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| == PGI コンパイラ（準備中） == C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい． {{{ $ pgcc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名 }}} Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい． {{{ $ pgf90 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名 }}} {{{ $ pgf77 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名 }}} |
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| == Fortran コンパイラ == | |
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| 行 52: | 行 37: |
### sample #!/bin/sh |
#!/bin/bash |
| 行 56: | 行 39: |
| #PBS -l select=1:ncpus=4:host=xsnd01 #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.08 |
#PBS -o out.intelmpi #PBS -j oe #PBS -l select=2:ncpus=2 #PBS -l walltime=1:00:00 #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.02,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw" #PBS -N impitest |
| 行 60: | 行 47: |
| module load intel module load intelmpi.intel |
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| 行 61: | 行 50: |
| module load intel/19.0.4.243 module load intelmpi.intel-4.0.1 |
cd ${PBS_O_WORKDIR} |
| 行 64: | 行 52: |
| cd $PBS_O_WORKDIR mpiifort sample.f -o sample.out |
prog=mpi-ping-intelmpi.x mpiicc mpi-ping.c -o $prog mpirun -np 2 -ppn 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} hostname mpirun -np 2 -ppn 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} ./$prog -B -r 1 1m |
| 行 86: | 行 74: |
| 行 89: | 行 78: |
| ### sample #!/bin/sh |
#!/bin/bash |
| 行 92: | 行 80: |
| #PBS -l select=1:ncpus=4:host=xsnd01 #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.08 |
#PBS -o out.openmpi #PBS -j oe #PBS -l select=2:ncpus=2 #PBS -l walltime=1:00:00 #PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.02,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw" #PBS -N impitest |
| 行 96: | 行 88: |
module load intel/19.0.4.243 |
module load intel |
| 行 100: | 行 91: |
| cd $PBS_O_WORKDIR | cd ${PBS_O_WORKDIR} |
| 行 102: | 行 93: |
| mpif90 sample.f -o sample.out | prog=mpi-ping-openmpi.x mpicc mpi-ping.c -o $prog mpirun -np 2 -N 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} hostname mpirun -np 2 -N 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} ./$prog -B -r 1 1m |
プログラムのコンパイル
Intel コンパイラ
C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ icc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ ifort ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
GNU コンパイラ
C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ gcc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ gfortran ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
Intel MPI
C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ mpiicc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ mpiifort ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
(例)
Fortran で記述された計算プログラムをバッチジョブとしてコンパイルする場合の実行スクリプト
#PBS -q gSrchq
#PBS -o out.intelmpi
#PBS -j oe
#PBS -l select=2:ncpus=2
#PBS -l walltime=1:00:00
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.02,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw"
#PBS -N impitest
source /etc/profile
module load intel
module load intelmpi.intel
cd ${PBS_O_WORKDIR}
prog=mpi-ping-intelmpi.x
mpiicc mpi-ping.c -o $prog
mpirun -np 2 -ppn 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} hostname
mpirun -np 2 -ppn 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} ./$prog -B -r 1 1m* ジョブの投入方法は，ジョブの実行 を参照して下さい．
Open MPI
C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ mpicc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ mpif90 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
$ mpif77 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
(例)
Fortran で記述された計算プログラムをバッチジョブとしてコンパイルする場合の実行スクリプト
#PBS -q gSrchq
#PBS -o out.openmpi
#PBS -j oe
#PBS -l select=2:ncpus=2
#PBS -l walltime=1:00:00
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.02,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw"
#PBS -N impitest
source /etc/profile
module load intel
module load openmpi.intel-4.0.1
cd ${PBS_O_WORKDIR}
prog=mpi-ping-openmpi.x
mpicc mpi-ping.c -o $prog
mpirun -np 2 -N 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} hostname
mpirun -np 2 -N 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} ./$prog -B -r 1 1m* ジョブの投入方法は，ジョブの実行 を参照して下さい．