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2019-09-18 06:20:45時点のリビジョン7
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編集者: hitachi28
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編集者: yi041
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行 3: 行 3:
C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい. C で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

{{{
$ icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
行 7: 行 11:
C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 8: 行 13:
Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい. {{{
$ icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
{{{
$ icc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
Fortran で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

{{{
$ ifx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
行 12: 行 27:
== GNU コンパイラ ==
C で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
行 13: 行 30:
== PGI コンパイラ(準備中) ==
C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
{{{
$ pgcc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
{{{
$ pgf90 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

{{{
$ pgf77 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

== GNU コンパイラ ==
C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
行 33: 行 33:
C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
行 34: 行 35:
== Fortran コンパイ ==
Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
{{{
$
g++ ソースファイル名 -o 出力するプログム名
}}}

Fortran で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
行 39: 行 43:
== Intel MPI ==
C/C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
行 40: 行 46:
== Intel MPI ==
C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
行 43: 行 47:
$ mpiicc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名 $ mpiicc -cc=icx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
行 45: 行 49:
C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
行 46: 行 51:
Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
行 48: 行 52:
$ mpiifort ソースファイル名 -o 出力するプログラム名 $ mpiicpc -cxx=icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
Fortran で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

{{{
$ mpiifort -fc=ifx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
行 51: 行 60:
行 52: 行 62:
#!/bin/bash #PBS -q gSrchq
#PBS -o out.intelmpi
#PBS -j oe
#PBS -l select=2:ncpus=2
#PBS -l walltime=1:00:00
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.02,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw"
#PBS -N impitest
行 53: 行 70:
### sample
#!/bin/sh
#PBS -q gSrchq
#PBS -l select=1:ncpus=4:host=xsnd01
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.08
source /etc/profile
module load intel
module load intelmpi.intel
行 59: 行 74:
source /etc/profile cd ${PBS_O_WORKDIR}
行 61: 行 76:
module load intel
module load intelmpi.intel
prog=mpi-ping-intelmpi.x
mpiicc mpi-ping.c -o $prog
mpirun -np 2 -ppn 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} hostname
mpirun -np 2 -ppn 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} ./$prog -B -r 1 1m
}}}
行 64: 行 82:
cd $PBS_O_WORKDIR

mpiifort sample.f -o sample.out

}}}
* ジョブの投入方法は,[[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob |ジョブの実行]] を参照して下さい.
* ジョブの投入方法は,[[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob|ジョブの実行]] を参照して下さい.
行 72: 行 85:
C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい. C で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
行 76: 行 90:
C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
行 77: 行 92:
{{{
$ mpicpc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
行 78: 行 96:
行 81: 行 100:
行 85: 行 103:
行 89: 行 106:
### sample
#!/bin/sh
#PBS -q gSrchq
#PBS -l select=1:ncpus=4:host=xsnd01
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.08
#!/bin/bash
#PBS -q gSrchq
#PBS -o out.openmpi
#PBS -j oe
#PBS -l select=2:ncpus=2
#PBS -l walltime=1:00:00
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.02,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw"
#PBS -N impitest
行 95: 行 115:
source /etc/profile source /etc/profile
module load intel
module load openmpi.intel-4.0.1
行 97: 行 119:
module load intel
module load openmpi.intel
cd ${PBS_O_WORKDIR}
行 100: 行 121:
cd $PBS_O_WORKDIR prog=mpi-ping-openmpi.x
mpicc mpi-ping.c -o $prog
mpirun -np 2 -N 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} hostname
mpirun -np 2 -N 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} ./$prog -B -r 1 1m
}}}
行 102: 行 127:
mpif90 sample.f -o sample.out
}}}

* ジョブの投入方法は,[[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob |ジョブの実行]] を参照して下さい.
* ジョブの投入方法は,[[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob|ジョブの実行]] を参照して下さい.

プログラムのコンパイル

Intel コンパイラ

C で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

$ icc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

$ icc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ ifx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

$ ifort ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

GNU コンパイラ

C で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ gcc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ g++ ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ gfortran ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Intel MPI

C/C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ mpiicc -cc=icx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ mpiicpc -cxx=icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ mpiifort -fc=ifx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

(例)
Fortran で記述された計算プログラムをバッチジョブとしてコンパイルする場合の実行スクリプト

#PBS -o out.intelmpi 
#PBS -j oe 
#PBS -l select=2:ncpus=2 
#PBS -l walltime=1:00:00 
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.02,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw" 
#PBS -N impitest

source /etc/profile 
module load intel 
module load intelmpi.intel

cd ${PBS_O_WORKDIR}

prog=mpi-ping-intelmpi.x 
mpiicc mpi-ping.c -o $prog 
mpirun -np 2 -ppn 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} hostname 
mpirun -np 2 -ppn 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} ./$prog -B -r 1 1m 

* ジョブの投入方法は,ジョブの実行 を参照して下さい.

Open MPI

C で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ mpicc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ mpicpc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ mpif90 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

$ mpif77 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

(例)
Fortran で記述された計算プログラムをバッチジョブとしてコンパイルする場合の実行スクリプト

#PBS -q gSrchq 
#PBS -o out.openmpi 
#PBS -j oe 
#PBS -l select=2:ncpus=2 
#PBS -l walltime=1:00:00 
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.02,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw" 
#PBS -N impitest

source /etc/profile 
module load intel 
module load openmpi.intel-4.0.1

cd ${PBS_O_WORKDIR}

prog=mpi-ping-openmpi.x 
mpicc mpi-ping.c -o $prog 
mpirun -np 2 -N 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} hostname 
mpirun -np 2 -N 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} ./$prog -B -r 1 1m 

* ジョブの投入方法は,ジョブの実行 を参照して下さい.