14と54のリビジョン間の差分 (その間の編集: 40回)

アプリケーションの実行

アプリケーションの実行
1. 窓口サーバ用アプリケーション
2. 研究用アプリケーション

窓口サーバ用アプリケーション

窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．
以下に実行コマンドを示します.

Emacs

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ emacs

(例)
ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合

$ emacs sample.txt

Perl

使用方法は perl 5.16.3 を参照してください．

実行方法

(例)
Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合

・スクリプトの内容

$ cat hello.pl
print "Hello world!\n";

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.pl
$ ./hello.pl
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合

$ perl -e 'print "Hello world!\n";'
Hello world!

Python

使用方法は python 2.7 を参照してください．

実行方法

(例)
Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合

・スクリプトの内容

$ cat hello.py
print "Hello world!"

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.py
$ ./hello.py
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合

$ python -c 'print "Hello world!"'
Hello world!

Ruby

使用方法は ruby 2.0.0 を参照してください．

実行方法

(例)
Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合

・スクリプトの内容

$ cat hello.rb
puts "Hello world!"

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.rb
$ ./hello.rb
Hello world!

(例)
インタラクティブに実行する場合

$ irb
irb(main):001:0> puts "Hello world!"
Hello world!
=> nil

JDK

PATH設定

以下のコマンドを実行します．

$ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_212
$ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

コンパイル方法

以下のコマンドを実行します．

$ javac Javaプログラムファイル

実行方法

以下のコマンドを実行します．

$ java クラス名

MATLAB

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ module load matlab-R2019a
$ matlab

Google Chrome

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ google-chrome

Mozilla Firefox

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ firefox

dvipdfmx

変換方法

以下のコマンドを実行します．

$ dvipdfmx DVIファイル

(例)
sample.dviをPDFファイルに変換する場合

$ dvipdfmx sample.dvi

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

Evince

表示方法

以下のコマンドを実行します．

$ evince PDFファイル

(例)
sample.pdfを表示する場合

$ evince sample.pdf

PDFファイル(sample.pdf)が表示されます.

LibreOffice

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ soffice パラメータ

(例)
sample.docをPDF変換し、カレントディレクトリに出力する場合．

$ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

ASCII Tex

変換方法

以下のコマンドを実行します．

$ platex Texファイル

(例)
sample.texをDVIファイルに変換する場合

$ cat sample.tex
\documentclass{jarticle}
\begin{document}

これはサンプルです。

\end{document}
$
$ platex sample.tex

組版結果のファイル(sample.dvi)が生成されます.

gnuplot

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gnuplot

tgif

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ tgif

inkscape

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ inkscape

dia

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ dia

Gimp

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gimp

ImageMagick

コマンド

convert：画像のサイズ変更、フォーマット変更、画像の編集、色加工など
mogrityt：画像を一括で処理する
identifyt：画像ファイルの情報やサーバ情報を取得・表示する
montaget：画像を並べて結合する
compositet：画像を合成する
displayt：画像を表示する

(例)
JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合

$ convert sample.jpg sample.png

(例)
複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合

$ mogrify -format png *.jpg

Ghostscript

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gs

研究用アプリケーション

コンテナ上で以下の研究用アプリケーションを実行可能です．
研究用アプリケーションを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, ジョブの実行を参照して下さい．以下に実行スクリプト例を示します.

ANSYS Multiphysics

シングルジョブ

### sample
#PBS -l select=1:ncpus=1
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load ansys.multiphysics19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
ansys194 -b nolist -p AA_T_A -i vm1.dat -o vm1.out -j vm1

*vm1.datは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v194/ansys/data/verifにあります．

並列ジョブ

例：Shared Memory ANSYSを用いる場合

### sample
#PBS -l select=1:ncpus=4
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load ansys.multiphysics19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
ansys194 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4

例：Distributed ANSYSを用いる場合

### sample
#PBS -l select=2:ncpus=2
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load ansys.multiphysics19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
ansys194 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4 -dis

*vm141.datは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v194/ansys/data/verifにあります．

ANSYS CFX

シングルジョブ

### sample
#PBS -l select=1:ncpus=1
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load ansys.cfx19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
cfx5solve -def StaticMixer.def

*StaticMixer.defは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v194/CFX/examplesにあります．

並列ジョブ

### sample
#PBS -l select=1:ncpus=4
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load ansys.cfx19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
cfx5solve -def StaticMixer.def -part 4 -start-method 'Intel MPI Local Parallel'

*StaticMixer.defは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v194/CFX/examplesにあります．

ANSYS HFSS

インタラクティブモードでANSYS HFSS(X Window)を利用

qsub -I -X -q wEduq -l select=1:ncpus=1:mem=32g -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest
$ module load ansys(アプリ)
$ /common/ansys_hfss-19.r2/AnsysEM19.4/Linux64/ansysedt

上記で実行できない場合、以下の手順で行う。

■端末を２つ開き、端末１と端末２にて同じxdev(例：xdev09.edu.tut.ac.jp)に接続する

端末１：$ ssh -X xdev09.edu.tut.ac.jp -l IMCアカウント
端末２：$ ssh -X xdev09.edu.tut.ac.jp -l IMCアカウント

■ターミナル１にて別の任意のxdev(例：xdev08.edu.tut.ac.jp)に接続する

端末１：$ ssh -X xdev08

■端末１にてコンテナを起動する

[es006@xdev08 ~]$ qsub -q wEduq -I -X -l select=1:ncpus=2:mem=8g:ngpus=0:vnode=xsnd01 -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.03
qsub: waiting for job 853714.xregistry0 to start
qsub: job 853714.xregistry0 ready

Access Port:
        <proto>://133.15.52.213:6048/ -> container port 22

[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ hostname
xsnd01-853714-xregistry0
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ env |grep DISPLAY
DISPLAY=localhost:50.0

■最後のCookie値を確認

[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ xauth list |grep :50
xsnd07.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  d87479acccfef58985781b575f3d4eb4
xsnd04.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  34c0617d410bafafa162a350aa55db0a
xsnd00.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd03.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd02.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  13cee90ba6b5e5b375a25bd40cf2ea34
xsnd01.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d　←★これ

■端末２でxauth add を行う

[es006@xdev09 ~]$ xauth add xsnd01-853714-xregistry0/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d

■端末１で追加されたことを確認

[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ xauth list |grep :50
xsnd07.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  d87479acccfef58985781b575f3d4eb4
xsnd04.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  34c0617d410bafafa162a350aa55db0a
xsnd00.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd03.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd02.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  13cee90ba6b5e5b375a25bd40cf2ea34
xsnd01.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d
xsnd01-853714-xregistry0/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d　←★これ

■端末１でANSYS起動　※時間がかかります

[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ module load ansys19.r2
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ /common/ansys_hfss-19.r2/AnsysEM19.4/Linux64/ansysedt
ANSYS Electromagnetics 19.4 Configuration
=========================================
Hostname: xsnd01-853714-xregistry0
User:     es006

> Running first-time configuration...
  - Verifying all software dependencies are available:
Done

  - Retrieving user settings... Done
  - Applying user settings... Done
  - Configuring OCX files... Done
  - Retrieving machine settings... Done
  - Applying machine settings... Done
  - Configuring binaries... Done
First-time configuration completed successfully.

ABAQUS

シングルジョブ

### sample
#PBS -l select=1:ncpus=1
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load abaqus-V6R2019x

cd $PBS_O_WORKDIR
abaqus

インタラクティブモードでAbaqus CAE(X Window)を利用

$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ module load abaqus-V6R2019x
$ abaqus cae

COMSOL Multiphysics

qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.

$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ module load comsol54
$ comsol

Gaussian

サンプル入力ファイル(methane.com)

%nosave
%mem=512MB
%nprocshared=4
%chk=methane.chk
#MP2/6-31G opt

methane

0 1
 C                 -0.01350511    0.30137653    0.27071342
 H                  0.34314932   -0.70743347    0.27071342
 H                  0.34316773    0.80577472    1.14436492
 H                  0.34316773    0.80577472   -0.60293809
 H                 -1.08350511    0.30138971    0.27071342

シングルジョブ

### sample
#PBS -l select=1:ncpus=1
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load gaussian16-A.03

cd $PBS_O_WORKDIR
g16 methane.com

並列ジョブ

### sample
#PBS -l select=1:ncpus=4,mem=3gb,pvmem=3gb
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load gaussian16-A.03

cd $PBS_O_WORKDIR
g16 methane.com

Patran

起動方法

qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.

$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ module load patran-2019
$ patran

Material Studio

並列ジョブ(CASTEP)

#PBS -q wLrchq
#PBS -l select=1:ncpus=14
#PBS -l walltime=3:00:00
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh .

./RunCASTEP.sh -np 14 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/CASTEP.tarを展開してください．

並列ジョブ(DMol3)

#PBS -q wLrchq
#PBS -l select=1:ncpus=14
#PBS -l walltime=3:00:00
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh .

./RunDMol3.sh -np 14 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/DMol3.tarを展開してください．

-  ⇤ ← 2019-09-18 08:10:04時点のリビジョン14 → 
  サイズ: 9516
  編集者: hitachi28
  コメント:
+   ← 2022-01-25 09:34:23時点のリビジョン54 → ⇥
  サイズ: 14629
  編集者: yi041
  コメント:
-削除された箇所はこのように表示されます。
+追加された箇所はこのように表示されます。
 行 3:
-行 4:
+行 5:
-窓口サーバにて以下のアプリケーションを利用可能です．
=== Emacs  ===
===== 起動方法  =====
以下のコマンドを実行します．
+窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．<<BR>> 以下に実行コマンドを示します.

=== Emacs ===
===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
-行 11:
+行 14:
-(例)<<BR>>
ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合
+(例)<<BR>> ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合
-行 17:
+行 19:
-行 22:
+行 23:
-===== 実行方法  =====
(例)<<BR>>
Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合<<BR>>
+===== 実行方法 =====
(例)<<BR>> Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合<<BR>>
 行 27:
-{{{
+{{{
#!/usr/bin/perl
-行 29:
+行 31:
-#!/usr/bin/perl
print "Hello world!\n";
+print "Hello world!\n";
-行 40:
+行 41:
-(例)<<BR>>
コマンドラインから直接実行する場合
+(例)<<BR>> コマンドラインから直接実行する場合
 行 47:
-行 51:
+行 50:
-===== 実行方法  =====
(例)<<BR>>
Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合<<BR>>
+===== 実行方法 =====
(例)<<BR>> Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合<<BR>>
-行 56:
+行 54:
-{{{
+{{{
#!/usr/bin/python
 行 58:
-#!/usr/bin/python
-行 63:
+行 62:
 行 68:
-(例)<<BR>>
コマンドラインから直接実行する場合
+(例)<<BR>> コマンドラインから直接実行する場合
-行 76:
+行 75:
-行 80:
+行 78:
-===== 実行方法  =====
(例)<<BR>>
Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合<<BR>>
+===== 実行方法 =====
(例)<<BR>> Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合<<BR>>
-行 85:
+行 82:
-{{{
+{{{
#!/usr/bin/ruby
-行 87:
+行 86:
-#!/usr/bin/ruby
-行 92:
+行 90:
-行 98:
+行 97:
-(例)<<BR>>
インタラクティブに実行する場合
+(例)<<BR>> インタラクティブに実行する場合
-行 107:
+行 106:
-=== Clang c++ LLVM（準備中） ===
使用方法は [[https://clang.llvm.org/|clang]] を参照してください．
-行 115:
+行 109:
-行 119:
+行 114:
-===== コンパイル方法  =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ javac Javaプログラムファイル(xxx.java)
}}}

===== 実行方法  =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ java クラス名(xxx)
}}}


=== MATLAB（準備中） ===
===== 起動方法  =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
+===== コンパイル方法 =====
以下のコマンドを実行します．

{{{
$ javac Javaプログラムファイル
}}}
===== 実行方法 =====
以下のコマンドを実行します．

{{{
$ java クラス名
}}}
=== MATLAB ===
===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．

{{{
$ module load matlab-R2019a
-行 139:
+行 134:
-行 142:
+行 135:
-===== 起動方法  =====
以下のコマンドを実行します．
+===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
-行 147:
+行 141:
-行 150:
+行 142:
-===== 起動方法  =====
以下のコマンドを実行します．
+===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
-行 155:
+行 148:
-行 158:
+行 149:
-===== 変換方法  =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ dvipdfmx DVIファイル(xxx.dvi)
}}}

(例)<<BR>>
sample.dviをPDFファイルに変換する場合
+===== 変換方法 =====
以下のコマンドを実行します．

{{{
$ dvipdfmx DVIファイル
}}}
(例)<<BR>> sample.dviをPDFファイルに変換する場合
-行 171:
+行 162:
-行 173:
+行 163:
-===== 表示方法  =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ evince PDFファイル(xxx.pdf)
}}}

(例)<<BR>>
sample.pdfを表示する場合
+===== 表示方法 =====
以下のコマンドを実行します．

{{{
$ evince PDFファイル
}}}
(例)<<BR>> sample.pdfを表示する場合
-行 186:
+行 176:
-行 188:
+行 177:
-===== 起動方法  =====
以下のコマンドを実行します．
+===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
-行 193:
+行 183:
-(例)<<BR>>
sample.docをPDF変換し、カレントディレクトリに出力する場合．
+(例)<<BR>> sample.docをPDF変換し、カレントディレクトリに出力する場合．
-行 201:
+行 190:
-=== ASCII Tex（準備中） ===
===== 変換方法  =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ platex Texファイル(xxx.tex)
}}}

(例)<<BR>>
sample.texをDVIファイルに変換する場合<<BR>>
+=== ASCII Tex ===
===== 変換方法 =====
以下のコマンドを実行します．

{{{
$ platex Texファイル
}}}
(例)<<BR>> sample.texをDVIファイルに変換する場合<<BR>>
-行 219:
+行 207:
 $
-行 224:
+行 212:
-行 226:
+行 213:
-===== 起動方法  =====
以下のコマンドを実行します．
+===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
-行 231:
+行 219:
-行 234:
+行 220:
-===== 起動方法  =====
以下のコマンドを実行します．
+===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
-行 239:
+行 226:
-行 242:
+行 227:
-===== 起動方法  =====
以下のコマンドを実行します．
+===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
-行 247:
+行 233:
-行 250:
+行 234:
-===== 起動方法  =====
以下のコマンドを実行します．
+===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
-行 255:
+行 240:
-行 258:
+行 241:
-===== 起動方法  =====
以下のコマンドを実行します．
+===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
-行 263:
+行 247:
-行 266:
+行 248:
-===== コマンド  =====
+===== コマンド =====
-行 274:
+行 256:
-(例)<<BR>>
JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合．
+(例)<<BR>> JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合
-行 279:
+行 261:
-(例)<<BR>>
複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合．
+(例)<<BR>> 複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合
-行 285:
+行 266:
-行 288:
+行 267:
-===== 起動方法  =====
以下のコマンドを実行します．
+===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
-行 293:
+行 273:
-行 296:
+行 274:
-コンテナ上で以下のアプリケーションの実行が可能です．
=== ANSYS Multiphysicsジョブ（準備中） ===
+コンテナ上で以下の研究用アプリケーションを実行可能です．<<BR>> 研究用アプリケーションを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, [[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob|ジョブの実行]] を参照して下さい．以下に実行スクリプト例を示します.

=== ANSYS Multiphysics ===
-行 299:
+行 278:
-以下に，実行スクリプト例を示します．

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm1.dat -o vm1.out -j vm1

}}}

*vm1.datは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/ansys/data/verifにあります．
+{{{
#!/bin/sh
### sample
#PBS -l select=1:ncpus=1
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load ansys.multiphysics19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
ansys194 -b nolist -p AA_T_A -i vm1.dat -o vm1.out -j vm1
}}}
*vm1.datは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v194/ansys/data/verifにあります．
-行 319:
+行 294:
-以下に，実行スクリプト例を示します．
-行 324:
+行 297:
-### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4

}}}
+#!/bin/sh
### sample
#PBS -l select=1:ncpus=4
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load ansys.multiphysics19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
ansys194 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4
}}}
-行 341:
+行 312:
-### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=2:ppn=2
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4 -dis

}}}

*vm141.datは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/ansys/data/verifにあります．


=== ANSYS CFXジョブ（準備中） ===
+#!/bin/sh
### sample
#PBS -l select=2:ncpus=2
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load ansys.multiphysics19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
ansys194 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4 -dis
}}}
*vm141.datは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v194/ansys/data/verifにあります．

=== ANSYS CFX ===
-行 360:
+行 328:
-以下に，実行スクリプト例を示します．

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR
+{{{
#!/bin/sh
### sample
#PBS -l select=1:ncpus=1
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load ansys.cfx19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
-行 374:
+行 340:
-}}}

*StaticMixer.defは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/CFX/examplesにあります．
+}}}
*StaticMixer.defは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v194/CFX/examplesにあります．
-行 380:
+行 344:
-以下に，実行スクリプト例を示します．

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR
+{{{
#!/bin/sh
### sample
#PBS -l select=1:ncpus=4
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load ansys.cfx19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
-行 394:
+行 356:
-}}}

*StaticMixer.defは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/CFX/examplesにあります．


=== ABAQUSジョブ（準備中） ===
+}}}
*StaticMixer.defは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v194/CFX/examplesにあります．

=== ANSYS HFSS ===
===== インタラクティブモードでANSYS HFSS(X Window)を利用 =====
{{{
qsub -I -X -q wEduq -l select=1:ncpus=1:mem=32g -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest
$ module load ansys(アプリ)
$ /common/ansys_hfss-19.r2/AnsysEM19.4/Linux64/ansysedt
}}}

上記で実行できない場合、以下の手順で行う。

■端末を２つ開き、端末１と端末２にて同じxdev(例：xdev09.edu.tut.ac.jp)に接続する
{{{
端末１：$ ssh -X xdev09.edu.tut.ac.jp -l IMCアカウント
端末２：$ ssh -X xdev09.edu.tut.ac.jp -l IMCアカウント
}}}

■ターミナル１にて別の任意のxdev(例：xdev08.edu.tut.ac.jp)に接続する
{{{
端末１：$ ssh -X xdev08
}}}

■端末１にてコンテナを起動する
{{{
[es006@xdev08 ~]$ qsub -q wEduq -I -X -l select=1:ncpus=2:mem=8g:ngpus=0:vnode=xsnd01 -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.03
qsub: waiting for job 853714.xregistry0 to start
qsub: job 853714.xregistry0 ready

Access Port:
 <proto>://133.15.52.213:6048/ -> container port 22

[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ hostname
xsnd01-853714-xregistry0
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ env |grep DISPLAY
DISPLAY=localhost:50.0
}}}

■最後のCookie値を確認
{{{
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ xauth list |grep :50
xsnd07.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  d87479acccfef58985781b575f3d4eb4
xsnd04.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  34c0617d410bafafa162a350aa55db0a
xsnd00.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd03.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd02.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  13cee90ba6b5e5b375a25bd40cf2ea34
xsnd01.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d　←★これ
}}}

■端末２でxauth add を行う
{{{
[es006@xdev09 ~]$ xauth add xsnd01-853714-xregistry0/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d
}}}

■端末１で追加されたことを確認
{{{
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ xauth list |grep :50
xsnd07.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  d87479acccfef58985781b575f3d4eb4
xsnd04.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  34c0617d410bafafa162a350aa55db0a
xsnd00.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd03.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ee073eccf8726d2e97896ed6363ebe11
xsnd02.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  13cee90ba6b5e5b375a25bd40cf2ea34
xsnd01.edu.tut.ac.jp/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d
xsnd01-853714-xregistry0/unix:50  MIT-MAGIC-COOKIE-1  01c509a89b41a533f80d7f86a9711f3d　←★これ
}}}

■端末１でANSYS起動　※時間がかかります
{{{
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ module load ansys19.r2
[es006@xsnd01-853714-xregistry0 es006]$ /common/ansys_hfss-19.r2/AnsysEM19.4/Linux64/ansysedt
ANSYS Electromagnetics 19.4 Configuration
=========================================
Hostname: xsnd01-853714-xregistry0
User:     es006

> Running first-time configuration...
  - Verifying all software dependencies are available:
Done

  - Retrieving user settings... Done
  - Applying user settings... Done
  - Configuring OCX files... Done
  - Retrieving machine settings... Done
  - Applying machine settings... Done
  - Configuring binaries... Done
First-time configuration completed successfully.
}}}

=== ABAQUS ===
-行 402:
+行 447:
-以下に，実行スクリプト例を示します．

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load abaqus-6.12-3

cd $PBS_O_WORKDIR

abaqus job=1_mass_coarse

}}}

*1_mass_coarse.inpは/common/abaqus-6.12-3/6.12-3/samples/job_archive/samples.zipにあります．


=== COMSOL Multiphysicsジョブ（準備中） ===
<=★ 実行方法を確認後、記載する


=== ANSYS HFSSジョブ（準備中） ===

[[attachment:ansys-hfss-16.1-manual.pdf|ANSYS HFSS利用マニュアル]]に利用方法の詳細が説明されています。
そちらをご参照下さい。


=== GAUSSIANジョブ（準備中） ===
+{{{
#!/bin/sh
### sample
#PBS -l select=1:ncpus=1
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load abaqus-V6R2019x

cd $PBS_O_WORKDIR
abaqus
}}}
===== インタラクティブモードでAbaqus CAE(X Window)を利用 =====
{{{
$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ module load abaqus-V6R2019x
$ abaqus cae
}}}
=== COMSOL Multiphysics ===
qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.

{{{
$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ module load comsol54
$ comsol
}}}

=== Gaussian ===
-行 436:
+行 481:
-%NoSave
%Mem=512MB
%NProcShared=4
+%nosave
%mem=512MB
%nprocshared=4
-行 444:
+行 489:
- 1
+1
-行 451:
+行 496:
-行 453:
+行 497:
-以下に，実行スクリプト例を示します．

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load gaussian09-C.01

cd $PBS_O_WORKDIR

g09 methane.com

}}}
+{{{
#!/bin/sh
### sample
#PBS -l select=1:ncpus=1
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load gaussian16-A.03

cd $PBS_O_WORKDIR
g16 methane.com
}}}
-行 471:
+行 511:
-以下に，実行スクリプト例を示します．

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4,mem=3gb,pvmem=3gb
#PBS -q wSrchq

cd $PBS_O_WORKDIR

module load gaussian09-C.01

g09 methane.com

}}}


=== GaussView（準備中） ===
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ gview
}}}
画面が起動します．


=== Patran（準備中） ===
以下のコマンドを実行します．
{{{
+{{{
#!/bin/sh
### sample
#PBS -l select=1:ncpus=4,mem=3gb,pvmem=3gb
#PBS -q wSrchq
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

source /etc/profile
module load gaussian16-A.03

cd $PBS_O_WORKDIR
g16 methane.com
}}}

=== Patran ===
===== 起動方法 =====
qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.

{{{
$ qsub -IX -q wEduq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ module load patran-2019
-行 502:
+行 535:
-画面が起動します．
+=== Material Studio ===
===== 並列ジョブ(CASTEP) =====
{{{
#!/bin/sh
#PBS -q wLrchq
#PBS -l select=1:ncpus=14
#PBS -l walltime=3:00:00
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh .

./RunCASTEP.sh -np 14 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
}}}
*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/CASTEP.tarを展開してください．

===== 並列ジョブ(DMol3) =====
{{{
#!/bin/sh
#PBS -q wLrchq
#PBS -l select=1:ncpus=14
#PBS -l walltime=3:00:00
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:latest

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh .

./RunDMol3.sh -np 14 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
}}}
*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/DMol3.tarを展開してください．