[Japanese|English]

クラスタシステム利用の Tips

クラスタシステム利用にあたって気づいた便利なノウハウなどの記入をお願いします．ログインすることで編集できるようになります．

クラスタシステム利用の Tips

研究ユーザ情報交換用メーリングリストの過去ログ

研究ユーザの情報交換用メーリングリストの過去ログは， http://lists.imc.tut.ac.jp/pipermail/research-users/ で見れます．

使用リソース（メモリ使用量など）の計測

プロセスが使用したリソース（メモリ使用量など）は GNU 版 time コマンド（/usr/bin/time）で計測できます．オプション -v を利用することで，以下のようにプロセスが使用したリソースの詳細が表示されます（Man page of TIME）．

$ /usr/bin/time --version
GNU time 1.7

$ /usr/bin/time -v perl -e '"x" x 400 x 1024 x 1024'
        Command being timed: "perl -e "x" x 400 x 1024 x 1024"
        User time (seconds): 0.08
        System time (seconds): 0.15
        Percent of CPU this job got: 98%
        Elapsed (wall clock) time (h:mm:ss or m:ss): 0:00.24
        Average shared text size (kbytes): 0
        Average unshared data size (kbytes): 0
        Average stack size (kbytes): 0
        Average total size (kbytes): 0
        Maximum resident set size (kbytes): 411772
        Average resident set size (kbytes): 0
        Major (requiring I/O) page faults: 0
        Minor (reclaiming a frame) page faults: 47885
        Voluntary context switches: 15
        Involuntary context switches: 1
        Swaps: 0
        File system inputs: 0
        File system outputs: 0
        Socket messages sent: 0
        Socket messages received: 0
        Signals delivered: 0
        Page size (bytes): 4096
        Exit status: 0

$ /usr/bin/time -f %M perl -e '"x" x 400 x 1024 x 1024'
411900

メモリの使用量は Maximum resident set size で知ることができます．また， -f %M を指定することでメモリの使用量のみを出力することもできます．

GNU 版 time コマンドはクラスタの演算ノードでも利用できますが，結果が標準エラー出力であることに留意する必要があります．

ジョブの実行状態を繰り返し表示

投入したジョブがどのような状況かを表示する場合には， watch コマンドを併用すると便利です．以下のように実行すると，5秒間隔で繰り返し実行され，常に最新の状態を把握することができます．また，オプション -d を指定すると，前回との差分がハイライトされます．なお，繰り返し実行するコマンドにエイリアスは指定できません．

-bash-4.1$ watch -n 5 qstat -a

-bash-4.1$ watch -n 5 qstat -Q

-bash-4.1$ watch -n 5 -d qstat -Q

ulimit -t (cpu time) による制限

開発ノードには ulimit による cpu time の制限が存在します．この制限値は time コマンドで表示される値とは異なる値（隠れた値）に対して適用されるようです．原因のよくわからない「強制終了」が発生した場合，この制限が原因である可能性があります．例えば，大量のデータを rsync で同期すると以下のようなエラーが発生します．

-bash-4.1$ rsync --progress -avh /tmp/source /destination/
sending incremental file list

...

rsync: writefd_unbuffered failed to write 4 bytes to socket [sender]: Broken pipe (32)
rsync: connection unexpectedly closed (96 bytes received so far) [sender]
rsync error: error in rsync protocol data stream (code 12) at io.c(600) [sender=3.0.6]

rsync が消費する cpu time は --bwlimit の指定に関係なく，概ねデータ転送量で決まるようです．リモート同期の場合は ssh による経路暗号化処理が入るため，ローカル同期よりも cpu time を2倍程度消費する傾向にあります．

ラッパーツールの設定・利用

3系の吉田が作成した，クラスタを対話式に近い形で利用するためのツールの設定方法と利用方法．

設定方法

ホームディレクトリ直下の bin にツールへのシンボリックリンクを作る．

$ mkdir ~/bin
$ ln -s /work/my016/tool/qcmd.sh ~/bin/qcmd

~/.bash_profile に以下の3行を追記する（ホームディレクトリ直下の bin に PATH を設定）．

if [ -d "$HOME/bin" ] ; then
  export PATH="$HOME/bin:$PATH"
fi

再度，ログインする．

ジョブ投入ツール（qcmd）

qcmd は任意のコマンドをクラスタのノード上で実行するためのツールです．

$ qcmd
Usage: [Q=QueueName] [S=select] [V=vhost] [C=ncpus] [G=ngpus] [M=Req'd Memory (gb)] [W=Req'd Time (hour)] [J=JobName] [AO=afterok:JobID] qcmd command

Q: ジョブを投入するキュー名（default: gLrchq）
S: 必要ノード数（default: 1）
V: 実行するノード（default: 未指定）
C: 1ノードあたりの必要CPU数（default: 1）
G: 1ノードあたりの必要GPU数（default: 0）
M: 1ノードあたりの必要メモリ量（default: 8，単位: GB）
W: ジョブの制限時間（default: 24，単位: hour）
J: ジョブ名（default: qcmd）※qstatなどで表示される名前

実行例

$ qcmd pa aux
$ qcmd /usr/bin/time -v perl i_love_cats.pl
$ M=20 qcmd /usr/bin/time -v perl i_love_fat_cats.pl
$ qcmd "perl catching_cats.pl | perl counting_cats.pl"

通常は qcmd の後ろに実行したいコマンドを指定すれば，（Vによるノードの指定がなければ）任意のノードで実行されます．その実行結果（標準出力の内容）は，カレントディレクトリの [JobName].o[JobID] というファイルに出力されます．
オプションは qcmd の手前に記述します．
パイプ（|）やリダイレクト（>）を利用する場合には，コマンド全体をダブルクォート（"）で括ります．

TUT HPC Cluster Wiki: ClusterSystemTips