アプリケーションの実行

窓口サーバ用アプリケーション

窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．
以下に実行コマンドを示します.

Emacs

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ emacs

(例)
ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合

$ emacs sample.txt

Perl

使用方法は perl 5.16.3 を参照してください．

実行方法

(例)
Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合

・スクリプトの内容

#!/usr/bin/perl $ cat hello.pl print "Hello world!\n"; 

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.pl
$ ./hello.pl
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合

$ perl -e 'print "Hello world!\n";'
Hello world!

Python

使用方法は python 2.7 を参照してください．

実行方法

(例)
Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合

・スクリプトの内容

#!/usr/bin/python $ cat hello.py print "Hello world!"  ・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.py
$ ./hello.py
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合

$ python -c 'print "Hello world!"'
Hello world!

Ruby

使用方法は ruby 2.0.0 を参照してください．

実行方法

(例)
Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合

・スクリプトの内容

#!/usr/bin/ruby $ cat hello.rb puts "Hello world!"  ・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.rb
$ ./hello.rb
Hello world!

(例)
インタラクティブに実行する場合

$ irb
irb(main):001:0> puts "Hello world!"
Hello world!
=> nil

JDK

PATH設定

以下のコマンドを実行します．

$ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_212
$ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

コンパイル方法

以下のコマンドを実行します．

$ javac Javaプログラムファイル

実行方法

以下のコマンドを実行します．

$ java クラス名

MATLAB

起動方法

以下のコマンドを実行します．

計算サーバ（コンテナ）で実行する場合

ローカルPC$ ssh -X xdev.edu.tut.ac.jp -l アカウント
アカウント@xdevxx$ printenv |grep DISPLAY
[DISPLAY環境変数]
アカウント@xdevxx$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=8g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
Singularity> printenv |grep DISPLAY
Singularity> export [DISPLAY環境変数]
Singularity> cd /common/MATLAB-R02xx/bin/
Singularity> ./matlab

窓口サーバ(xdevxx)上で実行する場合 ※2024年10月までご利用できません。

ローカルPC$ ssh -X xdev.edu.tut.ac.jp -l アカウント
アカウント@xdevxx$ module load matlab-R2019a
アカウント@xdevxx$ matlab

Google Chrome

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ google-chrome

Mozilla Firefox

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ firefox

dvipdfmx

変換方法

以下のコマンドを実行します．

$ dvipdfmx DVIファイル

(例)
sample.dviをPDFファイルに変換する場合

$ dvipdfmx sample.dvi

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

Evince

表示方法

以下のコマンドを実行します．

$ evince PDFファイル

(例)
sample.pdfを表示する場合

$ evince sample.pdf

PDFファイル(sample.pdf)が表示されます.

LibreOffice

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ soffice パラメータ

(例)
sample.docをPDF変換し、カレントディレクトリに出力する場合．

$ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

ASCII Tex

変換方法

以下のコマンドを実行します．

$ platex Texファイル

(例)
sample.texをDVIファイルに変換する場合

$ cat sample.tex
\documentclass{jarticle}
\begin{document}

これはサンプルです。

\end{document}
$
$ platex sample.tex

組版結果のファイル(sample.dvi)が生成されます.

gnuplot

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gnuplot

tgif

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ tgif

inkscape

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ inkscape

dia

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ dia

Gimp

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gimp

ImageMagick

コマンド

• convert：画像のサイズ変更、フォーマット変更、画像の編集、色加工など
• mogrityt：画像を一括で処理する
• identifyt：画像ファイルの情報やサーバ情報を取得・表示する
• montaget：画像を並べて結合する
• compositet：画像を合成する
• displayt：画像を表示する

(例)
JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合

$ convert sample.jpg sample.png

(例)
複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合

$ mogrify -format png *.jpg

Ghostscript

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gs

研究用アプリケーション

コンテナ上で以下の研究用アプリケーションを実行可能です．
研究用アプリケーションを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, ジョブの実行 を参照して下さい．以下に実行スクリプト例を示します. DISPLAY関連のエラーが出た場合は xdev.edu.tut.ac.jp環境下で"printenv |grep DISPLAY"で表示された値をコンテナ環境下で"export DIPSLAY=xxx.xxx.xxx.xxx:xx.x"と実施し、xeyesコマンドで目が表示されるかを事前に確認してください。

ANSYS HFSS

インタラクティブモードでANSYS HFSS(X Window)を利用

qsub -I -X -q wEduq -l select=1:ncpus=1:mem=32g -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest
$ module load ansys(アプリ)
$ /common/ansys_hfss-19.r2/AnsysEM19.4/Linux64/ansysedt

上記で実行できない場合、以下の手順で行う。

■端末を２つ開き、端末１と端末２にて同じxdev(例：xdev09.edu.tut.ac.jp)に接続する

端末１：$ ssh -X xdev09.edu.tut.ac.jp -l IMCアカウント
端末２：$ ssh -X xdev09.edu.tut.ac.jp -l IMCアカウント

■ターミナル１にて別の任意のxdev(例：xdev08.edu.tut.ac.jp)に接続する

端末１：$ ssh -X xdev08

■端末１にてコンテナを起動する

[es006@xdev08 ~]$ qsub -q wEduq -I -X -l select=1:ncpus=2:mem=8g:ngpus=0:vnode=xsnd01 -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.03
qsub: waiting for job 853714.xregistry0 to start
qsub: job 853714.xregistry0 ready

Access Port:
        <proto>://133.15.52.213:6048/ -> container port 22

[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ hostname
xsnd01-853714-xregistry0
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ env |grep DISPLAY
DISPLAY=localhost:50.0

■最後のCookie値を確認

[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ xauth list |grep :50
xsnd07.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  d87479acccfef58985781b575f3d4eb4
xsnd04.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  34c0617d410bafafa162a350aa55db0a
xsnd00.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd03.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd02.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  13cee90ba6b5e5b375a25bd40cf2ea34
xsnd01.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d　←★これ

■端末２でxauth add を行う

[es006@xdev09 ~]$ xauth add xsnd01-853714-xregistry0/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d

■端末１で追加されたことを確認

[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ xauth list |grep :50
xsnd07.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  d87479acccfef58985781b575f3d4eb4
xsnd04.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  34c0617d410bafafa162a350aa55db0a
xsnd00.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd03.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd02.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  13cee90ba6b5e5b375a25bd40cf2ea34
xsnd01.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d
xsnd01-853714-xregistry0/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d　←★これ

■端末１でANSYS起動　※時間がかかります

[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ module load ansys19.r2
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ /common/ansys_hfss-19.r2/AnsysEM19.4/Linux64/ansysedt
ANSYS Electromagnetics 19.4 Configuration
=========================================
Hostname: xsnd01-853714-xregistry0
User:     es006

> Running first-time configuration...
  - Verifying all software dependencies are available:
Done

  - Retrieving user settings... Done
  - Applying user settings... Done
  - Configuring OCX files... Done
  - Retrieving machine settings... Done
  - Applying machine settings... Done
  - Configuring binaries... Done
First-time configuration completed successfully.

ABAQUS

シングルジョブ

{{{#!/bin/sh

#PBS -l select=1:ncpus=1 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile module load abaqus-2023

cd $PBS_O_WORKDIR abaqus }}}

インタラクティブモードでAbaqus CAE(X Window)を利用

$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ module load abaqus-2023
$ abaqus cae

COMSOL Multiphysics

qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.

$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ module load comsol61
$ comsol

Gaussian

サンプル入力ファイル(methane.com)

%nosave
%mem=512MB
%nprocshared=4
%chk=methane.chk
#MP2/6-31G opt

methane

0 1
 C                 -0.01350511    0.30137653    0.27071342
 H                  0.34314932   -0.70743347    0.27071342
 H                  0.34316773    0.80577472    1.14436492
 H                  0.34316773    0.80577472   -0.60293809
 H                 -1.08350511    0.30138971    0.27071342

シングルジョブ

{{{#!/bin/sh

#PBS -l select=1:ncpus=1 #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile module load gaussian16-C.01

cd $PBS_O_WORKDIR g16 methane.com }}}

並列ジョブ

{{{#!/bin/sh

#PBS -l select=1:ncpus=4,mem=3gb,pvmem=3gb #PBS -q wSrchq #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile module load gaussian16-C.01

cd $PBS_O_WORKDIR g16 methane.com }}}

Materials Studio

並列ジョブ(CASTEP)

{{{#!/bin/sh #PBS -q wLrchq #PBS -l select=1:ncpus=14 #PBS -l walltime=3:00:00 #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

DIRNAME=basename $PBS_O_WORKDIR WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh .

./RunCASTEP.sh -np 14 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi }}} *Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/CASTEP.tarを展開してください．

並列ジョブ(DMol3)

{{{#!/bin/sh #PBS -q wLrchq #PBS -l select=1:ncpus=14 #PBS -l walltime=3:00:00 #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

DIRNAME=basename $PBS_O_WORKDIR WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh .

./RunDMol3.sh -np 14 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi }}} *Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/DMol3.tarを展開してください．

アプリケーションから窓口サーバへジョブ投入

Materials Studioのアプリケーションから窓口サーバへジョブ実行が出来ます。 利用したい場合は、Material Studio利用者グループ（ materials-studio-users@lists.imc.tut.ac.jp )へ所属（研究室）＋氏名＋大学アカウント名（学生：英字1文字数時6桁、教職員：英字2桁数字3桁）をご連絡下さい。 手順８の認証は専用のパスワードになり、これを発行するのに必要となります。

・Materials Studio2020 ジョブスタート方法