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| * [[ClusterSystem|次世代シミュレーション技術教育計算機システム]] | /* * [[ClusterSystem|次世代シミュレーション技術教育計算機システム]]*/ |
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| * [[ClusterSystem|次世代シミュレーション技術教育計算機システム]] | |
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| {{{#!/bin ### sample |
{{{ ### sample #!/bin/sh |
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| {{{#!/bin/sh ### sample |
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| {{{#!/bin/sh ### sample |
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| {{{#!/bin/sh ### sample |
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| }}} | }}} |
| 行 903: | 行 1003: |
| {{{#!/bin/bash ### sample |
{{{ ### sample #!/bin/bash |
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| }}} | }}} |
| 行 918: | 行 1021: |
| {{{#!/bin/bash ### sample |
{{{ ### sample #!/bin/bash |
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| }}} | }}} === CASTEP/DMol3ジョブ === 本学スパコンを利用してMaterials Studio CASTEP/DMol3を実行する場合， ① Materials Studio Visualiserからスパコンに対しジョブを投入する(Materials Studio2016のみ対応) ② 入力ファイルをWinscp等でスパコンに転送し「qsub」コマンドによりジョブを投入する の二通りがあります．ここでは②について説明します．②で実行する場合，ジョブスケジューラに与えるパラメータを変更することができます．以下では，CASTEPを例に説明します． '''1. Materials Studio Visualizerで入力ファイルを作成します．''' 「CASTEP Calculation」ウィンドウの「Files...」をクリックします． {{attachment:castep_calculation.jpg}} 次に，「CASTEP Job Files」ウィンドウの「Save Files」をクリックします． {{attachment:castep_job.jpg}} 入力ファイルは (任意のパス)\(プロジェクト名)_Files\Documents\（上記操作において作成されたフォルダ）\ に保存されます．例えば，acetanilide.xsdに対してCASTEPによりエネルギー計算を行う場合、「（上記操作において作成されたフォルダ）」は「acetanilide CASTEP Energy」となります． また，「(任意のパス)」は，通常，「C:\Users\(アカウント名)\Documents\Materials Studio Projects」です． 作成されるフォルダの名前にはスペースが含まれます．スペースを削除するか，”_”などで置換してください．また，フォルダ名に日本語が含まれてはいけません． '''2. Winscp等のファイル転送ソフトを利用し,作成した入力ファイルをフォルダごと本学スパコンへ転送してください．''' '''3. 転送したフォルダ内に下記のような実行スクリプトを作成し，「qsub」コマンドによりジョブを投入してください．''' {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=24gb,pmem=3gb,vmem=24gb,pvmem=3gb #PBS -l walltime=24:00:00 #PBS -q rchq MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'` cd $PBS_O_WORKDIR cp /common/accelrys/cdev0/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh . perl -i -pe 's/\r//' * ./RunCASTEP.sh -np $MPI_PROCS acetanilide }}} * RunCASTEP.shの第3引数は，転送したフォルダ内のファイル名を指定してください．拡張子は必要ありません． * 「ppn=」は，8以下，の値を指定してください． * 経過時間制限値，メモリ利用容量制限値は必要に応じて変更できます． * 「CASTEP Calculation」ウィンドウの”Job Control”タブにおける「Gateway location」「Queue」「Run in parallel on」の設定はコマンドライン実行に対し意味を持ちません．qsubコマンド時に利用する実行スクリプト内の設定が用いられます． * 実行スクリプトは利用する計算機や計算モジュールにより異なります．下記の「実行スクリプト例」をご参照ください． '''4. ジョブ終了後、計算結果ファイルをクライアントPCに転送し，Materials studio Visualizerを利用して閲覧してください．''' '''共同利用に関する注意事項''' Materials Studioのライセンスは，CASTEP：8本，Dmol3：8本，を所有しています．1ライセンスで8並列以下のジョブを1つ実行することができます．本ライセンスは共用です．他のユーザーと競合しないように留意の上，ご利用をお願いします． '''実行スクリプト例''' 広域連携教育研究用クラスタシステムでMaterials Studio 8.0 CASTEPを実行する場合： {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=50000mb,pmem=6250mb,vmem=50000mb,pvmem=6250mb #PBS -l walltime=24:00:00 #PBS -q wLrchq MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'` cd $PBS_O_WORKDIR cp /common/accelrys/wdev0/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh . perl -i -pe 's/\r//' * ./RunCASTEP.sh -np $MPI_PROCS acetanilide }}} 広域連携教育研究用クラスタシステムでMaterials Studio 8.0 DMOL3を実行する場合： {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=50000mb,pmem=6250mb,vmem=50000mb,pvmem=6250mb #PBS -l walltime=24:00:00 #PBS -q wLrchq MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'` cd $PBS_O_WORKDIR cp /common/accelrys/wdev0/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh . perl -i -pe 's/\r//' * ./RunDMol3.sh -np $MPI_PROCS acetanilide }}} 広域連携教育研究用クラスタシステムでMaterials Studio 2016 CASTEPを実行する場合： {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=50000mb,pmem=6250mb,vmem=50000mb,pvmem=6250mb #PBS -l walltime=24:00:00 #PBS -q wLrchq MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'` cd $PBS_O_WORKDIR cp /common/accelrys/wdev0/MaterialsStudio2016/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh . perl -i -pe 's/\r//' * ./RunCASTEP.sh -np $MPI_PROCS acetanilide }}} 広域連携教育研究用クラスタシステムでMaterials Studio 2016 DMOL3を実行する場合： {{{ ### sample #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=50000mb,pmem=6250mb,vmem=50000mb,pvmem=6250mb #PBS -l walltime=24:00:00 #PBS -q wLrchq MPI_PROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'` cd $PBS_O_WORKDIR cp /common/accelrys/wdev0/MaterialsStudio2016/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh . perl -i -pe 's/\r//' * ./RunDMol3.sh -np $MPI_PROCS acetanilide }}} |
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クラスタシステムの利用方法
次世代シミュレーション技術教育計算機システムと広域連携教育研究用クラスタシステムに共通する利用方法について解説します． 各システムの個別情報については，それぞれのシステムのページを確認してください．
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