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| #PBS -q wEduq #PBS -l select=1:ncpus=4:mpiprocs=4 #PBS -v DOCKER_IMAGE=mpi-env:latest,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw" |
#PBS -q Eduq #PBS -l select=1:ncpus=4:mpiprocs=4 |
| 行 67: | 行 66: |
| ulimit -c 0 # avoid generating core files source /etc/profile # enable mocule command . /common/intel-2022/compiler/latest/env/vars.sh # Intel compiler . /common/intel-2022/mpi/latest/env/vars.sh # Intel MPI . /common/intel-2022/mkl/latest/env/vars.sh # Intel MKL |
ulimit -c 0 # avoid generating core files . /etc/profile # enable module command module load intel/2025 module load intelmpi/2025 |
| 行 74: | 行 72: |
| 行 104: | 行 101: |
| #PBS -q wEduq | #PBS -q Eduq |
| 行 106: | 行 103: |
| #PBS -v DOCKER_IMAGE=mpi-env:latest,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw" | |
| 行 108: | 行 104: |
| source /etc/profile module load intel module load openmpi.intel-4.0.1 |
ulimit -c 0 # avoid generating core files . /etc/profile # enable module command module load intel/2025 module load openmpi5.04 |
| 行 114: | 行 111: |
| mpiif90 test.f90 -o test.x | mpiifort -fc=ifx test.f90 -o test.x |
プログラムのコンパイル
Intel コンパイラ
C で記述されたソースコードをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
$ icc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには，以下のコマンドを実行してください．
$ icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
$ icc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ ifx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
$ ifort ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
GNU コンパイラ
C で記述されたソースコードをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ gcc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ g++ ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ gfortran ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
Intel MPI
C で記述されたソースコードをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ mpiicc -cc=icx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ mpiicpc -cxx=icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ mpiifort -fc=ifx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
(例)
C で記述されたMPI並列計算プログラムをバッチジョブとしてコンパイルし，4プロセス並列で実行する場合のジョブスクリプト
#PBS -q Eduq #PBS -l select=1:ncpus=4:mpiprocs=4 ulimit -c 0 # avoid generating core files . /etc/profile # enable module command module load intel/2025 module load intelmpi/2025 cd $PBS_O_WORKDIR mpiicc -cc=icx test.c -o test.x mpirun -np 4 ./test.x
* ジョブの投入方法は，ジョブの実行 を参照して下さい．
Open MPI
C で記述されたプログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ mpicc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ mpicpc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
Fortran で記述されたプログラムをコンパイルするには，以下のコマンドを実行して下さい．
$ mpif90 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
$ mpif77 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
(例)
Fortran で記述されたMPI並列計算プログラムをバッチジョブとしてコンパイルし，4プロセス並列で実行する場合のジョブスクリプト
#PBS -q Eduq #PBS -l select=1:ncpus=4:mpiprocs=4 ulimit -c 0 # avoid generating core files . /etc/profile # enable module command module load intel/2025 module load openmpi5.04 cd $PBS_O_WORKDIR mpiifort -fc=ifx test.f90 -o test.x mpirun -np 4 ./test.x
* ジョブの投入方法は，ジョブの実行 を参照して下さい．