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編集者: jn002
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編集者: tsuchiya
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<<TableOfContents(3)>>

== 窓口サーバ用アプリケーション ==
窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．<<BR>>
以下に実行コマンドを示します.

=== Emacs ===
===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ emacs
}}}

(例)<<BR>>
ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合
{{{
$ emacs sample.txt
}}}


=== Perl ===
使用方法は [[https://perldoc.perl.org/5.16.3/|perl 5.16.3]] を参照してください．

===== 実行方法 =====
(例)<<BR>>
Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合<<BR>>

・スクリプトの内容
{{{
$ cat hello.pl
#!/usr/bin/perl
print "Hello world!\n";
}}}

・スクリプトの実行
{{{
$ chmod 755 hello.pl
$ ./hello.pl
Hello world!
}}}

(例)<<BR>>
コマンドラインから直接実行する場合
{{{
$ perl -e 'print "Hello world!\n";'
Hello world!
}}}


=== Python ===
使用方法は [[https://docs.python.org/2.7/|python 2.7]] を参照してください．

===== 実行方法 =====
(例)<<BR>>
Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合<<BR>>

・スクリプトの内容
{{{
$ cat hello.py
#!/usr/bin/python
print "Hello world!"
}}}

・スクリプトの実行
{{{
$ chmod 755 hello.py
$ ./hello.py
Hello world!
}}}

(例)<<BR>>
コマンドラインから直接実行する場合
{{{
$ python -c 'print "Hello world!"'
Hello world!
}}}


=== Ruby ===
使用方法は [[https://docs.ruby-lang.org/ja/2.0.0/doc/index.html|ruby 2.0.0]] を参照してください．

===== 実行方法 =====
(例)<<BR>>
Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合<<BR>>

・スクリプトの内容
{{{
$ cat hello.rb
#!/usr/bin/ruby
puts "Hello world!"
}}}

・スクリプトの実行
{{{
$ chmod 755 hello.rb
$ ./hello.rb
Hello world!
}}}

(例)<<BR>>
インタラクティブに実行する場合
{{{
$ irb
irb(main):001:0> puts "Hello world!"
Hello world!
=> nil
}}}

=== JDK ===
===== PATH設定 =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_212
$ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
}}}

===== コンパイル方法 =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ javac Javaプログラムファイル
}}}

===== 実行方法 =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ java クラス名
}}}


=== MATLAB ===
===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ matlab
}}}


=== Google Chrome ===
===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ google-chrome
}}}


=== Mozilla Firefox ===
===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ firefox
}}}


=== dvipdfmx ===
===== 変換方法 =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ dvipdfmx DVIファイル
}}}

(例)<<BR>>
sample.dviをPDFファイルに変換する場合
{{{
$ dvipdfmx sample.dvi
}}}
PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.


=== Evince ===
===== 表示方法 =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ evince PDFファイル
}}}

(例)<<BR>>
sample.pdfを表示する場合
{{{
$ evince sample.pdf
}}}
PDFファイル(sample.pdf)が表示されます.


=== LibreOffice ===
===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ soffice パラメータ
}}}

(例)<<BR>>
sample.docをPDF変換し、カレントディレクトリに出力する場合．
{{{
$ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc
}}}
PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.


=== ASCII Tex ===
===== 変換方法 =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ platex Texファイル
}}}

(例)<<BR>>
sample.texをDVIファイルに変換する場合<<BR>>
{{{
$ cat sample.tex
\documentclass{jarticle}
\begin{document}

これはサンプルです。

\end{document}
$
$ platex sample.tex
}}}
組版結果のファイル(sample.dvi)が生成されます.


=== gnuplot ===
===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ gnuplot
}}}


=== tgif ===
===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ tgif
}}}


=== inkscape ===
===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ inkscape
}}}


=== dia ===
===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ dia
}}}


=== Gimp ===
===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ gimp
}}}


=== ImageMagick ===
===== コマンド =====
 * convert：画像のサイズ変更、フォーマット変更、画像の編集、色加工など
 * mogrityt：画像を一括で処理する
 * identifyt：画像ファイルの情報やサーバ情報を取得・表示する
 * montaget：画像を並べて結合する
 * compositet：画像を合成する
 * displayt：画像を表示する

(例)<<BR>>
JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合
{{{
$ convert sample.jpg sample.png
}}}

(例)<<BR>>
複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合
{{{
$ mogrify -format png *.jpg
}}}


=== Ghostscript ===
===== 起動方法 =====
以下のコマンドを実行します．
{{{
$ gs
}}}


== 研究用アプリケーション ==
コンテナ上で以下の研究用アプリケーションを実行可能です．<<BR>>
研究用アプリケーションを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, [[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob |ジョブの実行]] を参照して下さい．以下に実行スクリプト例を示します.

=== ANSYS Multiphysics ===
===== シングルジョブ =====
{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

source /etc/profile
module load ansys.multiphysics19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
ansys192 -b nolist -p AA_T_A -i vm1.dat -o vm1.out -j vm1

}}}

*vm1.datは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v192/ansys/data/verifにあります．

===== 並列ジョブ =====
例：Shared Memory ANSYSを用いる場合

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q wSrchq

source /etc/profile
module load ansys.multiphysics19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
ansys192 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4

}}}

例：Distributed ANSYSを用いる場合

{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=2:ppn=2
#PBS -q wSrchq

source /etc/profile
module load ansys.multiphysics19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
ansys192 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4 -dis

}}}

*vm141.datは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v192/ansys/data/verifにあります．


=== ANSYS CFX ===
===== シングルジョブ =====
{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

source /etc/profile
module load ansys.cfx19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
cfx5solve -def StaticMixer.def

}}}

*StaticMixer.defは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v192/CFX/examplesにあります．

===== 並列ジョブ =====
{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q wSrchq

source /etc/profile
module load ansys.cfx19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
cfx5solve -def StaticMixer.def -part 4 -start-method 'Intel MPI Local Parallel'

}}}

*StaticMixer.defは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v192/CFX/examplesにあります．


=== ANSYS HFSS ===
[[attachment:ansys-hfss-16.1-manual.pdf|ANSYS HFSS利用マニュアル]]を参照して下さい.


=== ABAQUS ===
===== シングルジョブ =====
{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

source /etc/profile
module load abaqus-V6R2019x

cd $PBS_O_WORKDIR
abaqus

}}}

===== インタラクティブモードでAbaqus CAE(X Window)を利用 =====
{{{
$ qsub -IX -q wSrchq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ module load abaqus-V6R2019x
$ abaqus cae
}}}

=== COMSOL Multiphysics ===
qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.

{{{
$ qsub -IX -q wSrchq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ module load comsol54
$ comsol
}}}

=== Gaussian ===
サンプル入力ファイル(methane.com)

{{{
%NoSave
%Mem=512MB
%NProcShared=4
%chk=methane.chk
#MP2/6-31G opt

methane

0 1
 C -0.01350511 0.30137653 0.27071342
 H 0.34314932 -0.70743347 0.27071342
 H 0.34316773 0.80577472 1.14436492
 H 0.34316773 0.80577472 -0.60293809
 H -1.08350511 0.30138971 0.27071342
}}}

===== シングルジョブ =====
{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

source /etc/profile
module load gaussian16-A.03

cd $PBS_O_WORKDIR
g16 methane.com

}}}

===== 並列ジョブ =====
{{{

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4,mem=3gb,pvmem=3gb
#PBS -q wSrchq

source /etc/profile
module load gaussian16-A.03

cd $PBS_O_WORKDIR
g16 methane.com

}}}


=== Patran ===
===== 起動方法 =====
qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.
{{{
$ qsub -IX -q wSrchq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ module load patran-2019
$ patran
}}}

=== Material Studio ===
===== 並列ジョブ(CASTEP) =====

{{{
#!/bin/sh
#PBS -q wLrchq
#PBS -l select=1:ncpus=14
#PBS -l walltime=3:00:00
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.03

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh .

./RunCASTEP.sh -np 14 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
}}}
*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/CASTEP.tarを展開してください．

===== 並列ジョブ(DMol3) =====

{{{

#!/bin/sh
#PBS -q wLrchq
#PBS -l select=1:ncpus=14
#PBS -l walltime=3:00:00
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.03

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh .

./RunDMol3.sh -np 14 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

}}}
*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/DMol3.tarを展開してください．

アプリケーションの実行

目次

  1. アプリケーションの実行
    1. 窓口サーバ用アプリケーション
      1. Emacs
      2. Perl
      3. Python
      4. Ruby
      5. JDK
      6. MATLAB
      7. Google Chrome
      8. Mozilla Firefox
      9. dvipdfmx
      10. Evince
      11. LibreOffice
      12. ASCII Tex
      13. gnuplot
      14. tgif
      15. inkscape
      16. dia
      17. Gimp
      18. ImageMagick
      19. Ghostscript
    2. 研究用アプリケーション
      1. ANSYS Multiphysics
      2. ANSYS CFX
      3. ANSYS HFSS
      4. ABAQUS
      5. COMSOL Multiphysics
      6. Gaussian
      7. Patran
      8. Material Studio

窓口サーバ用アプリケーション

窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．
以下に実行コマンドを示します.

Emacs

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ emacs

(例)
ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合 

$ emacs sample.txt

Perl

使用方法は perl 5.16.3 を参照してください．

実行方法

(例)
Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合

・スクリプトの内容 

$ cat hello.pl
#!/usr/bin/perl
print "Hello world!\n";

・スクリプトの実行 

$ chmod 755 hello.pl
$ ./hello.pl
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合 

$ perl -e 'print "Hello world!\n";'
Hello world!

Python

使用方法は python 2.7 を参照してください．

実行方法

(例)
Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合

・スクリプトの内容 

$ cat hello.py
#!/usr/bin/python
print "Hello world!"

・スクリプトの実行 

$ chmod 755 hello.py
$ ./hello.py
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合 

$ python -c 'print "Hello world!"'
Hello world!

Ruby

使用方法は ruby 2.0.0 を参照してください．

実行方法

(例)
Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合

・スクリプトの内容 

$ cat hello.rb
#!/usr/bin/ruby
puts "Hello world!"

・スクリプトの実行 

$ chmod 755 hello.rb
$ ./hello.rb
Hello world!

(例)
インタラクティブに実行する場合 

$ irb
irb(main):001:0> puts "Hello world!"
Hello world!
=> nil

JDK

PATH設定

以下のコマンドを実行します． 

$ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_212
$ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

コンパイル方法

以下のコマンドを実行します． 

$ javac Javaプログラムファイル

実行方法

以下のコマンドを実行します． 

$ java クラス名

MATLAB

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ matlab

Google Chrome

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ google-chrome

Mozilla Firefox

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ firefox

dvipdfmx

変換方法

以下のコマンドを実行します． 

$ dvipdfmx DVIファイル

(例)
sample.dviをPDFファイルに変換する場合 

$ dvipdfmx sample.dvi

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

Evince

表示方法

以下のコマンドを実行します． 

$ evince PDFファイル

(例)
sample.pdfを表示する場合 

$ evince sample.pdf

PDFファイル(sample.pdf)が表示されます.

LibreOffice

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ soffice パラメータ

(例)
sample.docをPDF変換し、カレントディレクトリに出力する場合． 

$ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

ASCII Tex

変換方法

以下のコマンドを実行します． 

$ platex Texファイル

(例)
sample.texをDVIファイルに変換する場合

$ cat sample.tex
\documentclass{jarticle}
\begin{document}

これはサンプルです。

\end{document}
$ 
$ platex sample.tex

組版結果のファイル(sample.dvi)が生成されます.

gnuplot

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ gnuplot

tgif

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ tgif

inkscape

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ inkscape

dia

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ dia

Gimp

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ gimp

ImageMagick

コマンド
  • convert：画像のサイズ変更、フォーマット変更、画像の編集、色加工など
  • mogrityt：画像を一括で処理する
  • identifyt：画像ファイルの情報やサーバ情報を取得・表示する
  • montaget：画像を並べて結合する
  • compositet：画像を合成する
  • displayt：画像を表示する

(例)
JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合 

$ convert sample.jpg sample.png

(例)
複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合 

$ mogrify -format png *.jpg

Ghostscript

起動方法

以下のコマンドを実行します． 

$ gs

研究用アプリケーション

コンテナ上で以下の研究用アプリケーションを実行可能です．
研究用アプリケーションを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, ジョブの実行 を参照して下さい．以下に実行スクリプト例を示します.

ANSYS Multiphysics

シングルジョブ

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

source /etc/profile
module load ansys.multiphysics19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
ansys192 -b nolist -p AA_T_A -i vm1.dat -o vm1.out -j vm1

*vm1.datは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v192/ansys/data/verifにあります．

並列ジョブ

例：Shared Memory ANSYSを用いる場合 

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q wSrchq

source /etc/profile
module load ansys.multiphysics19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
ansys192 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4

例：Distributed ANSYSを用いる場合 

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=2:ppn=2
#PBS -q wSrchq

source /etc/profile
module load ansys.multiphysics19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
ansys192 -b nolist -p AA_T_A -i vm141.dat -o vm141.out -j vm141 -np 4 -dis

*vm141.datは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v192/ansys/data/verifにあります．

ANSYS CFX

シングルジョブ

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

source /etc/profile
module load ansys.cfx19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
cfx5solve -def StaticMixer.def

*StaticMixer.defは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v192/CFX/examplesにあります．

並列ジョブ

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q wSrchq

source /etc/profile
module load ansys.cfx19.r2

cd $PBS_O_WORKDIR
cfx5solve -def StaticMixer.def -part 4 -start-method 'Intel MPI Local Parallel'

*StaticMixer.defは/common/ansys19.r2/ansys_inc/v192/CFX/examplesにあります．

ANSYS HFSS

ANSYS HFSS利用マニュアルを参照して下さい.

ABAQUS

シングルジョブ

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

source /etc/profile
module load abaqus-V6R2019x

cd $PBS_O_WORKDIR
abaqus

インタラクティブモードでAbaqus CAE(X Window)を利用

$ qsub -IX -q wSrchq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ module load abaqus-V6R2019x
$ abaqus cae

COMSOL Multiphysics

qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します. 

$ qsub -IX -q wSrchq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ module load comsol54
$ comsol

Gaussian

サンプル入力ファイル(methane.com) 

%NoSave
%Mem=512MB
%NProcShared=4
%chk=methane.chk
#MP2/6-31G opt

methane

0  1
 C                 -0.01350511    0.30137653    0.27071342
 H                  0.34314932   -0.70743347    0.27071342
 H                  0.34316773    0.80577472    1.14436492
 H                  0.34316773    0.80577472   -0.60293809
 H                 -1.08350511    0.30138971    0.27071342

シングルジョブ

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q wSrchq

source /etc/profile
module load gaussian16-A.03

cd $PBS_O_WORKDIR
g16 methane.com

並列ジョブ

### sample
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4,mem=3gb,pvmem=3gb
#PBS -q wSrchq

source /etc/profile
module load gaussian16-A.03

cd $PBS_O_WORKDIR
g16 methane.com

Patran

起動方法

qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します. 

$ qsub -IX -q wSrchq -l select=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=prg-env:latest -- bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ module load patran-2019
$ patran

Material Studio

並列ジョブ(CASTEP)

#PBS -q wLrchq
#PBS -l select=1:ncpus=14
#PBS -l walltime=3:00:00
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.03

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh .

./RunCASTEP.sh -np 14 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/CASTEP.tarを展開してください．

並列ジョブ(DMol3)

#PBS -q wLrchq
#PBS -l select=1:ncpus=14
#PBS -l walltime=3:00:00
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.03

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh .

./RunDMol3.sh -np 14 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/DMol3.tarを展開してください．

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