= アプリケーションの実行 = <> == 窓口サーバ用アプリケーション == 窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．<
> 以下に実行コマンドを示します. === Emacs === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ emacs }}} (例)<
> ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合 {{{ $ emacs sample.txt }}} === Perl === 使用方法は [[https://perldoc.perl.org/5.16.3/|perl 5.16.3]] を参照してください． ===== 実行方法 ===== (例)<
> Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合<
> ・スクリプトの内容 {{{#!/usr/bin/perl $ cat hello.pl print "Hello world!\n"; }}} ・スクリプトの実行 {{{ $ chmod 755 hello.pl $ ./hello.pl Hello world! }}} (例)<
> コマンドラインから直接実行する場合 {{{ $ perl -e 'print "Hello world!\n";' Hello world! }}} === Python === 使用方法は [[https://docs.python.org/2.7/|python 2.7]] を参照してください． ===== 実行方法 ===== (例)<
> Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合<
> ・スクリプトの内容 {{{#!/usr/bin/python $ cat hello.py print "Hello world!" }}} ・スクリプトの実行 {{{ $ chmod 755 hello.py $ ./hello.py Hello world! }}} (例)<
> コマンドラインから直接実行する場合 {{{ $ python -c 'print "Hello world!"' Hello world! }}} === Ruby === 使用方法は [[https://docs.ruby-lang.org/ja/2.0.0/doc/index.html|ruby 2.0.0]] を参照してください． ===== 実行方法 ===== (例)<
> Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合<
> ・スクリプトの内容 {{{#!/usr/bin/ruby $ cat hello.rb puts "Hello world!" }}} ・スクリプトの実行 {{{ $ chmod 755 hello.rb $ ./hello.rb Hello world! }}} (例)<
> インタラクティブに実行する場合 {{{ $ irb irb(main):001:0> puts "Hello world!" Hello world! => nil }}} === JDK === ===== PATH設定 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_212 $ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin }}} ===== コンパイル方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ javac Javaプログラムファイル }}} ===== 実行方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ java クラス名 }}} === MATLAB === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． 計算サーバ（コンテナ）で実行する場合 {{{ ローカルPC$ ssh -X xdev.edu.tut.ac.jp -l アカウント アカウント@xdevxx$ printenv |grep DISPLAY [DISPLAY環境変数] アカウント@xdevxx$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=8g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash Singularity> printenv |grep DISPLAY Singularity> export [DISPLAY環境変数] Singularity> cd /common/MATLAB-R02xx/bin/ Singularity> ./matlab }}} --(窓口サーバ(xdevxx)上で実行する場合 )--※2024年10月までご利用できません。 {{{ ローカルPC$ ssh -X xdev.edu.tut.ac.jp -l アカウント アカウント@xdevxx$ module load matlab-R2019a アカウント@xdevxx$ matlab }}} === Google Chrome === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ google-chrome }}} === Mozilla Firefox === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ firefox }}} === dvipdfmx === ===== 変換方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ dvipdfmx DVIファイル }}} (例)<
> sample.dviをPDFファイルに変換する場合 {{{ $ dvipdfmx sample.dvi }}} PDFファイル(sample.pdf)が生成されます. === Evince === ===== 表示方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ evince PDFファイル }}} (例)<
> sample.pdfを表示する場合 {{{ $ evince sample.pdf }}} PDFファイル(sample.pdf)が表示されます. === LibreOffice === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ soffice パラメータ }}} (例)<
> sample.docをPDF変換し、カレントディレクトリに出力する場合． {{{ $ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc }}} PDFファイル(sample.pdf)が生成されます. === ASCII Tex === ===== 変換方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ platex Texファイル }}} (例)<
> sample.texをDVIファイルに変換する場合<
> {{{ $ cat sample.tex \documentclass{jarticle} \begin{document} これはサンプルです。 \end{document} $ $ platex sample.tex }}} 組版結果のファイル(sample.dvi)が生成されます. === gnuplot === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ gnuplot }}} === tgif === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ tgif }}} === inkscape === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ inkscape }}} === dia === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ dia }}} === Gimp === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ gimp }}} === ImageMagick === ===== コマンド ===== * convert：画像のサイズ変更、フォーマット変更、画像の編集、色加工など * mogrityt：画像を一括で処理する * identifyt：画像ファイルの情報やサーバ情報を取得・表示する * montaget：画像を並べて結合する * compositet：画像を合成する * displayt：画像を表示する (例)<
> JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合 {{{ $ convert sample.jpg sample.png }}} (例)<
> 複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合 {{{ $ mogrify -format png *.jpg }}} === Ghostscript === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ gs }}} == 研究用アプリケーション == コンテナ上で以下の研究用アプリケーションを実行可能です．<
> 研究用アプリケーションを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, [[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob|ジョブの実行]] を参照して下さい．以下に実行スクリプト例を示します. DISPLAY関連のエラーが出た場合は xdev.edu.tut.ac.jp環境下で"printenv |grep DISPLAY"で表示された値をコンテナ環境下で"export DIPSLAY=xxx.xxx.xxx.xxx:xx.x"と実施し、xeyesコマンドで目が表示されるかを事前に確認してください。 === ANSYS HFSS ※2024年4月以降は契約しないためライセンスがありません。 === ===== インタラクティブモードでANSYS HFSS(X Window)を利用 ===== {{{ qsub -I -X -q wEduq -l select=1:ncpus=1:mem=32g -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest $ module load ansys(アプリ) $ /common/ansys_hfss-19.r2/AnsysEM19.4/Linux64/ansysedt }}} 上記で実行できない場合、以下の手順で行う。 ■端末を２つ開き、端末１と端末２にて同じxdev(例：xdev09.edu.tut.ac.jp)に接続する {{{ 端末１：$ ssh -X xdev09.edu.tut.ac.jp -l IMCアカウント 端末２：$ ssh -X xdev09.edu.tut.ac.jp -l IMCアカウント }}} ■ターミナル１にて別の任意のxdev(例：xdev08.edu.tut.ac.jp)に接続する {{{ 端末１：$ ssh -X xdev08 }}} ■端末１にてコンテナを起動する {{{ [es006@xdev08 ~]$ qsub -q wEduq -I -X -l select=1:ncpus=2:mem=8g:ngpus=0:vnode=xsnd01 -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.03 qsub: waiting for job 853714.xregistry0 to start qsub: job 853714.xregistry0 ready Access Port: ://133.15.52.213:6048/ -> container port 22 [es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ hostname xsnd01-853714-xregistry0 [es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ env |grep DISPLAY DISPLAY=localhost:50.0 }}} ■最後のCookie値を確認 {{{ [es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ xauth list |grep :50 xsnd07.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 d87479acccfef58985781b575f3d4eb4 xsnd04.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 34c0617d410bafafa162a350aa55db0a xsnd00.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11 xsnd03.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11 xsnd02.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 13cee90ba6b5e5b375a25bd40cf2ea34 xsnd01.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d　←★これ }}} ■端末２でxauth add を行う {{{ [es006@xdev09 ~]$ xauth add xsnd01-853714-xregistry0/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d }}} ■端末１で追加されたことを確認 {{{ [es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ xauth list |grep :50 xsnd07.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 d87479acccfef58985781b575f3d4eb4 xsnd04.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 34c0617d410bafafa162a350aa55db0a xsnd00.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11 xsnd03.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11 xsnd02.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 13cee90ba6b5e5b375a25bd40cf2ea34 xsnd01.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d xsnd01-853714-xregistry0/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d　←★これ }}} ■端末１でANSYS起動　※時間がかかります {{{ [es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ module load ansys19.r2 [es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ /common/ansys_hfss-19.r2/AnsysEM19.4/Linux64/ansysedt ANSYS Electromagnetics 19.4 Configuration ========================================= Hostname: xsnd01-853714-xregistry0 User: es006 > Running first-time configuration... - Verifying all software dependencies are available: Done - Retrieving user settings... Done - Applying user settings... Done - Configuring OCX files... Done - Retrieving machine settings... Done - Applying machine settings... Done - Configuring binaries... Done First-time configuration completed successfully. }}} === ABAQUS === ===== シングルジョブ ===== {{{ #!/bin/sh #PBS -l select=1:ncpus=1 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load abaqus-2023 cd $PBS_O_WORKDIR abaqus }}} ===== インタラクティブモードでAbaqus CAE(X Window)を利用 ===== {{{ $ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash (ここからインタラクティブジョブの中) $ module load abaqus-2023 $ abaqus cae }}} === COMSOL Multiphysics === qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します. {{{ $ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash (ここからインタラクティブジョブの中) $ module load comsol61 $ comsol }}} === Gaussian === サンプル入力ファイル(methane.com) {{{ %nosave %mem=512MB %nprocshared=4 %chk=methane.chk #p B3LYP/6-31G** opt freq methane 0 1 C -0.01350511 0.30137653 0.27071342 H 0.34314932 -0.70743347 0.27071342 H 0.34316773 0.80577472 1.14436492 H 0.34316773 0.80577472 -0.60293809 H -1.08350511 0.30138971 0.27071342 }}} ===== シングルジョブ ===== {{{ #!/bin/sh ### sample #PBS -l select=1:ncpus=1 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load gaussian16-C.01 cd $PBS_O_WORKDIR g16 methane.com }}} ===== 並列ジョブ ===== {{{ #!/bin/sh ### sample #PBS -l select=1:ncpus=4,mem=3gb,pvmem=3gb #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load gaussian16-C.01 cd $PBS_O_WORKDIR g16 methane.com }}} === Materials Studio === ===== 並列ジョブ(CASTEP) ===== {{{ #!/bin/sh #PBS -q wLrchq #PBS -l select=1:ncpus=14 #PBS -l walltime=3:00:00 #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh . ./RunCASTEP.sh -np 14 Al cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi }}} *Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/CASTEP.tarを展開してください． ===== 並列ジョブ(DMol3) ===== {{{ #!/bin/sh #PBS -q wLrchq #PBS -l select=1:ncpus=14 #PBS -l walltime=3:00:00 #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh . ./RunDMol3.sh -np 14 Al cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi }}} *Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/DMol3.tarを展開してください． ===== アプリケーションから窓口サーバへジョブ投入 ===== Materials Studioのアプリケーションから窓口サーバへジョブ実行が出来ます。 利用したい場合は、Material Studio利用者グループ（ materials-studio-users@lists.imc.tut.ac.jp )へ所属（研究室）＋氏名＋大学アカウント名（学生：英字1文字数時6桁、教職員：英字2桁数字3桁）をご連絡下さい。 手順８の認証は専用のパスワードになり、これを発行するのに必要となります。 ・[[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/manuals/materialsstudio/MaterialStudio2020_jobstart.docx|Materials Studio2020 ジョブスタート方法]]