R2024b アカウント@ydevxx$ matlab }}} === Google Chrome === ===== 起動方法 ===== {{{ $ google-chrome }}} === Mozilla Firefox === ===== 起動方法 ===== {{{ $ firefox }}} === dvipdfmx === ===== 変換方法 ===== {{{ $ dvipdfmx DVIファイル }}} (例)<
> sample.dviをPDFファイルに変換する場合 {{{ $ dvipdfmx sample.dvi }}} PDFファイル(sample.pdf)が生成されます. === Evince === ===== 表示方法 ===== {{{ $ evince PDFファイル }}} (例)<
> sample.pdfを表示する場合 {{{ $ evince sample.pdf }}} PDFファイル(sample.pdf)が表示されます. === LibreOffice === ===== 起動方法 ===== {{{ $ soffice パラメータ }}} (例)<
> sample.docをPDF変換し，カレントディレクトリに出力する場合． {{{ $ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc }}} PDFファイル(sample.pdf)が生成されます. === ASCII Tex === ===== 変換方法 ===== {{{ $ platex Texファイル }}} (例)<
> sample.texをDVIファイルに変換する場合<
> {{{ $ cat sample.tex \documentclass{jarticle} \begin{document} これはサンプルです． \end{document} $ $ platex sample.tex }}} 組版結果のファイル(sample.dvi)が生成されます. === gnuplot === ===== 起動方法 ===== {{{ $ gnuplot }}} === tgif === ===== 起動方法 ===== {{{ $ tgif }}} === inkscape === ===== 起動方法 ===== {{{ $ inkscape }}} === dia === ===== 起動方法 ===== {{{ $ dia }}} === Gimp === ===== 起動方法 ===== {{{ $ gimp }}} === ImageMagick === ===== コマンド ===== * convert：画像のサイズ変更，フォーマット変更，画像の編集，色加工など * mogrityt：画像を一括で処理する * identifyt：画像ファイルの情報やサーバ情報を取得・表示する * montaget：画像を並べて結合する * compositet：画像を合成する * displayt：画像を表示する (例)<
> JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合 {{{ $ convert sample.jpg sample.png }}} (例)<
> 複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合 {{{ $ mogrify -format png *.jpg }}} === Ghostscript === ===== 起動方法 ===== {{{ $ gs }}} == 研究用アプリケーション == バッチジョブやインタラクティブジョブにより計算サーバにインストールされた研究用アプリケーションを実行可能です．バッチジョブを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, [[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob|ジョブの実行]] を参照して下さい． ##DISPLAY関連のエラーが出た場合は ydev.edu.tut.ac.jp環境下で"printenv |grep DISPLAY"で表示された値をコンテナ環境下で"export DIPSLAY=xxx.xxx.xxx.xxx:xx.x"と実施し，xeyesコマンドで目が表示されるかを事前に確認してください． === ANSYS HFSS ※2024年4月以降は保守契約を行っておりません === qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します. {{{ $ qsub -IX -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash (ここからインタラクティブジョブの中) $ . /etc/profile $ module load ansys.hfss2024 $ ansysedt }}} === ABAQUS === ===== バッチジョブの実行スクリプト例 ===== {{{ #!/bin/bash #PBS -q Eduq #PBS -l select=1:ncpus=1:mem=16g . /etc/profile module load abaqus-2025 cd $PBS_O_WORKDIR abaqus }}} ===== インタラクティブジョブでAbaqus CAE(X Window)を利用する場合 ===== qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します. {{{ $ qsub -IX -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash (ここからインタラクティブジョブの中) $ . /etc/profile $ module load abaqus-2025 $ abaqus cae }}} === COMSOL Multiphysics === qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します. {{{ $ qsub -IX -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=16g -v SINGULARYTY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash (ここからインタラクティブジョブの中) $ . /etc/profile $ module load comsol63 $ comsol -3drend sw }}} === Gaussian === サンプル入力ファイル(methane.com) {{{ %nprocshared=4 %mem=8000MB %chk=methane.chk #p B3LYP/6-31G** opt freq methane 0 1 C -0.01350511 0.30137653 0.27071342 H 0.34314932 -0.70743347 0.27071342 H 0.34316773 0.80577472 1.14436492 H 0.34316773 0.80577472 -0.60293809 H -1.08350511 0.30138971 0.27071342 }}} ===== バッチジョブの実行スクリプト例 ===== {{{ #!/bin/bash #PBS -q Eduq #PBS -l select=1:ncpus=4:mem=10gb . /etc/profile cd $PBS_O_WORKDIR g16 methane }}} === Materials Studio ※2025年4月以降は保守契約を行っておりません === ===== バッチジョブの実行スクリプト例(CASTEP) ===== {{{ #!/bin/bash #PBS -q Eduq #PBS -l select=1:ncpus=4:mem=10gb #PBS -l walltime=3:00:00 #PBS -v SINGULARITY_IMAGE=/common/prg_env_amd_2025.01.sif export LM_LICENSEFILE=license2.imc.tut.ac.jp DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME cp /common/MaterialsStudio25/MaterialsStudio25.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh . ./RunCASTEP.sh -np 4 Al cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi }}} *Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/CASTEP.tarを展開してください． ===== バッチジョブの実行スクリプト例(DMol3) ===== {{{ #!/bin/bash #PBS -q Eduq #PBS -l select=1:ncpus=4 #PBS -l walltime=3:00:00 export LM_LICENSEFILE=license2.imc.tut.ac.jp DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME cp /common/MaterialsStudio25.1/etc/DMo13/bin/RunDMol3.sh . ./RunDMol3.sh -np 4 Al cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi }}} *Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/DMol3.tarを展開してください． ===== アプリケーションから窓口サーバへジョブ投入 ===== Materials Studioのアプリケーションから窓口サーバへジョブ実行が出来ます．利用したい場合は，Material Studio利用者グループ（ materials-studio-users@lists.imc.tut.ac.jp )へ所属（研究室）＋氏名＋大学アカウント名（学生：英字1文字数時6桁，教職員：英字2桁数字3桁）をご連絡下さい．手順８の認証は専用のパスワードになり，これを発行するのに必要となります． ・[[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/manuals/materialsstudio/MaterialStudio2020_jobstart.docx|Materials Studio2020 ジョブスタート方法]]