58と94のリビジョン間の差分 (その間の編集: 36回)

アプリケーションの実行

アプリケーションの実行
1. 窓口サーバ用アプリケーション
2. 研究用アプリケーション

窓口サーバ用アプリケーション

窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．
以下に実行コマンドを示します.

Emacs

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ emacs

(例)
ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合

$ emacs sample.txt

Perl

使用方法は perl 5.32.0 を参照してください．

実行方法

(例)
Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合

・スクリプトの内容

 #!/usr/bin/perl
print "Hello world!\n";

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.pl
$ ./hello.pl
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合

$ perl -e 'print "Hello world!\n";'
Hello world!

Python

使用方法は python 3.12 を参照してください．

実行方法

(例)
Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合

・スクリプトの内容

 #!/usr/bin/python
print "Hello world!"

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.py
$ ./hello.py
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合

$ python -c 'print "Hello world!"'
Hello world!

Ruby

使用方法は ruby 3.0 を参照してください．

実行方法

(例)
Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合

・スクリプトの内容

 #!/usr/bin/ruby
puts "Hello world!"

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.rb
$ ./hello.rb
Hello world!

(例)
インタラクティブに実行する場合

$ irb
irb(main):001:0> puts "Hello world!"
Hello world!
=> nil

JDK

PATH設定

以下のコマンドを実行します．

$ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_212
$ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

コンパイル方法

以下のコマンドを実行します．

$ javac Javaプログラムファイル

実行方法

以下のコマンドを実行します．

$ java クラス名

MATLAB

起動方法

以下のコマンドを実行します．

窓口サーバ(ydevxx)上で実行する場合

ローカルPC$ ssh -X ydev.edu.tut.ac.jp -l アカウント
アカウント@ydevxx$ module load matlab-R2024b
アカウント@ydevxx$ matlab

Google Chrome

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ google-chrome

Mozilla Firefox

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ firefox

dvipdfmx

変換方法

以下のコマンドを実行します．

$ dvipdfmx DVIファイル

(例)
sample.dviをPDFファイルに変換する場合

$ dvipdfmx sample.dvi

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

Evince

表示方法

以下のコマンドを実行します．

$ evince PDFファイル

(例)
sample.pdfを表示する場合

$ evince sample.pdf

PDFファイル(sample.pdf)が表示されます.

LibreOffice

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ soffice パラメータ

(例)
sample.docをPDF変換し、カレントディレクトリに出力する場合．

$ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

ASCII Tex

変換方法

以下のコマンドを実行します．

$ platex Texファイル

(例)
sample.texをDVIファイルに変換する場合

$ cat sample.tex
\documentclass{jarticle}
\begin{document}

これはサンプルです。

\end{document}
$
$ platex sample.tex

組版結果のファイル(sample.dvi)が生成されます.

gnuplot

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gnuplot

tgif

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ tgif

inkscape

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ inkscape

dia

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ dia

Gimp

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gimp

ImageMagick

コマンド

convert：画像のサイズ変更、フォーマット変更、画像の編集、色加工など
mogrityt：画像を一括で処理する
identifyt：画像ファイルの情報やサーバ情報を取得・表示する
montaget：画像を並べて結合する
compositet：画像を合成する
displayt：画像を表示する

(例)
JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合

$ convert sample.jpg sample.png

(例)
複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合

$ mogrify -format png *.jpg

Ghostscript

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gs

研究用アプリケーション

コンテナ上で以下の研究用アプリケーションを実行可能です．
研究用アプリケーションを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, ジョブの実行を参照して下さい．以下に実行スクリプト例を示します. DISPLAY関連のエラーが出た場合は ydev.edu.tut.ac.jp環境下で"printenv |grep DISPLAY"で表示された値をコンテナ環境下で"export DIPSLAY=xxx.xxx.xxx.xxx:xx.x"と実施し、xeyesコマンドで目が表示されるかを事前に確認してください。

ANSYS HFSS ※2024年4月以降は保守契約を行っておりません

インタラクティブモードでANSYS HFSS(X Window)を利用

qsub -I -X -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=32g -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest
$ . /etc/profile
$ module load ansys.hfss2024(アプリ)
$ ansysedt

ABAQUS

シングルジョブ

#PBS -q Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=16g  

. /etc/profile
module load abaqus-2025

cd $PBS_O_WORKDIR
abaqus

インタラクティブモードでAbaqus CAE(X Window)を利用

$ qsub -IX -q Eduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=/common/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ . /etc/profile
$ module load abaqus-2025
$ abaqus cae

COMSOL Multiphysics

qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.

$ qsub -IX -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=16g -v SINGULARYTY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ . /etc/profile
$ module load comsol63
$ comsol -3drend sw

Gaussian

サンプル入力ファイル(methane.com)

%nosave
%mem=512MB
%nprocshared=4
%chk=methane.chk
#p B3LYP/6-31G** opt freq

methane

0 1
 C                 -0.01350511    0.30137653    0.27071342
 H                  0.34314932   -0.70743347    0.27071342
 H                  0.34316773    0.80577472    1.14436492
 H                  0.34316773    0.80577472   -0.60293809
 H                 -1.08350511    0.30138971    0.27071342

シングルジョブ

### sample

#!/bin/bash
#PBS -q Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=1

. /etc/profile

cd $PBS_O_WORKDIR
g16 methane

並列ジョブ

### sample

#!/bin/bash
#PBS -q Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=3gb,pvmem=3gb

. /etc/profile

cd $PBS_O_WORKDIR
g16 methane

Materials Studio ※2025年4月以降は保守契約を行っておりません

並列ジョブ(CASTEP)

#PBS -q  Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=4 
#PBS -l walltime=3:00:00 
#PBS -v  SINGULARITY_IMAGE=/common/prg_env_amd_2025.01.sif

export LM_LICENSEFILE=license2.imc.tut.ac.jp
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` 
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID 
mkdir -p $WORKDIR 
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR 
cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/MaterialsStudio25/MaterialsStudio25.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh .

./RunCASTEP.sh -np 14 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/CASTEP.tarを展開してください．

並列ジョブ(DMol3)

#PBS -q  Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=4 
#PBS -l walltime=3:00:00 

export LM_LICENSEFILE=license2.imc.tut.ac.jp
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` 
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID 
mkdir -p $WORKDIR 
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR 
cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/MaterialsStudio25.1/etc/DMo13/bin/RunDMol3.sh .

./RunDMol3.sh -np 14 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/DMol3.tarを展開してください．

アプリケーションから窓口サーバへジョブ投入

Materials Studioのアプリケーションから窓口サーバへジョブ実行が出来ます。利用したい場合は、Material Studio利用者グループ（ materials-studio-users@lists.imc.tut.ac.jp )へ所属（研究室）＋氏名＋大学アカウント名（学生：英字1文字数時6桁、教職員：英字2桁数字3桁）をご連絡下さい。手順８の認証は専用のパスワードになり、これを発行するのに必要となります。

・Materials Studio2020 ジョブスタート方法

-  ⇤ ← 2022-06-15 03:49:00時点のリビジョン58 → 
  サイズ: 12393
  編集者: yi041
  コメント:
+   ← 2025-06-06 02:29:03時点のリビジョン94 → ⇥
  サイズ: 10413
  編集者: hitachi26
  コメント:
-削除された箇所はこのように表示されます。
+追加された箇所はこのように表示されます。
 行 20:
-使用方法は [[https://perldoc.perl.org/5.16.3/|perl 5.16.3]] を参照してください．
+使用方法は [[https://perldoc.perl.org/5.32.0/|perl 5.32.0]] を参照してください．
 行 28:
-#!/usr/bin/perl
$ cat hello.pl
print "Hello world!\n";
+ #!/usr/bin/perl
print "Hello world!\n";
-行 34:
+行 33:
-行 42:
+行 40:
-行 49:
+行 46:
-使用方法は [[https://docs.python.org/2.7/|python 2.7]] を参照してください．
+使用方法は [[https://docs.python.org/3.12/|python 3.12]] を参照してください．
-行 55:
+行 52:
-{{{
#!/usr/bin/python
$ cat hello.py
print "Hello world!"
}}}
+{{{
 #!/usr/bin/python
print "Hello world!" 
}}}
-行 62:
+行 58:
-行 70:
+行 65:
-行 77:
+行 71:
-使用方法は [[https://docs.ruby-lang.org/ja/2.0.0/doc/index.html|ruby 2.0.0]] を参照してください．
+使用方法は [[https://docs.ruby-lang.org/ja/3.0/doc/index.html|ruby 3.0]] を参照してください．
-行 84:
+行 78:
-{{{#!/usr/bin/ruby
$ cat hello.rb
puts "Hello world!"
}}}
+{{{
 #!/usr/bin/ruby
puts "Hello world!" 
}}}
-行 103:
+行 98:
-行 127:
+行 123:
-{{{
$ module load matlab-R2019a
$ matlab
+窓口サーバ(ydevxx)上で実行する場合
{{{
ローカルPC$ ssh -X ydev.edu.tut.ac.jp -l アカウント
アカウント@ydevxx$ module load matlab-R2024b
アカウント@ydevxx$ matlab
-行 270:
+行 268:
-行 272:
+行 269:
-コンテナ上で以下の研究用アプリケーションを実行可能です．<<BR>> 研究用アプリケーションを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, [[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob|ジョブの実行]] を参照して下さい．以下に実行スクリプト例を示します.

=== ANSYS HFSS ===
+コンテナ上で以下の研究用アプリケーションを実行可能です．<<BR>> 研究用アプリケーションを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, [[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob|ジョブの実行]] を参照して下さい．以下に実行スクリプト例を示します. DISPLAY関連のエラーが出た場合は ydev.edu.tut.ac.jp環境下で"printenv |grep DISPLAY"で表示された値をコンテナ環境下で"export DIPSLAY=xxx.xxx.xxx.xxx:xx.x"と実施し、xeyesコマンドで目が表示されるかを事前に確認してください。

=== ANSYS HFSS ※2024年4月以降は保守契約を行っておりません ===
-行 277:
+行 274:
-qsub -I -X -q wEduq -l select=1:ncpus=1:mem=32g -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest
$ module load ansys(アプリ)
$ /common/ansys_hfss-19.r2/AnsysEM19.4/Linux64/ansysedt
}}}
上記で実行できない場合、以下の手順で行う。

■端末を２つ開き、端末１と端末２にて同じxdev(例：xdev09.edu.tut.ac.jp)に接続する

{{{
端末１：$ ssh -X xdev09.edu.tut.ac.jp -l IMCアカウント
端末２：$ ssh -X xdev09.edu.tut.ac.jp -l IMCアカウント
}}}
■ターミナル１にて別の任意のxdev(例：xdev08.edu.tut.ac.jp)に接続する

{{{
端末１：$ ssh -X xdev08
}}}
■端末１にてコンテナを起動する

{{{
[es006@xdev08 ~]$ qsub -q wEduq -I -X -l select=1:ncpus=2:mem=8g:ngpus=0:vnode=xsnd01 -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.03
qsub: waiting for job 853714.xregistry0 to start
qsub: job 853714.xregistry0 ready

Access Port:
        <proto>://133.15.52.213:6048/ -> container port 22

[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ hostname
xsnd01-853714-xregistry0
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ env |grep DISPLAY
DISPLAY=localhost:50.0
}}}
■最後のCookie値を確認

{{{
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ xauth list |grep :50
xsnd07.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  d87479acccfef58985781b575f3d4eb4
xsnd04.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  34c0617d410bafafa162a350aa55db0a
xsnd00.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd03.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd02.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  13cee90ba6b5e5b375a25bd40cf2ea34
xsnd01.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d　←★これ
}}}
■端末２でxauth add を行う

{{{
[es006@xdev09 ~]$ xauth add xsnd01-853714-xregistry0/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d
}}}
■端末１で追加されたことを確認

{{{
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ xauth list |grep :50
xsnd07.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  d87479acccfef58985781b575f3d4eb4
xsnd04.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  34c0617d410bafafa162a350aa55db0a
xsnd00.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd03.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd02.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  13cee90ba6b5e5b375a25bd40cf2ea34
xsnd01.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d
xsnd01-853714-xregistry0/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d　←★これ
}}}
■端末１でANSYS起動　※時間がかかります

{{{
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ module load ansys19.r2
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ /common/ansys_hfss-19.r2/AnsysEM19.4/Linux64/ansysedt
ANSYS Electromagnetics 19.4 Configuration
=========================================
Hostname: xsnd01-853714-xregistry0
User:     es006

> Running first-time configuration...
  - Verifying all software dependencies are available:
Done

  - Retrieving user settings... Done
  - Applying user settings... Done
  - Configuring OCX files... Done
  - Retrieving machine settings... Done
  - Applying machine settings... Done
  - Configuring binaries... Done
First-time configuration completed successfully.
+qsub -I -X -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=32g -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest
$ . /etc/profile
$ module load ansys.hfss2024(アプリ)
$ ansysedt
-行 363:
+行 283:
-#!/bin/sh
### sample
#PBS -l select=1:ncpus=1
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load abaqus-V6R2019x
+#!/bin/bash
#PBS -q Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=16g  

. /etc/profile
module load abaqus-2025
-行 373:
+行 291:
-abaqus
}}}
+abaqus 
}}}
-行 377:
+行 296:
-$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
+$ qsub -IX -q Eduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=/common/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash
-行 379:
+行 298:
-$ module load abaqus-V6R2019x
+$ . /etc/profile
$ module load abaqus-2025
-行 386:
+行 306:
-$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
+$ qsub -IX -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=16g -v SINGULARYTY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash
-行 388:
+行 308:
-$ module load comsol54
$ comsol
}}}
+$ . /etc/profile
$ module load comsol63
$ comsol -3drend sw
}}}
-行 400:
+行 320:
-#MP2/6-31G opt
+#p B3LYP/6-31G** opt freq
-行 413:
+行 333:
-#!/bin/sh
-行 415:
+行 334:
+#!/bin/bash
#PBS -q Eduq
-行 416:
+行 338:
-#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load gaussian16-C.01
+. /etc/profile
-行 423:
+行 342:
-g16 methane.com
}}}
+g16 methane

}}}
-行 427:
+行 348:
-#!/bin/sh
-行 429:
+行 349:
-#PBS -l select=1:ncpus=4,mem=3gb,pvmem=3gb
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load gaussian16-C.01
+#!/bin/bash
#PBS -q Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=3gb,pvmem=3gb

. /etc/profile
-行 437:
+行 357:
-g16 methane.com
}}}

=== Material Studio ===
+g16 methane
}}}

=== Materials Studio ※2025年4月以降は保守契約を行っておりません ===
-行 443:
+行 363:
-#!/bin/sh
#PBS -q wLrchq
#PBS -l select=1:ncpus=14
#PBS -l walltime=3:00:00
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
+#!/bin/bash
#PBS -q  Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=4 
#PBS -l walltime=3:00:00 
#PBS -v  SINGULARITY_IMAGE=/common/prg_env_amd_2025.01.sif

export LM_LICENSEFILE=license2.imc.tut.ac.jp
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` 
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID 
mkdir -p $WORKDIR 
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
-行 455:
+行 376:
-cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh .
+cp /common/MaterialsStudio25/MaterialsStudio25.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh .
-行 459:
+行 380:
-cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
}}}
+cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi 
}}}
-行 465:
+行 386:
-#!/bin/sh
#PBS -q wLrchq
#PBS -l select=1:ncpus=14
#PBS -l walltime=3:00:00
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
+#!/bin/bash
#PBS -q  Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=4 
#PBS -l walltime=3:00:00   export LM_LICENSEFILE=license2.imc.tut.ac.jp
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` 
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID 
mkdir -p $WORKDIR 
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
-行 477:
+行 398:
-cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh .
+cp /common/MaterialsStudio25.1/etc/DMo13/bin/RunDMol3.sh .
-行 481:
+行 402:
-cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
}}}
+cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi 
}}}
-行 484:
+行 405:
+===== アプリケーションから窓口サーバへジョブ投入 =====
Materials Studioのアプリケーションから窓口サーバへジョブ実行が出来ます。 利用したい場合は、Material Studio利用者グループ（ materials-studio-users@lists.imc.tut.ac.jp )へ所属（研究室）＋氏名＋大学アカウント名（学生：英字1文字数時6桁、教職員：英字2桁数字3桁）をご連絡下さい。 手順８の認証は専用のパスワードになり、これを発行するのに必要となります。

・[[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/manuals/materialsstudio/MaterialStudio2020_jobstart.docx|Materials Studio2020 ジョブスタート方法]]