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2019-09-19 04:08:27時点のリビジョン8
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編集者: hitachi28
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編集者: yi041
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行 3: 行 3:
C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい. 窓口サーバで利用できます.コンパイルを行う前に,moduleコマンドを実行してください.
行 5: 行 5:
$ icc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名 $ icx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
行 8: 行 8:
Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してさい. C言語で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 10: 行 10:
$ ifort ソースファイル名 -o 出力するプログラム名 $ icx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
行 13: 行 13:
== PGI コンパイラ(準備中) ==
C/
C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してさい.
C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 16: 行 15:
$ pgcc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名 $ icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
行 19: 行 18:
Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してさい. Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 21: 行 20:
$ pgf90 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

{{{
$ pgf77 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
$ ifx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
行 29: 行 24:
C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してさい. C言語で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 34: 行 29:
== Fortran コンパイラ ==
Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ g++ ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 40: 行 39:
== Intel MPI ==
C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してさい.
== AMD コンパイラ (AOCC) ==
C言語で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 43: 行 42:
$ mpiicc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名 $ clang ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
行 46: 行 45:
Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してさい. C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 48: 行 47:
$ mpiifort ソースファイル名 -o 出力するプログラム名 $ clang++ ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
行 50: 行 49:
(例)<<BR>>Fortran で記述された計算プログラムをバッチジョブとしてコンパイルする場合の実行スクリプト
Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 52: 行 52:
$ flang ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
行 53: 行 55:
### sample
#!/bin/sh
#PBS -q gSrchq
#PBS -l select=1:ncpus=4:host=xsnd01
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.08
== Intel MPI (Intel コンパイラとの組み合わせ) ==
C言語で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ mpiicc -cc=icx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
行 59: 行 61:
source /etc/profile C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ mpiicpc -cxx=icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 61: 行 67:
module load intel
module load intelmpi.intel-4.0.1

cd $PBS_O_WORKDIR

mpiifort sample.f -o sample.out
{{{
$ mpiifort -fc=ifx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
行 69: 行 70:
* ジョブの投入方法は,[[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob |ジョブの実行]] を参照して下さい.
行 72: 行 72:
C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してさい. Open MPIを使用する場合は,コンパイラのコマンドを環境変数で指定します.ここではGNUコンパイラの場合を示します.
C言語で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 74: 行 75:
$ export OMPI_CC=gcc
行 77: 行 79:
Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してさい. C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 79: 行 81:
$ export OMPI_CXX=g++
$ mpicxx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

Fortran で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ export OMPI_FC=gfortran
行 81: 行 90:
行 83: 行 91:
$ export OMPI_F77=gfortran
行 86: 行 95:
(例)<<BR>>Fortran で記述された計算プログラムをバッチジョブとしてコンパイルする場合の実行スクリプト
== ROCm環境のコンパイル ==
計算サーバのAMD GPUを利用するためのコンパイルコマンドです.
事前にインタラクティブジョブにより計算サーバに移動してください.
行 89: 行 99:
### sample
#!/bin/sh
#PBS -q gSrchq
#PBS -l select=1:ncpus=4:host=xsnd01
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.08

source /etc/profile

module load intel
module load openmpi.intel-4.0.1

cd $PBS_O_WORKDIR

mpif90 sample.f -o sample.out
$ qsub -I -q Eduq -l select=1:ncpus=1:ngpus=1 -v SINGULARITY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_amd_2025.01.sif
行 105: 行 102:
* ジョブの投入方法は,[[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob |ジョブの実行]] を参照して下さい. C言語もしくはC++で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ hipcc -I/opt/rocm/include -D__HIP_PLATFORM_AMD__ ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

== CUDAを利用する場合のコンパイル ==
CUDAによりIoT・AI基盤システムのNVIDIA GPUを利用するためのコンパイルコマンドです.
事前にインタラクティブジョブによりIoT・AI基盤システムの計算サーバに移動してください.
{{{
$ qsub -I -q iEduq -l select=1:ncpus=1:ngpus=1 -v SINGULARITY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif
}}}

C言語で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ nvcc -ccbin gcc -I/usr/include ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

C++で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ nvcc -ccbin g++ -I/usr/include ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

Fortranで記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ nvfortran -I/usr/include ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

* インタラクティブジョブの詳細については,[[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob|ジョブの実行]] を参照して下さい.

プログラムのコンパイル

Intel コンパイラ

窓口サーバで利用できます.コンパイルを行う前に,moduleコマンドを実行してください.

$ icx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C言語で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ icx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ ifx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

GNU コンパイラ

C言語で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ gcc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ g++ ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ gfortran ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

AMD コンパイラ (AOCC)

C言語で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ clang ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ clang++ ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ flang ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Intel MPI (Intel コンパイラとの組み合わせ)

C言語で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ mpiicc -cc=icx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ mpiicpc -cxx=icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ mpiifort -fc=ifx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Open MPI

Open MPIを使用する場合は,コンパイラのコマンドを環境変数で指定します.ここではGNUコンパイラの場合を示します. C言語で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ export OMPI_CC=gcc
$ mpicc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ export OMPI_CXX=g++
$ mpicxx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ export OMPI_FC=gfortran
$ mpif90 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

$ export OMPI_F77=gfortran
$ mpif77 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

ROCm環境のコンパイル

計算サーバのAMD GPUを利用するためのコンパイルコマンドです. 事前にインタラクティブジョブにより計算サーバに移動してください.

$ qsub -I -q Eduq -l select=1:ncpus=1:ngpus=1 -v SINGULARITY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_amd_2025.01.sif

C言語もしくはC++で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ hipcc -I/opt/rocm/include -D__HIP_PLATFORM_AMD__ ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

CUDAを利用する場合のコンパイル

CUDAによりIoT・AI基盤システムのNVIDIA GPUを利用するためのコンパイルコマンドです. 事前にインタラクティブジョブによりIoT・AI基盤システムの計算サーバに移動してください.

$ qsub -I -q iEduq -l select=1:ncpus=1:ngpus=1 -v SINGULARITY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif

C言語で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ nvcc -ccbin gcc -I/usr/include ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ nvcc -ccbin g++ -I/usr/include ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortranで記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ nvfortran -I/usr/include ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

* インタラクティブジョブの詳細については,ジョブの実行 を参照して下さい.