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| 窓口サーバにて以下アプリケーションを利用可能です． == Emacs == === 起動方法 === 以下のコマンドを実行します． {{{ $ emacs & }}} === 終了方法 === Emacs上で「C-x C-c」を入力して下さい． == Perl == Perlの使用方法は [[https://perldoc.perl.org/5.16.3/|perldoc.perl.org]] を参照してください． == Python == Pythonの使用方法は [[https://docs.python.org/2.7/|docs.python.org]] を参照してください． == Ruby == Ruby の使用方法は [[https://docs.ruby-lang.org/ja/2.0.0/doc/index.html|docs.ruby-lang.org]] を参照してください． == JDK == == MATLAB 2018b == === 起動方法 === 以下のコマンドを実行します． {{{ |
<<TableOfContents(3)>> == 窓口サーバ用アプリケーション == 窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．<<BR>> 以下に実行コマンドを示します. === Emacs === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ emacs }}} (例)<<BR>> ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合 {{{ $ emacs sample.txt }}} === Perl === 使用方法は [[https://perldoc.perl.org/5.16.3/|perl 5.16.3]] を参照してください． ===== 実行方法 ===== (例)<<BR>> Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合<<BR>> ・スクリプトの内容 {{{ #!/usr/bin/perl $ cat hello.pl print "Hello world!\n"; }}} ・スクリプトの実行 {{{ $ chmod 755 hello.pl $ ./hello.pl Hello world! }}} (例)<<BR>> コマンドラインから直接実行する場合 {{{ $ perl -e 'print "Hello world!\n";' Hello world! }}} === Python === 使用方法は [[https://docs.python.org/2.7/|python 2.7]] を参照してください． ===== 実行方法 ===== (例)<<BR>> Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合<<BR>> ・スクリプトの内容 {{{ #!/usr/bin/python $ cat hello.py print "Hello world!" }}} ・スクリプトの実行 {{{ $ chmod 755 hello.py $ ./hello.py Hello world! }}} (例)<<BR>> コマンドラインから直接実行する場合 {{{ $ python -c 'print "Hello world!"' Hello world! }}} === Ruby === 使用方法は [[https://docs.ruby-lang.org/ja/2.0.0/doc/index.html|ruby 2.0.0]] を参照してください． ===== 実行方法 ===== (例)<<BR>> Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合<<BR>> ・スクリプトの内容 {{{ #!/usr/bin/ruby $ cat hello.rb puts "Hello world!" }}} ・スクリプトの実行 {{{ $ chmod 755 hello.rb $ ./hello.rb Hello world! }}} (例)<<BR>> インタラクティブに実行する場合 {{{ $ irb irb(main):001:0> puts "Hello world!" Hello world! => nil }}} === JDK === ===== PATH設定 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_212 $ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin }}} ===== コンパイル方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ javac Javaプログラムファイル }}} ===== 実行方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ java クラス名 }}} === MATLAB === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ module load matlab-R2019a |
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== Google Chrome == === 起動方法 === 以下のコマンドを実行します． {{{ $ }}} == Mozilla Firefox == === 起動方法 === 以下のコマンドを実行します． |
=== Google Chrome === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ google-chrome }}} === Mozilla Firefox === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． |
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== ASCII Tex == == dvipdfmx == === 変換方法 === 変換したいDVIファイル名を引数に指定し、以下のコマンドを実行します． {{{ $ dvipdfmx ファイル名 }}} == Evince == === 表示方法 === 表示したいPDFファイル名を引数に指定し、以下のコマンドを実行します． {{{ $ evince [オプション] ファイル名 }}} == gnuplot == == tgif == == inkscape == == dia == == Gimp == == Ghostscript == == LibreOffice == == ImageMagickv == == Clang c++ LLVM == |
=== dvipdfmx === ===== 変換方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ dvipdfmx DVIファイル }}} (例)<<BR>> sample.dviをPDFファイルに変換する場合 {{{ $ dvipdfmx sample.dvi }}} PDFファイル(sample.pdf)が生成されます. === Evince === ===== 表示方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ evince PDFファイル }}} (例)<<BR>> sample.pdfを表示する場合 {{{ $ evince sample.pdf }}} PDFファイル(sample.pdf)が表示されます. === LibreOffice === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ soffice パラメータ }}} (例)<<BR>> sample.docをPDF変換し、カレントディレクトリに出力する場合． {{{ $ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc }}} PDFファイル(sample.pdf)が生成されます. === ASCII Tex === ===== 変換方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ platex Texファイル }}} (例)<<BR>> sample.texをDVIファイルに変換する場合<<BR>> {{{ $ cat sample.tex \documentclass{jarticle} \begin{document} これはサンプルです。 \end{document} $ $ platex sample.tex }}} 組版結果のファイル(sample.dvi)が生成されます. === gnuplot === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ gnuplot }}} === tgif === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ tgif }}} === inkscape === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ inkscape }}} === dia === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ dia }}} === Gimp === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ gimp }}} === ImageMagick === ===== コマンド ===== * convert：画像のサイズ変更、フォーマット変更、画像の編集、色加工など * mogrityt：画像を一括で処理する * identifyt：画像ファイルの情報やサーバ情報を取得・表示する * montaget：画像を並べて結合する * compositet：画像を合成する * displayt：画像を表示する (例)<<BR>> JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合 {{{ $ convert sample.jpg sample.png }}} (例)<<BR>> 複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合 {{{ $ mogrify -format png *.jpg }}} === Ghostscript === ===== 起動方法 ===== 以下のコマンドを実行します． {{{ $ gs }}} == 研究用アプリケーション == コンテナ上で以下の研究用アプリケーションを実行可能です．<<BR>> 研究用アプリケーションを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, [[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob|ジョブの実行]] を参照して下さい．以下に実行スクリプト例を示します. === ANSYS Multiphysics === ===== シングルジョブ ===== {{{ #!/bin/sh ### sample #PBS -l select=1:ncpus=1 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load ansys.multiphysics19.r2 cd $PBS_O_WORKDIR ansys194 -b nolist -p AA_T_A -i vm1.dat -o vm1.out -j vm1 }}} *vm1.datは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v194/ansys/data/verifにあります． ===== 並列ジョブ ===== 例：Shared Memory ANSYSを用いる場合 {{{ #!/bin/sh ### sample #PBS -l select=1:ncpus=4 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load ansys.multiphysics19.r2 cd $PBS_O_WORKDIR ansys194 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4 }}} 例：Distributed ANSYSを用いる場合 {{{ #!/bin/sh ### sample #PBS -l select=2:ncpus=2 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load ansys.multiphysics19.r2 cd $PBS_O_WORKDIR ansys192 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4 -dis }}} *vm141.datは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v194/ansys/data/verifにあります． === ANSYS CFX === ===== シングルジョブ ===== {{{ #!/bin/sh ### sample #PBS -l select=1:ncpus=1 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load ansys.cfx19.r2 cd $PBS_O_WORKDIR cfx5solve -def StaticMixer.def }}} *StaticMixer.defは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v192/CFX/examplesにあります． ===== 並列ジョブ ===== {{{ #!/bin/sh ### sample #PBS -l select=1:ncpus=4 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load ansys.cfx19.r2 cd $PBS_O_WORKDIR cfx5solve -def StaticMixer.def -part 4 -start-method 'Intel MPI Local Parallel' }}} *StaticMixer.defは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v192/CFX/examplesにあります． === ANSYS HFSS === ===== インタラクティブモードでANSYS HFSS(X Window)を利用 ===== {{{ qsub -I -X -q wEduq -l select=1:ncpus=1:mem=32g -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest $ module load ansys(アプリ) $ /common/ansys_hfss-19.r2/AnsysEM19.4/Linux64/ansysedt }}} 上記で実行できない場合、以下の手順で行う。 ■端末を２つ開き、端末１と端末２にて同じxdev(例：xdev09.edu.tut.ac.jp)に接続する {{{ 端末１：$ ssh -X xdev09.edu.tut.ac.jp -l IMCアカウント 端末２：$ ssh -X xdev09.edu.tut.ac.jp -l IMCアカウント }}} ■ターミナル１にて別の任意のxdev(例：xdev08.edu.tut.ac.jp)に接続する {{{ 端末１：$ ssh -X xdev08 }}} ■端末１にてコンテナを起動する {{{ [es006@xdev08 ~]$ qsub -q wEduq -I -X -l select=1:ncpus=2:mem=8g:ngpus=0:vnode=xsnd01 -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.03 qsub: waiting for job 853714.xregistry0 to start qsub: job 853714.xregistry0 ready Access Port: <proto>://133.15.52.213:6048/ -> container port 22 [es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ hostname xsnd01-853714-xregistry0 [es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ env |grep DISPLAY DISPLAY=localhost:50.0 }}} ■最後のCookie値を確認 {{{ [es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ xauth list |grep :50 xsnd07.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 d87479acccfef58985781b575f3d4eb4 xsnd04.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 34c0617d410bafafa162a350aa55db0a xsnd00.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11 xsnd03.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11 xsnd02.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 13cee90ba6b5e5b375a25bd40cf2ea34 xsnd01.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d ←★これ }}} ■端末２でxauth add を行う {{{ [es006@xdev09 ~]$ xauth add xsnd01-853714-xregistry0/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d }}} ■端末１で追加されたことを確認 {{{ [es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ xauth list |grep :50 xsnd07.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 d87479acccfef58985781b575f3d4eb4 xsnd04.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 34c0617d410bafafa162a350aa55db0a xsnd00.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11 xsnd03.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11 xsnd02.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 13cee90ba6b5e5b375a25bd40cf2ea34 xsnd01.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d xsnd01-853714-xregistry0/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d ←★これ }}} ■端末１でANSYS起動 ※時間がかかります {{{ [es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ module load ansys19.r2 [es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ /common/ansys_hfss-19.r2/AnsysEM19.4/Linux64/ansysedt ANSYS Electromagnetics 19.4 Configuration ========================================= Hostname: xsnd01-853714-xregistry0 User: es006 > Running first-time configuration... - Verifying all software dependencies are available: Done - Retrieving user settings... Done - Applying user settings... Done - Configuring OCX files... Done - Retrieving machine settings... Done - Applying machine settings... Done - Configuring binaries... Done First-time configuration completed successfully. }}} === ABAQUS === ===== シングルジョブ ===== {{{ #!/bin/sh ### sample #PBS -l select=1:ncpus=1 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load abaqus-V6R2019x cd $PBS_O_WORKDIR abaqus }}} ===== インタラクティブモードでAbaqus CAE(X Window)を利用 ===== {{{ $ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash (ここからインタラクティブジョブの中) $ module load abaqus-V6R2019x $ abaqus cae }}} === COMSOL Multiphysics === qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します. {{{ $ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash (ここからインタラクティブジョブの中) $ module load comsol54 $ comsol }}} === Gaussian === サンプル入力ファイル(methane.com) {{{ %nosave %mem=512MB %nprocshared=4 %chk=methane.chk #MP2/6-31G opt methane 0 1 C -0.01350511 0.30137653 0.27071342 H 0.34314932 -0.70743347 0.27071342 H 0.34316773 0.80577472 1.14436492 H 0.34316773 0.80577472 -0.60293809 H -1.08350511 0.30138971 0.27071342 }}} ===== シングルジョブ ===== {{{ #!/bin/sh ### sample #PBS -l select=1:ncpus=1 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load gaussian16-A.03 cd $PBS_O_WORKDIR g16 methane.com }}} ===== 並列ジョブ ===== {{{ #!/bin/sh ### sample #PBS -l select=1:ncpus=4,mem=3gb,pvmem=3gb #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load gaussian16-A.03 cd $PBS_O_WORKDIR g16 methane.com }}} === Patran === ===== 起動方法 ===== qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します. {{{ $ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash (ここからインタラクティブジョブの中) $ module load patran-2019 $ patran }}} === Material Studio === ===== 並列ジョブ(CASTEP) ===== {{{ #!/bin/sh #PBS -q wLrchq #PBS -l select=1:ncpus=14 #PBS -l walltime=3:00:00 #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh . ./RunCASTEP.sh -np 14 Al cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi }}} *Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/CASTEP.tarを展開してください． ===== 並列ジョブ(DMol3) ===== {{{ #!/bin/sh #PBS -q wLrchq #PBS -l select=1:ncpus=14 #PBS -l walltime=3:00:00 #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh . ./RunDMol3.sh -np 14 Al cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi }}} *Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/DMol3.tarを展開してください． |
アプリケーションの実行
目次
窓口サーバ用アプリケーション
窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．
以下に実行コマンドを示します.
Emacs
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ emacs
(例)
ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合
$ emacs sample.txt
Perl
使用方法は perl 5.16.3 を参照してください．
実行方法
(例)
Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合
・スクリプトの内容
$ cat hello.pl print "Hello world!\n";
・スクリプトの実行
$ chmod 755 hello.pl $ ./hello.pl Hello world!
(例)
コマンドラインから直接実行する場合
$ perl -e 'print "Hello world!\n";' Hello world!
Python
使用方法は python 2.7 を参照してください．
実行方法
(例)
Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合
・スクリプトの内容
$ cat hello.py print "Hello world!"
・スクリプトの実行
$ chmod 755 hello.py $ ./hello.py Hello world!
(例)
コマンドラインから直接実行する場合
$ python -c 'print "Hello world!"' Hello world!
Ruby
使用方法は ruby 2.0.0 を参照してください．
実行方法
(例)
Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合
・スクリプトの内容
$ cat hello.rb puts "Hello world!"
・スクリプトの実行
$ chmod 755 hello.rb $ ./hello.rb Hello world!
(例)
インタラクティブに実行する場合
$ irb irb(main):001:0> puts "Hello world!" Hello world! => nil
JDK
PATH設定
以下のコマンドを実行します．
$ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_212 $ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
コンパイル方法
以下のコマンドを実行します．
$ javac Javaプログラムファイル
実行方法
以下のコマンドを実行します．
$ java クラス名
MATLAB
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ module load matlab-R2019a $ matlab
Google Chrome
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ google-chrome
Mozilla Firefox
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ firefox
dvipdfmx
変換方法
以下のコマンドを実行します．
$ dvipdfmx DVIファイル
(例)
sample.dviをPDFファイルに変換する場合
$ dvipdfmx sample.dvi
PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.
Evince
表示方法
以下のコマンドを実行します．
$ evince PDFファイル
(例)
sample.pdfを表示する場合
$ evince sample.pdf
PDFファイル(sample.pdf)が表示されます.
LibreOffice
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ soffice パラメータ
(例)
sample.docをPDF変換し、カレントディレクトリに出力する場合．
$ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc
PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.
ASCII Tex
変換方法
以下のコマンドを実行します．
$ platex Texファイル
(例)
sample.texをDVIファイルに変換する場合
$ cat sample.tex
\documentclass{jarticle}
\begin{document}
これはサンプルです。
\end{document}
$
$ platex sample.tex組版結果のファイル(sample.dvi)が生成されます.
gnuplot
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ gnuplot
tgif
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ tgif
inkscape
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ inkscape
dia
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ dia
Gimp
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ gimp
ImageMagick
コマンド
- convert：画像のサイズ変更、フォーマット変更、画像の編集、色加工など
- mogrityt：画像を一括で処理する
- identifyt：画像ファイルの情報やサーバ情報を取得・表示する
- montaget：画像を並べて結合する
- compositet：画像を合成する
- displayt：画像を表示する
(例)
JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合
$ convert sample.jpg sample.png
(例)
複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合
$ mogrify -format png *.jpg
Ghostscript
起動方法
以下のコマンドを実行します．
$ gs
研究用アプリケーション
コンテナ上で以下の研究用アプリケーションを実行可能です．
研究用アプリケーションを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, ジョブの実行 を参照して下さい．以下に実行スクリプト例を示します.
ANSYS Multiphysics
シングルジョブ
### sample #PBS -l select=1:ncpus=1 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load ansys.multiphysics19.r2 cd $PBS_O_WORKDIR ansys194 -b nolist -p AA_T_A -i vm1.dat -o vm1.out -j vm1
*vm1.datは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v194/ansys/data/verifにあります．
並列ジョブ
例：Shared Memory ANSYSを用いる場合
### sample #PBS -l select=1:ncpus=4 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load ansys.multiphysics19.r2 cd $PBS_O_WORKDIR ansys194 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4
例：Distributed ANSYSを用いる場合
### sample #PBS -l select=2:ncpus=2 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load ansys.multiphysics19.r2 cd $PBS_O_WORKDIR ansys192 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4 -dis
*vm141.datは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v194/ansys/data/verifにあります．
ANSYS CFX
シングルジョブ
### sample #PBS -l select=1:ncpus=1 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load ansys.cfx19.r2 cd $PBS_O_WORKDIR cfx5solve -def StaticMixer.def
*StaticMixer.defは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v192/CFX/examplesにあります．
並列ジョブ
### sample #PBS -l select=1:ncpus=4 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load ansys.cfx19.r2 cd $PBS_O_WORKDIR cfx5solve -def StaticMixer.def -part 4 -start-method 'Intel MPI Local Parallel'
*StaticMixer.defは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v192/CFX/examplesにあります．
ANSYS HFSS
インタラクティブモードでANSYS HFSS(X Window)を利用
qsub -I -X -q wEduq -l select=1:ncpus=1:mem=32g -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest $ module load ansys(アプリ) $ /common/ansys_hfss-19.r2/AnsysEM19.4/Linux64/ansysedt
上記で実行できない場合、以下の手順で行う。
■端末を２つ開き、端末１と端末２にて同じxdev(例：xdev09.edu.tut.ac.jp)に接続する
端末１：$ ssh -X xdev09.edu.tut.ac.jp -l IMCアカウント 端末２：$ ssh -X xdev09.edu.tut.ac.jp -l IMCアカウント
■ターミナル１にて別の任意のxdev(例：xdev08.edu.tut.ac.jp)に接続する
端末１：$ ssh -X xdev08
■端末１にてコンテナを起動する
[es006@xdev08 ~]$ qsub -q wEduq -I -X -l select=1:ncpus=2:mem=8g:ngpus=0:vnode=xsnd01 -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.03
qsub: waiting for job 853714.xregistry0 to start
qsub: job 853714.xregistry0 ready
Access Port:
<proto>://133.15.52.213:6048/ -> container port 22
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ hostname
xsnd01-853714-xregistry0
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ env |grep DISPLAY
DISPLAY=localhost:50.0■最後のCookie値を確認
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ xauth list |grep :50 xsnd07.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 d87479acccfef58985781b575f3d4eb4 xsnd04.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 34c0617d410bafafa162a350aa55db0a xsnd00.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11 xsnd03.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11 xsnd02.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 13cee90ba6b5e5b375a25bd40cf2ea34 xsnd01.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d ←★これ
■端末２でxauth add を行う
[es006@xdev09 ~]$ xauth add xsnd01-853714-xregistry0/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d
■端末１で追加されたことを確認
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ xauth list |grep :50 xsnd07.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 d87479acccfef58985781b575f3d4eb4 xsnd04.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 34c0617d410bafafa162a350aa55db0a xsnd00.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11 xsnd03.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11 xsnd02.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 13cee90ba6b5e5b375a25bd40cf2ea34 xsnd01.edu.tut.ac.jp/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d xsnd01-853714-xregistry0/unix:50 MIT-MAGIC-COOKIE-1 01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d ←★これ
■端末１でANSYS起動 ※時間がかかります
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ module load ansys19.r2 [es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ /common/ansys_hfss-19.r2/AnsysEM19.4/Linux64/ansysedt ANSYS Electromagnetics 19.4 Configuration ========================================= Hostname: xsnd01-853714-xregistry0 User: es006 > Running first-time configuration... - Verifying all software dependencies are available: Done - Retrieving user settings... Done - Applying user settings... Done - Configuring OCX files... Done - Retrieving machine settings... Done - Applying machine settings... Done - Configuring binaries... Done First-time configuration completed successfully.
ABAQUS
シングルジョブ
### sample #PBS -l select=1:ncpus=1 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load abaqus-V6R2019x cd $PBS_O_WORKDIR abaqus
インタラクティブモードでAbaqus CAE(X Window)を利用
$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash (ここからインタラクティブジョブの中) $ module load abaqus-V6R2019x $ abaqus cae
COMSOL Multiphysics
qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.
$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash (ここからインタラクティブジョブの中) $ module load comsol54 $ comsol
Gaussian
サンプル入力ファイル(methane.com)
%nosave %mem=512MB %nprocshared=4 %chk=methane.chk #MP2/6-31G opt methane 0 1 C -0.01350511 0.30137653 0.27071342 H 0.34314932 -0.70743347 0.27071342 H 0.34316773 0.80577472 1.14436492 H 0.34316773 0.80577472 -0.60293809 H -1.08350511 0.30138971 0.27071342
シングルジョブ
### sample #PBS -l select=1:ncpus=1 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load gaussian16-A.03 cd $PBS_O_WORKDIR g16 methane.com
並列ジョブ
### sample #PBS -l select=1:ncpus=4,mem=3gb,pvmem=3gb #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest source /etc/profile module load gaussian16-A.03 cd $PBS_O_WORKDIR g16 methane.com
Patran
起動方法
qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.
$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash (ここからインタラクティブジョブの中) $ module load patran-2019 $ patran
Material Studio
並列ジョブ(CASTEP)
#PBS -q wLrchq #PBS -l select=1:ncpus=14 #PBS -l walltime=3:00:00 #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh . ./RunCASTEP.sh -np 14 Al cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/CASTEP.tarを展開してください．
並列ジョブ(DMol3)
#PBS -q wLrchq #PBS -l select=1:ncpus=14 #PBS -l walltime=3:00:00 #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh . ./RunDMol3.sh -np 14 Al cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/DMol3.tarを展開してください．