13と16のリビジョン間の差分 (その間の編集: 3回)

アプリケーションの実行

アプリケーションの実行
1. 窓口サーバ用アプリケーション
2. 研究用アプリケーション

窓口サーバ用アプリケーション

窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．

Emacs

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ emacs

(例)
ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合

$ emacs sample.txt

Perl

使用方法は perl 5.16.3 を参照してください．

実行方法

(例)
Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合

・スクリプトの内容

$ cat hello.pl
#!/usr/bin/perl
print "Hello world!\n";

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.pl
$ ./hello.pl
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合

$ perl -e 'print "Hello world!\n";'
Hello world!

Python

使用方法は python 2.7 を参照してください．

実行方法

(例)
Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合

・スクリプトの内容

$ cat hello.py
#!/usr/bin/python
print "Hello world!"

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.py
$ ./hello.py
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合

$ python -c 'print "Hello world!"'
Hello world!

Ruby

使用方法は ruby 2.0.0 を参照してください．

実行方法

(例)
Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合

・スクリプトの内容

$ cat hello.rb
#!/usr/bin/ruby
puts "Hello world!"

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.rb
$ ./hello.rb
Hello world!

(例)
インタラクティブに実行する場合

$ irb
irb(main):001:0> puts "Hello world!"
Hello world!
=> nil

Clang c++ LLVM（準備中）

使用方法は clang を参照してください．

JDK

PATH設定

以下のコマンドを実行します．

$ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_212
$ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

コンパイル方法

以下のコマンドを実行します．

$ javac Javaプログラムファイル(xxx.java)

実行方法

以下のコマンドを実行します．

$ java クラス名(xxx)

MATLAB（準備中）

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ matlab

Google Chrome

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ google-chrome

Mozilla Firefox

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ firefox

dvipdfmx

変換方法

以下のコマンドを実行します．

$ dvipdfmx DVIファイル(xxx.dvi)

(例)
sample.dviをPDFファイルに変換する場合

$ dvipdfmx sample.dvi

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

Evince

表示方法

以下のコマンドを実行します．

$ evince PDFファイル(xxx.pdf)

(例)
sample.pdfを表示する場合

$ evince sample.pdf

PDFファイル(sample.pdf)が表示されます.

LibreOffice

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ soffice パラメータ

(例)
sample.docをPDF変換し、カレントディレクトリに出力する場合．

$ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

ASCII Tex（準備中）

変換方法

以下のコマンドを実行します．

$ platex Texファイル(xxx.tex)

(例)
sample.texをDVIファイルに変換する場合

$ cat sample.tex
\documentclass{jarticle}
\begin{document}

これはサンプルです。

\end{document}
$ 
$ platex sample.tex

組版結果のファイル(sample.dvi)が生成されます.

gnuplot

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gnuplot

tgif

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ tgif

inkscape

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ inkscape

dia

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ dia

Gimp

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gimp

ImageMagick

コマンド

convert：画像のサイズ変更、フォーマット変更、画像の編集、色加工など
mogrityt：画像を一括で処理する
identifyt：画像ファイルの情報やサーバ情報を取得・表示する
montaget：画像を並べて結合する
compositet：画像を合成する
displayt：画像を表示する

(例)
JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合

$ convert sample.jpg sample.png

(例)
複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合

$ mogrify -format png *.jpg

Ghostscript

起動方法

以下のコマンドを実行します．

$ gs

研究用アプリケーション

コンテナ上で研究用アプリケーションを実行可能です．
研究用アプリケーションを実行する場合は、PBS Professional用の実行スクリプトを作成し，qsubコマンドでジョブを投入します．以下に実行スクリプト例を示します.ジョブの投入方法は，ジョブの実行を参照して下さい．

ANSYS Multiphysics（準備中）

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm1.dat -o vm1.out -j vm1

*vm1.datは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/ansys/data/verifにあります．

並列ジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

例：Shared Memory ANSYSを用いる場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4

例：Distributed ANSYSを用いる場合

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=2:ppn=2
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4 -dis

*vm141.datは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/ansys/data/verifにあります．

ANSYS CFX（準備中）

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

cfx5solve -def StaticMixer.def

*StaticMixer.defは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/CFX/examplesにあります．

並列ジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

cfx5solve -def StaticMixer.def -part 4 -start-method 'Intel MPI Local Parallel'

*StaticMixer.defは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/CFX/examplesにあります．

ANSYS HFSS（準備中）

ANSYS HFSS利用マニュアルをご参照下さい。

ABAQUS（準備中）

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load abaqus-6.12-3

cd $PBS_O_WORKDIR

abaqus job=1_mass_coarse

*1_mass_coarse.inpは/common/abaqus-6.12-3/6.12-3/samples/job_archive/samples.zipにあります．

COMSOL Multiphysics（準備中）

<=★ 実行方法を確認後、記載する

Gaussian（準備中）

サンプル入力ファイル(methane.com)

%NoSave
%Mem=512MB
%NProcShared=4
%chk=methane.chk
#MP2/6-31G opt

methane

0  1
 C                 -0.01350511    0.30137653    0.27071342
 H                  0.34314932   -0.70743347    0.27071342
 H                  0.34316773    0.80577472    1.14436492
 H                  0.34316773    0.80577472   -0.60293809
 H                 -1.08350511    0.30138971    0.27071342

シングルジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load gaussian09-C.01

cd $PBS_O_WORKDIR

g09 methane.com

並列ジョブ

以下に，実行スクリプト例を示します．

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4,mem=3gb,pvmem=3gb
#PBS -q wSrchq

cd $PBS_O_WORKDIR

module load gaussian09-C.01

g09 methane.com

GaussView（準備中）

GaussViewは，Gaussianのグラフィカル・ユーザインタフェースです. 以下のコマンドを実行し，画面を起動します.

$ gview

画面起動後, Gaussianの入力ファイルを読み込み計算結果の可視化を行います.

Patran（準備中）

以下のコマンドを実行し，画面を起動します.

$ patran

-  ⇤ ← 2019-09-09 09:39:55時点のリビジョン13 → 
  サイズ: 5861
  編集者: hitachi04
  コメント:
+   ← 2019-09-18 11:05:35時点のリビジョン16 → ⇥
  サイズ: 9914
  編集者: hitachi28
  コメント:
-削除された箇所はこのように表示されます。
+追加された箇所はこのように表示されます。
 行 2:
-窓口サーバにて以下のアプリケーションを利用可能です．

GUIアプリケーションを使用する場合は，利用端末にてX環境が必要です．<<BR>>
X転送を有効にして窓口サーバにSSHログインして下さい．

 * 利用端末がWindowsの場合
  * XmingやCygwin/X等を起動.
  * Tera Termやputtyの設定でX転送を有効にし，xdevにログイン.

 * 利用端末がLinuxの場合
  * デスクトップ環境を起動.
  * コマンド ssh -Y xdev を実行.


== Emacs  ==
=== 起動方法  ===
+<<TableOfContents(3)>>

== 窓口サーバ用アプリケーション ==
窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．

=== Emacs  ===
===== 起動方法  =====
-行 30:
+行 21:
-== Perl ==
+=== Perl ===
-行 33:
+行 24:
-=== 実行方法  ===
+===== 実行方法  =====
-行 59:
+行 50:
-== Python ==
+=== Python ===
-行 62:
+行 53:
-=== 実行方法  ===
+===== 実行方法  =====
-行 88:
+行 79:
-== Ruby ==
+=== Ruby ===
-行 91:
+行 82:
-=== 実行方法  ===
+===== 実行方法  =====
-行 119:
+行 110:
-== JDK ==
=== PATH設定 ===
+=== Clang c++ LLVM（準備中） ===
使用方法は [[https://clang.llvm.org/|clang]] を参照してください．


=== JDK ===
===== PATH設定 =====
-行 127:
+行 122:
-=== コンパイル方法  ===
+===== コンパイル方法  =====
-行 133:
+行 128:
-=== 実行方法  ===
+===== 実行方法  =====
-行 140:
+行 135:
-== MATLAB（準備中） ==
=== 起動方法  ===
+=== MATLAB（準備中） ===
===== 起動方法  =====
-行 148:
+行 143:
-== Google Chrome ==
=== 起動方法  ===
+=== Google Chrome ===
===== 起動方法  =====
-行 156:
+行 151:
-== Mozilla Firefox ==
=== 起動方法  ===
+=== Mozilla Firefox ===
===== 起動方法  =====
-行 164:
+行 159:
-== ASCII Tex（準備中） ==
=== 変換方法  ===
+=== dvipdfmx ===
===== 変換方法  =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ dvipdfmx DVIファイル(xxx.dvi)
}}}

(例)<<BR>>
sample.dviをPDFファイルに変換する場合
{{{
$ dvipdfmx sample.dvi
}}}
PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.


=== Evince ===
===== 表示方法  =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ evince PDFファイル(xxx.pdf)
}}}

(例)<<BR>>
sample.pdfを表示する場合
{{{
$ evince sample.pdf
}}}
PDFファイル(sample.pdf)が表示されます.


=== LibreOffice ===
===== 起動方法  =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ soffice パラメータ
}}}

(例)<<BR>>
sample.docをPDF変換し、カレントディレクトリに出力する場合．
{{{
$ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc
}}}
PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.


=== ASCII Tex（準備中） ===
===== 変換方法  =====
-行 170:
+行 210:
-行 188:
+行 227:
-== dvipdfmx ==
=== 変換方法  ===
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ dvipdfmx DVIファイル(xxx.dvi)
}}}

(例)<<BR>>
sample.dviをPDFファイルに変換する場合
{{{
$ dvipdfmx sample.dvi
}}}
PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.


== Evince ==
=== 表示方法  ===
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ evince PDFファイル(xxx.pdf)
}}}

(例)<<BR>>
sample.pdfを表示する場合
{{{
$ evince sample.pdf
}}}
PDFファイル(sample.pdf)が表示されます.


== gnuplot ==
=== 起動方法  ===
+=== gnuplot ===
===== 起動方法  =====
-行 226:
+行 235:
-== tgif ==
=== 起動方法  ===
+=== tgif ===
===== 起動方法  =====
-行 234:
+行 243:
-== inkscape ==
=== 起動方法  ===
+=== inkscape ===
===== 起動方法  =====
-行 242:
+行 251:
-== dia ==
=== 起動方法  ===
+=== dia ===
===== 起動方法  =====
-行 250:
+行 259:
-== Gimp ==
=== 起動方法  ===
+=== Gimp ===
===== 起動方法  =====
-行 258:
+行 267:
-== Ghostscript ==
=== 起動方法  ===
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ gs
}}}


== LibreOffice ==
=== 起動方法  ===
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ soffice パラメータ
}}}

(例)<<BR>>
sample.docをPDF変換し、カレントディレクトリに出力する場合．
{{{
$ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc
}}}
PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.


== ImageMagick ==
=== コマンド  ===
+=== ImageMagick ===
===== コマンド  =====
-行 291:
+行 277:
-JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合．
+JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合
-行 297:
+行 283:
-複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合．
+複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合
-行 303:
+行 289:
-== Clang c++ LLVM（準備中） ==
使用方法は [[https://clang.llvm.org/|clang]] を参照してください．
+=== Ghostscript ===
===== 起動方法  =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ gs
}}}


== 研究用アプリケーション ==
コンテナ上で研究用アプリケーションを実行可能です．<<BR>>
研究用アプリケーションを実行する場合は、PBS Professional用の実行スクリプトを作成し，qsubコマンドでジョブを投入します．以下に実行スクリプト例を示します.ジョブの投入方法は，[[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob |ジョブの実行]] を参照して下さい．

=== ANSYS Multiphysics（準備中） ===
===== シングルジョブ =====
以下に，実行スクリプト例を示します．

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm1.dat -o vm1.out -j vm1

}}}

*vm1.datは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/ansys/data/verifにあります．

===== 並列ジョブ =====
以下に，実行スクリプト例を示します．

例：Shared Memory ANSYSを用いる場合

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4

}}}

例：Distributed ANSYSを用いる場合

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=2:ppn=2
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

ansys145 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4 -dis

}}}

*vm141.datは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/ansys/data/verifにあります．


=== ANSYS CFX（準備中） ===
===== シングルジョブ =====
以下に，実行スクリプト例を示します．

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

cfx5solve -def StaticMixer.def

}}}

*StaticMixer.defは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/CFX/examplesにあります．

===== 並列ジョブ =====
以下に，実行スクリプト例を示します．

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q wSrchq

module load ansys14.5

cd $PBS_O_WORKDIR

cfx5solve -def StaticMixer.def -part 4 -start-method 'Intel MPI Local Parallel'

}}}

*StaticMixer.defは/common/ansys14.5/ansys_inc/v145/CFX/examplesにあります．


=== ANSYS HFSS（準備中） ===
[[attachment:ansys-hfss-16.1-manual.pdf|ANSYS HFSS利用マニュアル]]をご参照下さい。


=== ABAQUS（準備中） ===
===== シングルジョブ =====
以下に，実行スクリプト例を示します．

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load abaqus-6.12-3

cd $PBS_O_WORKDIR

abaqus job=1_mass_coarse

}}}

*1_mass_coarse.inpは/common/abaqus-6.12-3/6.12-3/samples/job_archive/samples.zipにあります．


=== COMSOL Multiphysics（準備中） ===
<=★ 実行方法を確認後、記載する


=== Gaussian（準備中） ===
サンプル入力ファイル(methane.com)

{{{
%NoSave
%Mem=512MB
%NProcShared=4
%chk=methane.chk
#MP2/6-31G opt

methane

0  1
 C                 -0.01350511    0.30137653    0.27071342
 H                  0.34314932   -0.70743347    0.27071342
 H                  0.34316773    0.80577472    1.14436492
 H                  0.34316773    0.80577472   -0.60293809
 H                 -1.08350511    0.30138971    0.27071342
}}}

===== シングルジョブ =====
以下に，実行スクリプト例を示します．

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

module load gaussian09-C.01

cd $PBS_O_WORKDIR

g09 methane.com

}}}

===== 並列ジョブ =====
以下に，実行スクリプト例を示します．

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4,mem=3gb,pvmem=3gb
#PBS -q wSrchq

cd $PBS_O_WORKDIR

module load gaussian09-C.01

g09 methane.com

}}}


=== GaussView（準備中） ===
GaussViewは，Gaussianのグラフィカル・ユーザインタフェースです. 以下のコマンドを実行し，画面を起動します.
{{{
$ gview
}}}
画面起動後, Gaussianの入力ファイルを読み込み計算結果の可視化を行います.


=== Patran（準備中） ===
以下のコマンドを実行し，画面を起動します.
{{{
$ patran
}}}