TUT HPC Cluster Wiki
ページ名: HowToRunApplication

アプリケーションの実行

目次

  1. アプリケーションの実行
    1. 窓口サーバ用アプリケーション
      1. Emacs
      2. Perl
      3. Python
      4. Ruby
      5. JDK
      6. MATLAB
      7. Google Chrome
      8. Mozilla Firefox
      9. dvipdfmx
      10. Evince
      11. LibreOffice
      12. ASCII Tex
      13. gnuplot
      14. tgif
      15. inkscape
      16. dia
      17. Gimp
      18. ImageMagick
      19. Ghostscript
    2. 研究用アプリケーション
      1. ANSYS HFSS ※2024年4月以降は契約しないためライセンスがありません。
      2. ABAQUS
      3. COMSOL Multiphysics
      4. Gaussian
      5. Materials Studio

窓口サーバ用アプリケーション

窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．
以下に実行コマンドを示します.

Emacs

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ emacs

(例)
ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合 

$ emacs sample.txt

Perl

使用方法は perl 5.16.3 を参照してください．

実行方法

(例)
Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合

・スクリプトの内容

#!/usr/bin/perl $ cat hello.pl print "Hello world!\n"; 

・スクリプトの実行 

$ chmod 755 hello.pl
$ ./hello.pl
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合 

$ perl -e 'print "Hello world!\n";'
Hello world!

Python

使用方法は python 2.7 を参照してください．

実行方法

(例)
Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合

・スクリプトの内容

#!/usr/bin/python $ cat hello.py print "Hello world!"  ・スクリプトの実行 

$ chmod 755 hello.py
$ ./hello.py
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合 

$ python -c 'print "Hello world!"'
Hello world!

Ruby

使用方法は ruby 2.0.0 を参照してください．

実行方法

(例)
Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合

・スクリプトの内容

#!/usr/bin/ruby $ cat hello.rb puts "Hello world!"  ・スクリプトの実行 

$ chmod 755 hello.rb
$ ./hello.rb
Hello world!

(例)
インタラクティブに実行する場合 

$ irb
irb(main):001:0> puts "Hello world!"
Hello world!
=> nil

JDK

PATH設定

以下のコマンドを実行します． 

$ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_212
$ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

コンパイル方法

以下のコマンドを実行します． 

$ javac Javaプログラムファイル

実行方法

以下のコマンドを実行します． 

$ java クラス名

MATLAB

起動方法

以下のコマンドを実行します．

計算サーバ（コンテナ）で実行する場合 

ローカルPC$ ssh -X xdev.edu.tut.ac.jp -l アカウント
アカウント@xdevxx$ printenv |grep DISPLAY
[DISPLAY環境変数]
アカウント@xdevxx$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=8g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
Singularity> printenv |grep DISPLAY
Singularity> export [DISPLAY環境変数]
Singularity> cd /common/MATLAB-R02xx/bin/
Singularity> ./matlab

窓口サーバ(xdevxx)上で実行する場合 ※2024年10月までご利用できません。 

ローカルPC$ ssh -X xdev.edu.tut.ac.jp -l アカウント
アカウント@xdevxx$ module load matlab-R2019a
アカウント@xdevxx$ matlab

Google Chrome

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ google-chrome

Mozilla Firefox

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ firefox

dvipdfmx

変換方法

以下のコマンドを実行します． 

$ dvipdfmx DVIファイル

(例)
sample.dviをPDFファイルに変換する場合 

$ dvipdfmx sample.dvi

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

Evince

表示方法

以下のコマンドを実行します． 

$ evince PDFファイル

(例)
sample.pdfを表示する場合 

$ evince sample.pdf

PDFファイル(sample.pdf)が表示されます.

LibreOffice

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ soffice パラメータ

(例)
sample.docをPDF変換し、カレントディレクトリに出力する場合． 

$ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

ASCII Tex

変換方法

以下のコマンドを実行します． 

$ platex Texファイル

(例)
sample.texをDVIファイルに変換する場合

$ cat sample.tex
\documentclass{jarticle}
\begin{document}

これはサンプルです。

\end{document}
$
$ platex sample.tex

組版結果のファイル(sample.dvi)が生成されます.

gnuplot

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ gnuplot

tgif

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ tgif

inkscape

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ inkscape

dia

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ dia

Gimp

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ gimp

ImageMagick

コマンド

(例)
JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合 

$ convert sample.jpg sample.png

(例)
複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合 

$ mogrify -format png *.jpg

Ghostscript

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ gs

研究用アプリケーション

コンテナ上で以下の研究用アプリケーションを実行可能です．
研究用アプリケーションを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, ジョブの実行 を参照して下さい．以下に実行スクリプト例を示します. DISPLAY関連のエラーが出た場合は xdev.edu.tut.ac.jp環境下で"printenv |grep DISPLAY"で表示された値をコンテナ環境下で"export DIPSLAY=xxx.xxx.xxx.xxx:xx.x"と実施し、xeyesコマンドで目が表示されるかを事前に確認してください。

ANSYS HFSS ※2024年4月以降は契約しないためライセンスがありません。

インタラクティブモードでANSYS HFSS(X Window)を利用

qsub -I -X -q wEduq -l select=1:ncpus=1:mem=32g -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest
$ module load ansys(アプリ)
$ /common/ansys_hfss-19.r2/AnsysEM19.4/Linux64/ansysedt

上記で実行できない場合、以下の手順で行う。

■端末を２つ開き、端末１と端末２にて同じxdev(例：xdev09.edu.tut.ac.jp)に接続する 

端末１：$ ssh -X xdev09.edu.tut.ac.jp -l IMCアカウント
端末２：$ ssh -X xdev09.edu.tut.ac.jp -l IMCアカウント

■ターミナル１にて別の任意のxdev(例：xdev08.edu.tut.ac.jp)に接続する 

端末１：$ ssh -X xdev08

■端末１にてコンテナを起動する 

[es006@xdev08 ~]$ qsub -q wEduq -I -X -l select=1:ncpus=2:mem=8g:ngpus=0:vnode=xsnd01 -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.03
qsub: waiting for job 853714.xregistry0 to start
qsub: job 853714.xregistry0 ready

Access Port:
        <proto>://133.15.52.213:6048/ -> container port 22

[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ hostname
xsnd01-853714-xregistry0
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ env |grep DISPLAY
DISPLAY=localhost:50.0

■最後のCookie値を確認 

[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ xauth list |grep :50
xsnd07.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  d87479acccfef58985781b575f3d4eb4
xsnd04.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  34c0617d410bafafa162a350aa55db0a
xsnd00.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd03.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd02.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  13cee90ba6b5e5b375a25bd40cf2ea34
xsnd01.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d　←★これ

■端末２でxauth add を行う 

[es006@xdev09 ~]$ xauth add xsnd01-853714-xregistry0/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d

■端末１で追加されたことを確認 

[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ xauth list |grep :50
xsnd07.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  d87479acccfef58985781b575f3d4eb4
xsnd04.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  34c0617d410bafafa162a350aa55db0a
xsnd00.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd03.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd02.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  13cee90ba6b5e5b375a25bd40cf2ea34
xsnd01.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d
xsnd01-853714-xregistry0/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d　←★これ

■端末１でANSYS起動　※時間がかかります 

[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ module load ansys19.r2
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ /common/ansys_hfss-19.r2/AnsysEM19.4/Linux64/ansysedt
ANSYS Electromagnetics 19.4 Configuration
=========================================
Hostname: xsnd01-853714-xregistry0
User:     es006

> Running first-time configuration...
  - Verifying all software dependencies are available:
Done

  - Retrieving user settings... Done
  - Applying user settings... Done
  - Configuring OCX files... Done
  - Retrieving machine settings... Done
  - Applying machine settings... Done
  - Configuring binaries... Done
First-time configuration completed successfully.

ABAQUS

シングルジョブ

#PBS -l select=1:ncpus=1 
#PBS -q wSrchq 
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile module load abaqus-2023

cd $PBS_O_WORKDIR abaqus

インタラクティブモードでAbaqus CAE(X Window)を利用

$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ module load abaqus-2023
$ abaqus cae

COMSOL Multiphysics

qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します. 

$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ module load comsol61
$ comsol

Gaussian

サンプル入力ファイル(methane.com) 

%nosave
%mem=512MB
%nprocshared=4
%chk=methane.chk
#p B3LYP/6-31G** opt freq

methane

0 1
 C                 -0.01350511    0.30137653    0.27071342
 H                  0.34314932   -0.70743347    0.27071342
 H                  0.34316773    0.80577472    1.14436492
 H                  0.34316773    0.80577472   -0.60293809
 H                 -1.08350511    0.30138971    0.27071342

シングルジョブ

### sample
#PBS -l select=1:ncpus=1 
#PBS -q wSrchq 
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile 
module load gaussian16-C.01

cd $PBS_O_WORKDIR 
g16 methane.com

並列ジョブ

### sample
#PBS -l select=1:ncpus=4,mem=3gb,pvmem=3gb 
#PBS -q wSrchq 
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile 
module load gaussian16-C.01

cd $PBS_O_WORKDIR 
g16 methane.com

Materials Studio

並列ジョブ(CASTEP)

#PBS -q wLrchq 
#PBS -l select=1:ncpus=14 
#PBS -l walltime=3:00:00 
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` 
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID 
mkdir -p $WORKDIR 
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR 
cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh .

./RunCASTEP.sh -np 14 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/CASTEP.tarを展開してください．

並列ジョブ(DMol3)

#PBS -q wLrchq 
#PBS -l select=1:ncpus=14 
#PBS -l walltime=3:00:00 
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` 
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID 
mkdir -p $WORKDIR 
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR 
cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh .

./RunDMol3.sh -np 14 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/DMol3.tarを展開してください．

アプリケーションから窓口サーバへジョブ投入

Materials Studioのアプリケーションから窓口サーバへジョブ実行が出来ます。 利用したい場合は、Material Studio利用者グループ（ materials-studio-users@lists.imc.tut.ac.jp )へ所属（研究室）＋氏名＋大学アカウント名（学生：英字1文字数時6桁、教職員：英字2桁数字3桁）をご連絡下さい。 手順８の認証は専用のパスワードになり、これを発行するのに必要となります。

・Materials Studio2020 ジョブスタート方法