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編集者: yi041
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編集者: hitachi26
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行 2: 行 2:
== GNU コンパイラ ==
窓口サーバで利用できます.
C言語で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ gcc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ g++ ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ gfortran ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
行 3: 行 20:
C で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい. 窓口サーバで利用できます.コンパイルを行う前に,moduleコマンドを実行してください.
{{{
$ module load intel/2025
}}}
行 5: 行 25:
C言語で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ icx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 8: 行 34:
{{{
$ icc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 13: 行 35:
{{{
$ icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
{{{
$ icc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してさい.
Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 24: 行 39:

== AMD コンパイラ (AOCC) ==
窓口サーバで利用できます.コンパイルを行う前に,moduleコマンドを実行してください.
行 25: 行 43:
$ ifort ソースファイル名 -o 出力するプログラム名 $ module load aocc/5.0.0
行 27: 行 45:
== GNU コンパイラ ==
C で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
行 30: 行 46:
C言語で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 31: 行 48:
$ gcc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名 $ clang ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
行 33: 行 50:
C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
行 35: 行 51:
C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 36: 行 53:
$ g++ ソースファイル名 -o 出力するプログラム名 $ clang++ ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
行 38: 行 55:
Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
行 40: 行 56:
Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 41: 行 58:
$ gfortran ソースファイル名 -o 出力するプログラム名 $ flang ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
行 43: 行 60:
行 44: 行 62:
C で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい. 窓口サーバで利用できます.コンパイルを行う前に,moduleコマンドを実行してください.
{{{
$ module load intelmpi/2025
}}}
行 46: 行 67:
C言語で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 49: 行 71:
C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
行 51: 行 72:
C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 54: 行 76:
Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してさい. Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
行 59: 行 81:
(例)<<BR>>C で記述されたMPI並列計算プログラムをバッチジョブとしてコンパイルし,4プロセス並列で実行する場合のジョブスクリプト
(例)
C で記述されたMPI並列計算プログラムをバッチジョブとしてコンパイルし,4プロセス並列で実行する場合のジョブスクリプト
{{{
#!/bin/bash
#PBS -q Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=4:mpiprocs=4

ulimit -c 0 # avoid generating core files
. /etc/profile # enable module command
module load intel/2025
module load intelmpi/2025

cd $PBS_O_WORKDIR
mpiicc -cc=icx test.c -o test.x
mpirun -np 4 ./test.x

}}}
== Open MPI ==
窓口サーバで利用できます.コンパイルを行う前に,moduleコマンドを実行してください.
{{{
$ module load openmpi5.04
}}}

Open MPIを使用する場合は,コンパイラのコマンドを環境変数で指定します.ここではGNUコンパイラの場合を示します.
C言語で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ export OMPI_CC=gcc
$ mpicc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ export OMPI_CXX=g++
$ mpicxx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

Fortran で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ export OMPI_FC=gfortran
$ mpif90 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
{{{
$ export OMPI_F77=gfortran
$ mpif77 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

(例)
Fortran で記述されたMPI並列計算プログラムをバッチジョブとしてコンパイルし,4プロセス並列で実行する場合のジョブスクリプト
行 63: 行 133:
#PBS -q wEduq #PBS -q Eduq
行 65: 行 135:
#PBS -v DOCKER_IMAGE=mpi-env:latest,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw"
行 67: 行 136:
source /etc/profile
source /common/intel-2022/setvars.sh &> /dev/null
ulimit -c 0 # avoid generating core files
. /etc/profile # enable module command
module load intel/2025
module load openmpi5.04
行 72: 行 143:
mpiicc -cc=icx test.c -o test.x
mpirun -np 4 ./test.x
mpiifort -fc=ifx test.f90 -o test.x
行 76: 行 147:
* ジョブの投入方法は,[[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob|ジョブの実行]] を参照して下さい.
行 78: 行 148:
== Open MPI ==
C で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
== ROCm環境のコンパイル ==
計算サーバのAMD GPUを利用するためのコンパイルコマンドです.
事前にインタラクティブジョブにより計算サーバに移動してください.
行 82: 行 152:
$ mpicc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

{{{
$ mpicpc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
Fortran で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

{{{
$ mpif90 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
{{{
$ mpif77 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}
(例)<<BR>>Fortran で記述されたMPI並列計算プログラムをバッチジョブとしてコンパイルし,4プロセス並列で実行する場合のジョブスクリプト

{{{
#!/bin/bash
#PBS -q wEduq
#PBS -l select=1:ncpus=4:mpiprocs=4
#PBS -v DOCKER_IMAGE=mpi-env:latest,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw"

source /etc/profile
module load intel
module load openmpi.intel-4.0.1

cd $PBS_O_WORKDIR

mpiif90 test.f90 -o test.x
mpirun -np 4 ./test.x
$ qsub -I -q Eduq -l select=1:ncpus=1:ngpus=1 -v SINGULARITY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_amd_2025.01.sif
行 115: 行 155:
* ジョブの投入方法は,[[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob|ジョブの実行]] を参照して下さい. C言語もしくはC++で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ hipcc -I/opt/rocm/include -D__HIP_PLATFORM_AMD__ ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

* インタラクティブジョブの詳細については,[[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob|ジョブの実行]] を参照して下さい.

== CUDAを利用する場合のコンパイル ==
CUDAによりIoT・AI基盤システムのNVIDIA GPUを利用するためのコンパイルコマンドです.
事前にインタラクティブジョブによりIoT・AI基盤システムの計算サーバに移動してください.
{{{
$ qsub -I -q iEduq -l select=1:ncpus=1:ngpus=1 -v SINGULARITY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif
}}}

C言語で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ nvcc -ccbin gcc -I/usr/include ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

C++で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ nvcc -ccbin g++ -I/usr/include ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

Fortranで記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.
{{{
$ nvfortran -I/usr/include ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
}}}

* インタラクティブジョブの詳細については,[[https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob|ジョブの実行]] を参照して下さい.

プログラムのコンパイル

GNU コンパイラ

窓口サーバで利用できます. C言語で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ gcc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ g++ ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ gfortran ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Intel コンパイラ

窓口サーバで利用できます.コンパイルを行う前に,moduleコマンドを実行してください.

$ module load intel/2025

C言語で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ icx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ ifx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

AMD コンパイラ (AOCC)

窓口サーバで利用できます.コンパイルを行う前に,moduleコマンドを実行してください.

$ module load aocc/5.0.0

C言語で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ clang ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ clang++ ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ flang ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Intel MPI

窓口サーバで利用できます.コンパイルを行う前に,moduleコマンドを実行してください.

$ module load intelmpi/2025

C言語で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ mpiicc -cc=icx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ mpiicpc -cxx=icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述されたソースコードをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ mpiifort -fc=ifx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

(例) C で記述されたMPI並列計算プログラムをバッチジョブとしてコンパイルし,4プロセス並列で実行する場合のジョブスクリプト

#PBS -q Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=4:mpiprocs=4 

ulimit -c 0             # avoid generating core files
. /etc/profile          # enable module command
module load intel/2025
module load intelmpi/2025

cd $PBS_O_WORKDIR
mpiicc -cc=icx test.c -o test.x
mpirun -np 4 ./test.x

Open MPI

窓口サーバで利用できます.コンパイルを行う前に,moduleコマンドを実行してください.

$ module load openmpi5.04

Open MPIを使用する場合は,コンパイラのコマンドを環境変数で指定します.ここではGNUコンパイラの場合を示します. C言語で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ export OMPI_CC=gcc
$ mpicc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ export OMPI_CXX=g++
$ mpicxx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ export OMPI_FC=gfortran
$ mpif90 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

$ export OMPI_F77=gfortran
$ mpif77 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

(例) Fortran で記述されたMPI並列計算プログラムをバッチジョブとしてコンパイルし,4プロセス並列で実行する場合のジョブスクリプト

#PBS -q Eduq
#PBS -l select=1:ncpus=4:mpiprocs=4

ulimit -c 0             # avoid generating core files
. /etc/profile          # enable module command
module load intel/2025
module load openmpi5.04

cd $PBS_O_WORKDIR

mpiifort -fc=ifx test.f90 -o test.x

ROCm環境のコンパイル

計算サーバのAMD GPUを利用するためのコンパイルコマンドです. 事前にインタラクティブジョブにより計算サーバに移動してください.

$ qsub -I -q Eduq -l select=1:ncpus=1:ngpus=1 -v SINGULARITY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_amd_2025.01.sif

C言語もしくはC++で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ hipcc -I/opt/rocm/include -D__HIP_PLATFORM_AMD__ ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

* インタラクティブジョブの詳細については,ジョブの実行 を参照して下さい.

CUDAを利用する場合のコンパイル

CUDAによりIoT・AI基盤システムのNVIDIA GPUを利用するためのコンパイルコマンドです. 事前にインタラクティブジョブによりIoT・AI基盤システムの計算サーバに移動してください.

$ qsub -I -q iEduq -l select=1:ncpus=1:ngpus=1 -v SINGULARITY_IMAGE=/common/Singularity_sif/prg_env_intel_2025.01.sif

C言語で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ nvcc -ccbin gcc -I/usr/include ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ nvcc -ccbin g++ -I/usr/include ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortranで記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ nvfortran -I/usr/include ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

* インタラクティブジョブの詳細については,ジョブの実行 を参照して下さい.