編集不可のページ History 添付ファイル

 

ページ名: "HowToCompile"の差分
14と15のリビジョン間の差分
2024-01-23 01:57:21時点のリビジョン14
サイズ: 4238
編集者: yi041
コメント:
2024-01-23 02:03:41時点のリビジョン15
サイズ: 4471
編集者: yi041
コメント:
削除された箇所はこのように表示されます。 追加された箇所はこのように表示されます。
行 37: 行 37:
行 54: 行 53:
行 63: 行 61:
{{{#!/bin/bash
#PBS -q gSrchq
#PBS -o out.intelmpi
#PBS -j oe
#PBS -l select=2:ncpus=2
#PBS -l walltime=1:00:00
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.02,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw"
{{{
#!/bin/bash #PBS -q gSrchq 
#PBS -o out.intelmpi 
#PBS -j oe 
#PBS -l select=2:ncpus=2 
#PBS -l walltime=1:00:00 
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.02,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw" 
行 72: 行 70:
source /etc/profile
module load intel
source /etc/profile 
module load intel 
行 78: 行 76:
prog=mpi-ping-intelmpi.x
mpiicc mpi-ping.c -o $prog
mpirun -np 2 -ppn 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} hostname
mpirun -np 2 -ppn 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} ./$prog -B -r 1 1m
}}}
prog=mpi-ping-intelmpi.x 
mpiicc mpi-ping.c -o $prog 
mpirun -np 2 -ppn 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} hostname 
mpirun -np 2 -ppn 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} ./$prog -B -r 1 1m 
}}}  
行 86: 行 85:
C/C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい. C で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.
行 90: 行 89:
}}}
C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

{{{
$ mpicpc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名
行 101: 行 105:
{{{#!/bin/bash
#PBS -q gSrchq
#PBS -o out.openmpi
#PBS -j oe
#PBS -l select=2:ncpus=2
#PBS -l walltime=1:00:00
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.02,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw"
{{{
#!/bin/bash 
#PBS -q gSrchq 
#PBS -o out.openmpi 
#PBS -j oe 
#PBS -l select=2:ncpus=2 
#PBS -l walltime=1:00:00 
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.02,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw" 
行 110: 行 115:
source /etc/profile
module load intel
source /etc/profile 
module load intel 
行 116: 行 121:
prog=mpi-ping-openmpi.x
mpicc mpi-ping.c -o $prog
mpirun -np 2 -N 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} hostname
mpirun -np 2 -N 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} ./$prog -B -r 1 1m
}}}
prog=mpi-ping-openmpi.x 
mpicc mpi-ping.c -o $prog 
mpirun -np 2 -N 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} hostname 
mpirun -np 2 -N 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} ./$prog -B -r 1 1m 
}}}  

プログラムのコンパイル

Intel コンパイラ

C で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

$ icc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行してください.

$ icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

$ icc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ ifx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

$ ifort ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

GNU コンパイラ

C で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ gcc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ g++ ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ gfortran ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Intel MPI

C/C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ mpiicc -cc=icx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ mpiicpc -cxx=icpx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述されたプログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ mpiifort -fc=ifx ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

(例)
Fortran で記述された計算プログラムをバッチジョブとしてコンパイルする場合の実行スクリプト

#PBS -o out.intelmpi 
#PBS -j oe 
#PBS -l select=2:ncpus=2 
#PBS -l walltime=1:00:00 
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.02,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw" 
#PBS -N impitest

source /etc/profile 
module load intel 
module load intelmpi.intel

cd ${PBS_O_WORKDIR}

prog=mpi-ping-intelmpi.x 
mpiicc mpi-ping.c -o $prog 
mpirun -np 2 -ppn 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} hostname 
mpirun -np 2 -ppn 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} ./$prog -B -r 1 1m 

* ジョブの投入方法は,ジョブの実行 を参照して下さい.

Open MPI

C で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ mpicc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

C++ で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ mpicpc ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

Fortran で記述された計算プログラムをコンパイルするには,以下のコマンドを実行して下さい.

$ mpif90 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

$ mpif77 ソースファイル名 -o 出力するプログラム名

(例)
Fortran で記述された計算プログラムをバッチジョブとしてコンパイルする場合の実行スクリプト

#PBS -q gSrchq 
#PBS -o out.openmpi 
#PBS -j oe 
#PBS -l select=2:ncpus=2 
#PBS -l walltime=1:00:00 
#PBS -v DOCKER_IMAGE=prg-env:2019.10.02,DOCKER_OPTIONS="--network=overlaynw" 
#PBS -N impitest

source /etc/profile 
module load intel 
module load openmpi.intel-4.0.1

cd ${PBS_O_WORKDIR}

prog=mpi-ping-openmpi.x 
mpicc mpi-ping.c -o $prog 
mpirun -np 2 -N 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} hostname 
mpirun -np 2 -N 1 -hostfile ${PBS_NODEFILE} ./$prog -B -r 1 1m 

* ジョブの投入方法は,ジョブの実行 を参照して下さい.