1と107のリビジョン間の差分 (その間の編集: 106回)

アプリケーションの実行

アプリケーションの実行
1. 窓口サーバ用アプリケーション
2. 研究用アプリケーション

窓口サーバ用アプリケーション

窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．

Emacs

起動方法

$ emacs

(例)
ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合

$ emacs sample.txt

Perl

使用方法は perl 5.32.0 を参照してください．

実行方法

(例)
Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合

・スクリプトの内容

 #!/usr/bin/perl
 print "Hello world!\n";

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.pl
$ ./hello.pl
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合

$ perl -e 'print "Hello world!\n";'
Hello world!

Python

使用方法は python 3.12 を参照してください．

実行方法

(例)
Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合

・スクリプトの内容

 #!/usr/bin/python
 print "Hello world!"

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.py
$ ./hello.py
Hello world!

(例)
コマンドラインから直接実行する場合

$ python -c 'print "Hello world!"'
Hello world!

Ruby

使用方法は ruby 3.0 を参照してください．

実行方法

(例)
Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合

・スクリプトの内容

 #!/usr/bin/ruby
 puts "Hello world!"

・スクリプトの実行

$ chmod 755 hello.rb
$ ./hello.rb
Hello world!

(例)
インタラクティブに実行する場合

$ irb
irb(main):001:0> puts "Hello world!"
Hello world!
=> nil

JDK

PATH設定

$ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_212
$ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

コンパイル方法

$ javac Javaプログラムファイル

実行方法

$ java クラス名

MATLAB

起動方法

窓口サーバ(ydevxx)上で実行できます．

ローカルPC$ ssh -X ydev.edu.tut.ac.jp -l アカウント
アカウント@ydevxx$ module load matlab-R2024b
アカウント@ydevxx$ matlab

Google Chrome

起動方法

$ google-chrome

Mozilla Firefox

起動方法

$ firefox

dvipdfmx

変換方法

$ dvipdfmx DVIファイル

(例)
sample.dviをPDFファイルに変換する場合

$ dvipdfmx sample.dvi

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

Evince

表示方法

$ evince PDFファイル

(例)
sample.pdfを表示する場合

$ evince sample.pdf

PDFファイル(sample.pdf)が表示されます.

LibreOffice

起動方法

$ soffice パラメータ

(例)
sample.docをPDF変換し，カレントディレクトリに出力する場合．

$ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc

PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

ASCII Tex

変換方法

$ platex Texファイル

(例)
sample.texをDVIファイルに変換する場合

$ cat sample.tex
\documentclass{jarticle}
\begin{document}

これはサンプルです．

\end{document}
$
$ platex sample.tex

組版結果のファイル(sample.dvi)が生成されます.

gnuplot

起動方法

$ gnuplot

tgif

起動方法

$ tgif

inkscape

起動方法

$ inkscape

dia

起動方法

$ dia

Gimp

起動方法

$ gimp

ImageMagick

コマンド

convert：画像のサイズ変更，フォーマット変更，画像の編集，色加工など
mogrityt：画像を一括で処理する
identifyt：画像ファイルの情報やサーバ情報を取得・表示する
montaget：画像を並べて結合する
compositet：画像を合成する
displayt：画像を表示する

(例)
JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合

$ convert sample.jpg sample.png

(例)
複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合

$ mogrify -format png *.jpg

Ghostscript

起動方法

$ gs

研究用アプリケーション

バッチジョブやインタラクティブジョブにより計算サーバにインストールされた研究用アプリケーションを実行可能です．バッチジョブを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, ジョブの実行を参照して下さい．

ANSYS HFSS ※2024年4月以降は保守契約を行っておりません

qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.

$ qsub -IX -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash

(ここからインタラクティブジョブの中)
$ . /etc/profile
$ module load ansys.hfss2024
$ ansysedt

ABAQUS

バッチジョブの実行スクリプト例

 #!/bin/bash
 #PBS -q Eduq
 #PBS -l select=1:ncpus=1:mem=16g  
 
 . /etc/profile
 module load abaqus-2025
 
 cd $PBS_O_WORKDIR
 abaqus

インタラクティブジョブでAbaqus CAE(X Window)を利用する場合

qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.

$ qsub -IX -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash

(ここからインタラクティブジョブの中)
$ . /etc/profile
$ module load abaqus-2025
$ abaqus cae

COMSOL Multiphysics

qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.

$ qsub -IX -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=16g -v SINGULARYTY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ . /etc/profile
$ module load comsol63
$ comsol -3drend sw

Gaussian

サンプル入力ファイル(methane.com)

%nprocshared=4
%mem=8000MB
%chk=methane.chk
#p B3LYP/6-31G** opt freq

methane

0 1
 C                 -0.01350511    0.30137653    0.27071342
 H                  0.34314932   -0.70743347    0.27071342
 H                  0.34316773    0.80577472    1.14436492
 H                  0.34316773    0.80577472   -0.60293809
 H                 -1.08350511    0.30138971    0.27071342

バッチジョブの実行スクリプト例

 #!/bin/bash
 #PBS -q Eduq
 #PBS -l select=1:ncpus=4:mem=10gb
 
 . /etc/profile
 
 cd $PBS_O_WORKDIR
 g16 methane

Materials Studio ※2025年4月以降は保守契約を行っておりません

バッチジョブの実行スクリプト例(CASTEP)

#PBS -q Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=4:mem=10gb
#PBS -l walltime=3:00:00 
#PBS -v SINGULARITY_IMAGE=/common/prg_env_amd_2025.01.sif

export LM_LICENSEFILE=license2.imc.tut.ac.jp
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` 
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID 
mkdir -p $WORKDIR 
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR 
cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/MaterialsStudio25/MaterialsStudio25.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh .

./RunCASTEP.sh -np 4 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/CASTEP.tarを展開してください．

バッチジョブの実行スクリプト例(DMol3)

 #!/bin/bash
 #PBS -q Eduq
 #PBS -l select=1:ncpus=4 
 #PBS -l walltime=3:00:00 
 
 export LM_LICENSEFILE=license2.imc.tut.ac.jp
 DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` 
 WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID 
 mkdir -p $WORKDIR 
 cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR 
 cd $WORKDIR/$DIRNAME
 
 cp /common/MaterialsStudio25.1/etc/DMo13/bin/RunDMol3.sh .
 
 ./RunDMol3.sh -np 4 Al
 
 cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/DMol3.tarを展開してください．

アプリケーションから窓口サーバへジョブ投入

Materials Studioのアプリケーションから窓口サーバへジョブ実行が出来ます．利用したい場合は，Material Studio利用者グループ（ materials-studio-users@lists.imc.tut.ac.jp )へ所属（研究室）＋氏名＋大学アカウント名（学生：英字1文字数時6桁，教職員：英字2桁数字3桁）をご連絡下さい．手順８の認証は専用のパスワードになり，これを発行するのに必要となります．

・Materials Studio2020 ジョブスタート方法

-  ⇤ ← 2019-08-03 06:32:46時点のリビジョン1 → 
  サイズ: 39
  編集者: jn002
  コメント:
+   ← 2025-06-16 10:10:41時点のリビジョン107 → ⇥
  サイズ: 9895
  編集者: yi041
  コメント:
-削除された箇所はこのように表示されます。
+追加された箇所はこのように表示されます。
 行 2:
+<<TableOfContents(3)>>

== 窓口サーバ用アプリケーション ==
窓口サーバで以下のアプリケーションを利用可能です．<<BR>> 

=== Emacs ===
===== 起動方法 =====
{{{
$ emacs
}}}

(例)<<BR>> ファイル(sample.txt)を指定して起動する場合
{{{
$ emacs sample.txt
}}}

=== Perl ===
使用方法は [[https://perldoc.perl.org/5.32.0/|perl 5.32.0]] を参照してください．

===== 実行方法 =====
(例)<<BR>> Perlスクリプト(hello.pl)を実行する場合<<BR>>

・スクリプトの内容
{{{
 #!/usr/bin/perl
 print "Hello world!\n"; 
}}}

・スクリプトの実行
{{{
$ chmod 755 hello.pl
$ ./hello.pl
Hello world!
}}}

(例)<<BR>> コマンドラインから直接実行する場合
{{{
$ perl -e 'print "Hello world!\n";'
Hello world!
}}}

=== Python ===
使用方法は [[https://docs.python.org/3.12/|python 3.12]] を参照してください．

===== 実行方法 =====
(例)<<BR>> Pythonスクリプト(hello.py)を実行する場合<<BR>>

・スクリプトの内容
{{{
 #!/usr/bin/python
 print "Hello world!" 
}}} 

・スクリプトの実行
{{{
$ chmod 755 hello.py
$ ./hello.py
Hello world!
}}}

(例)<<BR>> コマンドラインから直接実行する場合
{{{
$ python -c 'print "Hello world!"'
Hello world!
}}}

=== Ruby ===
使用方法は [[https://docs.ruby-lang.org/ja/3.0/doc/index.html|ruby 3.0]] を参照してください．

===== 実行方法 =====
(例)<<BR>> Rubyスクリプト(hello.rb)を実行する場合<<BR>>

・スクリプトの内容
{{{
 #!/usr/bin/ruby
 puts "Hello world!" 
}}} 

・スクリプトの実行
{{{
$ chmod 755 hello.rb
$ ./hello.rb
Hello world!
}}}

(例)<<BR>> インタラクティブに実行する場合
{{{
$ irb
irb(main):001:0> puts "Hello world!"
Hello world!
=> nil
}}}

=== JDK ===
===== PATH設定 =====
{{{
$ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_212
$ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
}}}

===== コンパイル方法 =====
{{{
$ javac Javaプログラムファイル
}}}

===== 実行方法 =====
{{{
$ java クラス名
}}}

=== MATLAB ===
===== 起動方法 =====
窓口サーバ(ydevxx)上で実行できます．
{{{
ローカルPC$ ssh -X ydev.edu.tut.ac.jp -l アカウント
アカウント@ydevxx$ module load matlab-R2024b
アカウント@ydevxx$ matlab
}}}

=== Google Chrome ===
===== 起動方法 =====
{{{
$ google-chrome
}}}

=== Mozilla Firefox ===
===== 起動方法 =====
{{{
$ firefox
}}}

=== dvipdfmx ===
===== 変換方法 =====
{{{
$ dvipdfmx DVIファイル
}}}

(例)<<BR>> sample.dviをPDFファイルに変換する場合
{{{
$ dvipdfmx sample.dvi
}}}
PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

=== Evince ===
===== 表示方法 =====
{{{
$ evince PDFファイル
}}}

(例)<<BR>> sample.pdfを表示する場合
{{{
$ evince sample.pdf
}}}
PDFファイル(sample.pdf)が表示されます.

=== LibreOffice ===
===== 起動方法 =====
{{{
$ soffice パラメータ
}}}

(例)<<BR>> sample.docをPDF変換し，カレントディレクトリに出力する場合．
{{{
$ soffice --headless --convert-to pdf sample.doc
}}}
PDFファイル(sample.pdf)が生成されます.

=== ASCII Tex ===
===== 変換方法 =====
{{{
$ platex Texファイル
}}}

(例)<<BR>> sample.texをDVIファイルに変換する場合<<BR>>
{{{
$ cat sample.tex
\documentclass{jarticle}
\begin{document}

これはサンプルです．

\end{document}
$
$ platex sample.tex
}}}
組版結果のファイル(sample.dvi)が生成されます.

=== gnuplot ===
===== 起動方法 =====
{{{
$ gnuplot
}}}

=== tgif ===
===== 起動方法 =====
{{{
$ tgif
}}}

=== inkscape ===
===== 起動方法 =====
{{{
$ inkscape
}}}

=== dia ===
===== 起動方法 =====
{{{
$ dia
}}}

=== Gimp ===
===== 起動方法 =====
{{{
$ gimp
}}}

=== ImageMagick ===
===== コマンド =====
 * convert：画像のサイズ変更，フォーマット変更，画像の編集，色加工など
 * mogrityt：画像を一括で処理する
 * identifyt：画像ファイルの情報やサーバ情報を取得・表示する
 * montaget：画像を並べて結合する
 * compositet：画像を合成する
 * displayt：画像を表示する

(例)<<BR>> JPGの画像(sample.jpg)をPNG画像(sample.png)へ変換する場合
{{{
$ convert sample.jpg sample.png
}}}

(例)<<BR>> 複数のJPG画(*.jpg)をPNG画像へ変換する場合
{{{
$ mogrify -format png *.jpg
}}}

=== Ghostscript ===
===== 起動方法 =====
{{{
$ gs
}}}

== 研究用アプリケーション ==
バッチジョブやインタラクティブジョブにより計算サーバにインストールされた研究用アプリケーションを実行可能です．バッチジョブを実行する場合, PBS Professional用の実行スクリプトを作成し, qsubコマンドでジョブを投入します．ジョブの投入方法は, [[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob|ジョブの実行]] を参照して下さい．

##DISPLAY関連のエラーが出た場合は ydev.edu.tut.ac.jp環境下で"printenv |grep DISPLAY"で表示された値をコンテナ環境下で"export DIPSLAY=xxx.xxx.xxx.xxx:xx.x"と実施し，xeyesコマンドで目が表示されるかを事前に確認してください．

=== ANSYS HFSS ※2024年4月以降は保守契約を行っておりません ===
qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.
{{{
$ qsub -IX -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash

(ここからインタラクティブジョブの中)
$ . /etc/profile
$ module load ansys.hfss2024
$ ansysedt
}}}

=== ABAQUS ===
===== バッチジョブの実行スクリプト例 =====
{{{
 #!/bin/bash
 #PBS -q Eduq
 #PBS -l select=1:ncpus=1:mem=16g  
 
 . /etc/profile
 module load abaqus-2025
 
 cd $PBS_O_WORKDIR
 abaqus 
}}}

===== インタラクティブジョブでAbaqus CAE(X Window)を利用する場合 =====
qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.
{{{
$ qsub -IX -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=16g -v SINGULARITY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash

(ここからインタラクティブジョブの中)
$ . /etc/profile
$ module load abaqus-2025
$ abaqus cae
}}}

=== COMSOL Multiphysics ===
qsubコマンドの-IXオプションを使用し，インタラクティブジョブを投入し，その中で実行します.
{{{
$ qsub -IX -q Eduq -l select=1:ncpus=1:mem=16g -v SINGULARYTY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif /bin/bash
(ここからインタラクティブジョブの中)
$ . /etc/profile
$ module load comsol63
$ comsol -3drend sw
}}}

=== Gaussian ===
サンプル入力ファイル(methane.com)

{{{
%nprocshared=4
%mem=8000MB
%chk=methane.chk
#p B3LYP/6-31G** opt freq

methane

0 1
 C                 -0.01350511    0.30137653    0.27071342
 H                  0.34314932   -0.70743347    0.27071342
 H                  0.34316773    0.80577472    1.14436492
 H                  0.34316773    0.80577472   -0.60293809
 H                 -1.08350511    0.30138971    0.27071342
}}}

===== バッチジョブの実行スクリプト例 =====
{{{
 #!/bin/bash
 #PBS -q Eduq
 #PBS -l select=1:ncpus=4:mem=10gb
 
 . /etc/profile
 
 cd $PBS_O_WORKDIR
 g16 methane
}}}

=== Materials Studio ※2025年4月以降は保守契約を行っておりません ===
===== バッチジョブの実行スクリプト例(CASTEP) =====
{{{
#!/bin/bash
#PBS -q Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=4:mem=10gb
#PBS -l walltime=3:00:00 
#PBS -v SINGULARITY_IMAGE=/common/prg_env_amd_2025.01.sif

export LM_LICENSEFILE=license2.imc.tut.ac.jp
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` 
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID 
mkdir -p $WORKDIR 
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR 
cd $WORKDIR/$DIRNAME

cp /common/MaterialsStudio25/MaterialsStudio25.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh .

./RunCASTEP.sh -np 4 Al

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi 
}}} 
*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/CASTEP.tarを展開してください．

===== バッチジョブの実行スクリプト例(DMol3) =====
{{{
 #!/bin/bash
 #PBS -q Eduq
 #PBS -l select=1:ncpus=4 
 #PBS -l walltime=3:00:00 
 
 export LM_LICENSEFILE=license2.imc.tut.ac.jp
 DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` 
 WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID 
 mkdir -p $WORKDIR 
 cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR 
 cd $WORKDIR/$DIRNAME
 
 cp /common/MaterialsStudio25.1/etc/DMo13/bin/RunDMol3.sh .
 
 ./RunDMol3.sh -np 4 Al
 
 cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi 
}}} 
*Alパラメータセットは/common/biovia/ESD/DMol3.tarを展開してください．

===== アプリケーションから窓口サーバへジョブ投入 =====
Materials Studioのアプリケーションから窓口サーバへジョブ実行が出来ます．利用したい場合は，Material Studio利用者グループ（ materials-studio-users@lists.imc.tut.ac.jp )へ所属（研究室）＋氏名＋大学アカウント名（学生：英字1文字数時6桁，教職員：英字2桁数字3桁）をご連絡下さい．手順８の認証は専用のパスワードになり，これを発行するのに必要となります．

・[[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/manuals/materialsstudio/MaterialStudio2020_jobstart.docx|Materials Studio2020 ジョブスタート方法]]